QMMM plus MD plus MD plus QM plus
ソフトウェア 化学シミュレーションが手軽に始められる！ QMMM plus MD plus for GROMACS MD plus for AMBER QM plus ※ QMMM plus は、名古屋大学長岡研究室が開発した QM/MM 計算モジュールをコア技術とし、汎用 QM/MM 計算ソフトウェアパッケージとして HPC システムズが製品化したものです。 ✓ 分子動力学シミュレーションがとにかく簡単 ✓ 自動処理だから結果が早くわかる ✓ 混合溶媒中の物性評価ができる ✓ 誘電体モデルでは説明できない溶媒効果がわかる ✓ 温度による違いが分かる ✓ 溶液中のスペクトルがわかる ✓ AMBER, GROMACS, Gaussian がもっと便利に こんなことが手軽にできるようになります 溶媒の違いによる異性体の安定性の評価 連続誘電体モデルでは表現できなかった溶媒効果も QM/MM 計算で評価可能になります。 溶媒の違いによるスペクトル幅の評価や、スペクトルシフトの再現 溶液中の構造揺らぎを考慮することでスペクトルの位置だけでなく、 溶媒の違いにより色が変わる現象、ソルバトクロミズムも QM/MM 幅も考察することができます。 モデルで再現できます。 効率的にさまざまな材料を評価 ４種類の分子やイオンから構成されている電解 さまざまな電解質材料の拡散係数を評価した例。1 材料が 30 分で評価できるため、計算機 質材料。 濃度を指定した計算が簡単にできます。 10 台を使用すると 1 日に 480 材料の評価ができるようになります。 MD 自動計算ツールの使い方イメージ ① インプットファイルを作成します 分子構造ファイルと分子数を指定し、温度などの計算条件を指定するだけで 設定完了です。MD 計算過程を詳細に設定することもできます。 ② 計算を実行します コマンドはたった１行。あとは計算が終わるまで待つだけです。 インプットファイルの例 機能紹介 1. MD 自動計算 自動計算 溶液系の計算を始めるには、分子の作成、力場の設定、溶媒分子の配置など 多くの手続きを、さまざまなプログラムを駆使して準備する必要がありました。 QMMM plus ではこれらの手続きをすべて自動化。分子構造ファイルと温 分子 作成 度や圧力といった溶媒環境情報を準備するだけで計算を始めることができま す。ユーザは計算が終わるまで待っているだけでよく、溶液中のエネルギーや スペクトルなどの物性が自動的に計算されます。 リスタート機能 専門家が 1 日がかりで作業していた計算が、 計算手続きの途中から計算を再開することができます。 誰でもできるようになります。 2. MD 解析 エネルギーや温度の時間変化や統計値 系全体のエネルギーや温度、密度などの時間変化や統計量を見ることができ ます。溶質分子と溶媒分子との間の相互作用エネルギーもわかります。 溶媒の分布や拡散の評価 MD のトラジェクトリファイルから溶媒の分布や拡散挙動が解析できます。 3. 量子化学ツール QMMM plus では計算モデルに QM/MM モデルを使用することもできます。 一括編集 たくさんの Gaussian インプットファイルの並列数や計算条件を一括編集 することができます。 一括実効 たくさんの Gaussian を一括実行することができます。使用する CPU コア 数を制限することもできます。 4. 量子化学解析 エネルギーや双極子モーメント、原子電荷の統計量 量子化学解析機能では、たくさんの Gaussian アウトプットファイル使用 した統計解析ができます。エネルギーや双極子モーメント、原子電荷について、 平均値と標準偏差が計算されます。分子構造の硬さ・柔らかさなど、新しい視 点での現象理解が可能になります。 各種スペクトル (IR・Raman・UV-Vis・CD・NMR) 孤立系の量子化学計算では、線スペクトルしか得られませんが、溶液中のさ まざまな構造に対する量子化学計算の結果を統計処理することで、実際のスペ さまざまなプロパティを時間変化や統計量 として確認することができます。 クトルに対応する幅を持ったスペクトルを評価することができます。 5. レポート出力 HTML レポート 計算結果は HTML ファイルにまとめられるので、ブラウザで結果を一覧す ることができます。タブ区切りの数値データファイルは同じ場所の data ディ レクトリにまとめて保存されます。 計算結果はブラウザで簡単に閲覧できます。 ■ ソフトウェア構成 plus series 機能 QMMM plus 100 万円 ( アカデミック 20 万円 ) MD plus for AMBER 80 万円 MD plus for GROMACS 80 万円 QM plus 50 万円 MD 自動計算 SOLUTION SOLUTION SOLUTION － MD 解析 AMBINFO GMXINFO TRJ2GJF AMBINFO GMXINFO － 量子化学ツール GAUEDIT GAURUN GJOB － － GAUEDIT GAURUN GJOB 量子化学解析 GAUINFO GAUCUBE － － GAUINFO GAUCUBE SOLUTION MD 計算や量子化学計算による自動溶液シミュレーション AMBINFO AMBER アウトプットの解析 GMXINFO GROMACS アウトプットの解析 GAUINFO Gaussian アウトプットの統計解析 GAUCUBE Cube ファイルの統計解析 GAUEDIT 複数の Gaussian インプットの一括編集 GAURUN/GJOB 複数の Gaussian ジョブの投入 TRJ2GJF AMBER トラジェクトリから Gaussian インプットの生成 ■ 動作環境 環境 ◎：必須 ○：推奨 plus series QMMM plus MD plus for AMBER MD plus for GROMACS QM plus Python 2.6 ◎ ◎ ◎ ◎ LSF, LAVA, Grid Engine のいずれか ○ ○ ○ ○ Gaussian09 ○ ○ ○ ◎ AMBER14 ○ ○ ○ － AmberTools14 ◎ ◎ ◎ － GROMACS 4.6 または 5.0 ◎ ◎ ◎ － acpype.py ◎ ◎ ◎ － Open Babel 2.x ◎ ◎ ◎ － Gnuplot ○ ○ ○ ○ Image Magick ○ ○ ○ ○ 本ソフトの内容は予告なく変更することがあります。あらかじめご了承ください。本資料に記載された各社名・各製品名・各ロゴ等は、各社の登録商標または商標です HPC システムズ株式会社 〒 108-0022 （ 本社 ） 東京都港区海岸 3-9-15 LOOP-X 8 階 TEL：03-5446-5531 FAX：03-5446-5550 http://www.hpc.co.jp/chem 〒 600-8412 （ 西日本営業所 ） 京都府京都市下京区二帖半敷町 646 ダイマルヤ四条烏丸ビル５階 TEL ：075-353-0120 FAX ：075-353-0121
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