さまざまな使い方ができます

さまざまな使い方ができます
Case1 : 反応経路の想定ができる場合
原子が直線状に移動するような反応に対しては、始状態と終状態の分子構造を作成し、反応経路の最適化を行いますが、
より複雑な反応では、さらに中間構造(仮の TS 構造)を追加して実行します。
Initial
始 状State
態
Midpoint
中 間 状State
態
(仮のTS)
(Tentative
TS)
終状態
Final
State
✓ ユーザの予想した反応機構に沿った遷移状態・反応経路が求まる
✓ 狙った反応経路だけを処理するため、迅速に経路が見つかる
Case 2 : 反応経路がよくわかっていない場合
✓ インプットやアウトプットは GaussView で作成・可視化できる
① 適当な始状態・終状態から粗く経路を求め、TS の候補を見つけます。
✓ すぐに使えるようになる実践的チュートリアルつき
-536
-536.1
Reaction plus の反応経路最適化
-536.2
-536.3
-536.4
-536.5
適当に作った反応前後の構造
-536.6
1
6
11
16
21
26
② TS 構造の前後の構造を始状態・終状態にして、再度計算を行います。
反応経路全体が再最適化され、始状態・TS・終状態の構造がそれぞれ最適化されます。
-536.38
従来の方法
-536.4
-536.42
-536.44
-536.46
-536.48
-536.5
-536.52
-536.54
-536.56
1
6
11
16
21
26
始状態
TS
終状態
● 価格
● 動作環境
Red Hat Enterprise Linux 6.x or CentOS 6.x
NWChem 6.5
100 万円 ( 税別 )
アカデミック 20 万円 ( 税別 )
遷移状態
(TS)
遷移状態
(TS)
HPC システムズ株式会社
東京本社
東京都港区海岸 3-9-15 LOOP-X 8 階
西日本営業所
京都市下京区二帖半敷町 646 ダイマルヤ四条烏丸ビル 5 階
TEL :03-5446-5531 FAX:03-5446-5550
TEL:075-353-0120
FAX:075-353-0121
http://www.hpc.co.jp/chem
遷移状態 (TS) 構造がどこにあるかわからな
いにもかかわらず、初期構造を TS 近傍に与
えない限り、TS 構造には収束しない。
TS 初期構造を与える代わりに、反応前と反
応後の構造を与えると、自動的に TS 構造と
反応経路が見つかる。
操作方法
検証中の簡単な事例を載せています。
実際には先端研究で行われているような複雑な反応も扱うことができます。
計算例
① GaussView で、始状態、終状態(+必要に応じて中間状態)の分子構造を与えます。
Example 1. ビニルアルコールの分子内プロトン移動反応
TS
Reactant
Product
② 反応経路最適化のキーワードとオプションを設定します。
Example 2. Diels-Alder 反応
#p B3LYP/6-31G(d) String=(NBeads=15)
TS
Wittig reaction (initial)
0 1
C
O
1.89860820
1.88066713
:
-0.35677617
0.86456960
-0.00000095
-0.00000103
Reactant
Product
③ Reaction plus を実行します。
$ react wittig.gjf
④ GaussView で確認します。安定構造や TS 構造だけでなく、反応経路上のさまざまな点での
分子構造を見ることができます。
Example 3. Wittig 反応
TS1
Reactant
TS2
IM
Product