Snabbreferens
Affymetrix® Molecular Diagnostic Software – AMDS
Den här snabbreferensen sammanfattar förfarandet vid matrisbearbetning i GeneChip®
system 3000Dx v.2 och antar att användaren har tidigare erfarenhet.
Avsedd användning
Affymetrix GeneChip® Instrumentsystem för mikromatriser som består av GeneChip®
3000Dx-skanner med automatisk laddare, FS450Dx fluidikstation och programmet GCOSDx/
AMDS är avsett för mätning av fluorescenssignaler för märkta DNA- och RNA-målmolekyler
som har hybridiserats till GeneChip®-matriser. Endast för användning med separat godkända
GeneChip-mikromatrisanalyser.
VARNING: Användarna måste följa intern säkerhetspraxis för att skydda patientdata.
Åtkomst till systemet
Du kan ändra ditt lösenord, logga ut och stänga av arbetsstationen i fönstret User Details
(Användarinformation).
Aktiv arbetslista
Skapa en testbegäran
1. Klicka på knappen Active Worklist (Aktiv arbetslista) i fönstret Workflow (Arbetsflöde)
för att visa Active Worklist (Aktiv arbetslista).
2. Klicka på knappen Create (Skapa) så öppnas skärmen Enter Test Request (Ange
testbegäran).
3. Skanna streckkoden Specimen ID (eller ange specimen-ID:t manuellt) och välj ett Assay
Name (Analysnamn) i den nedrullningsbara listan.
4. Klicka på Submit (Skicka). Active Worklist (Aktiv arbetslista) visas och visar den nya testbegäran.
Annullera en testbegäran
1. Välj den testbegäran som du vill annullera.
2. Klicka på Cancel Test Request (Annullera testbegäran).
Registreringsarbetslista
Registrera en testbegäran
1. Klicka på knappen Registration (Registrering) i fönstret Workflow (Arbetsflöde) för att
visa Registration Worklist (Registreringsarbetslista).
2. Skanna steckkoden Specimen ID (Specimen-ID) för att välja testbegäran och skanna
sedan streckkoden på matrisen (eller markera fältet Array ID (Matris-ID) för testbegäran
och ange streckkoden på matrisen manuellt).
3. Valfritt: Läs i handboken som medföljde analysprogrammodulen för information om hur
du anger uppgifter för använda reagens på den här skärmen.
4. Klicka på Save (Spara) eller klicka på Complete Step (Slutför steget) för att spara och gå
vidare till nästa steg.
Arbetslista för hybridiseringsugn
Information om användning av Affymetrix hybridiseringsugn 645 finns i Hybridization Oven
645 User’s Guide (användarhandboken för hybridiseringsugn 645), Art.nr 08-0255 eller på
snabbreferenskortet, Art.nr 08-0256. Innan följande steg utförs måste ugnen vara påslagen
och du måste se till att rätt temperatur och rotationshastighet är inställd för analysen.
Hybridisera en matris i ugnen
1. Klicka på knappen Hybridization Oven (Hybridiseringsugn) i fönstret Workflow
(Arbetsflöde) för att visa Hybridization Worklist (Hybridiseringsarbetslista).
2. Ange ugnsnumret för varje testbegäran. (Använd ”E” om någon annan ugn än
hybridiseringsugn 645 är ansluten till arbetsstationen.)
3. Sätt i matriserna i en matrishållare.
4. Sätt in matrishållaren i ugnen.
5. Använd medföljande metallsnäppfästen för att säkra matrishållarna på plats.
6. Välj testbegäranden och klicka på Start för att starta hybridiseringstimern.
7. Klicka på End (Slut) när ugnen har slutfört protokollet, för att stoppa timern.
8. Klicka på Complete Step (Slutför steget) för att gå vidare till nästa steg.
Fluidikarbetslista
Mer information om fluidikstation FS450Dx finns i Affymetrix Molecular Diagnostic Software
User Guide (användarhandboken för Affymetrix Molecular Diagnostic Software, Art.nr 08-0261.
Konfigurera fluidikstationen
1. Klicka på knappen Fluidics (Fluidik) i fönstret Workflow (Arbetsflöde) för att visa Fluidics
Worklist (Fluidikarbetslista).
2. Klicka på knappen Station Setup (Konfiguration av station) på menyraden för att visa
skärmen Fluidics Station Setup (Konfiguration av fluidikstation).
3. Leta reda på raden som motsvarar din fluidikstation och välj Assay Name (Analysnamn)
i den nedrullningsbara listan.
4. Markera raden och klicka på knappen Prime (Prima), och följ sedan anvisningarna på
modulens LCD-skärm.
5. Klicka på knappen Close Setup
Screen (Stäng konfigurationsskärmen)
för att stänga skärmen för
konfiguration av stationen och
gå tillbaka till Fluidics Worklist
(Fluidikarbetslista).
Köra fluidikprotokollet
1. Klicka på knappen Fluidics (Fluidik)
i fönstret Workflow (Arbetsflöde)
för att visa fluidikarbetslistan.
2. Sätt i en GeneChip-matris i
fluidikmodulen.
3. Skanna matrisens streckkod och
skanna sedan fluidikmodulens
streckkod för att ange stations- och
modulinformation för testbegäran.
4. Välj testbegäran och klicka på Start.
Kassettspak
Nålspak
Provrör
Snabbreferens för Affymetrix® Molecular Diagnostic Software
5. Följ anvisningarna på fluidikmodulens LCD-skärm.
6. När testbegäran anger att fluidiksteget är klart klickar du på Complete Step
(Slutför steget) för att gå vidare till nästa steg.
Stänga av fluidikstationen
1. Klicka på knappen Fluidics (Fluidik) i fönstret Workflow (Arbetsflöde) för att visa Fluidics
Worklist (Fluidikarbetslista).
2. Klicka på knappen Station Setup (Konfiguration av station) på menyraden för att visa
skärmen för konfiguration av stationen.
3. Markera raden och klicka på knappen Shut Down Station (Stäng av stationen), och följ
sedan anvisningarna på modulens LCD-skärm.
Skannerarbetslista
Mer information om AutoLoaderDX finns i Affymetrix Molecular Diagnostic Software User
Guide (användarhandboken för Affymetrix Molecular Diagnostic Software), Art.nr 08-0261.
Tre lampor på frontpanelen på AutoLoaderDx anger de olika lägena.
Grön
Gul
Indikation
Av
Av
Inledande start
På
På
Start av skanner
Av
På
Laseruppvärmning
Av
Blinkar
Skannerfel
På
Av
Systemet är redo
Blinkar
Av
Skanning pågår
Ladda matriser
Skanningen är effektivast om du
tar bort de matriser som redan
har skannats, börjar ladda i fack 1
och laddar matriserna efter
varandra. Observera att det bara
går att ladda matriserna åt ett
håll. Körningen stoppas när alla
48 facken gåtts igenom för att
undersöka om det finns matriser
som ska skannas.
Skanna flera matriser i rad
1. Klicka på knappen Scanner
(Skanner) i fönstret
Workflow (Arbetsflöde) för
att visa Scanner Worklist
(Skannerarbetslista).
2. Slå på skannern och låt
lasern värmas upp genom att trycka på strömknappen I/O på instrumentets framsida.
Laseruppvärmningen tar ca 10 minuter.
3. Sätt i matriserna i skannerkarusellen.
4. Klicka på Start (Starta). Den blå indikatorlampan på AutoLoaderDx tänds vilket anger
att luckan till AutoLoaderDx nu är låst och skanningskörningen börjar. Du kan övervaka
körningsförloppet i fönstret Device Status (Enhetsstatus).
5. Klicka på Complete Step (Slutför steget) för att ta bort de testbegäranden som är klara
från Scanner Worklist (Skannerarbetslista).
Manuell skanning av en matris
Blå indikatorlampa för automatisk
laddare
1. Öppna luckan till AutoLoaderDx och placera matrisen i fack 1. Stäng luckan.
2. Välj testbegäran som är associerad med matrisen.
3. Klicka på Manual Scan (Manuell skanning).
Stoppa AutoLoaderDx-körningen
Blå indikatorlampa för skanner
Klicka på Stop Scan (Stoppa skanning). AutoLoaderDx slutför skanningen av den aktuella
matrisen och stannar sedan. Den blå indikatorlampan släcks vilket anger att luckan nu är
upplåst. Nu kan du lägga till matriser och starta en ny AutoLoaderDx-körning.
OBS! Skannern försätts i standbyläge när den inte har varit igång under flera timmar.
Grön lampa
I/O-knapp (på/av)
Gul lampa
Granska resultaten
Klicka på hyperlänken Awaiting Review (Väntar på granskning) för någon av de slutförda
testbegäranden i fältet Review Results (Granska resultat) i Active Worklist (Aktiv
arbetslista) för att visa analysrapporten. I handboken för analysprogrammet finns ytterligare
anvisningar om hur du slutför arbetsflödet för testbegäranden med hjälp av analysen.
Denna snabbreferens är en översatt version av den engelska Quick Reference Guide med art.nr 08-0262.
För in vitro-diagnostiskt bruk.
P/N 08-0262 SE Rev. A
© Affymetrix, Inc. Med ensamrätt. Affymetrix®, Command Console®, DMET™, GeneChip®, GeneChip-compatible™, Genotyping Console™, NetAffx® och
Powered by Affymetrix™, är varumärken eller inregistrerade varumärken som tillhör Affymetrix, Inc. Alla andra varumärken tillhör sina respektive ägare.
Emergo Europe
Molenstraat 15
2513 BH, Haag
Nederländerna
Telefon: +31.70.345.8570
Fax: +31.70.346.7299