Master i Fødevarekvalitet og –sikkerhed
Eftersporing af fødevarebårne udbrud
11. september, 2015
Eftersporing af fødevarebarne udbrud
Undervisningsplan: 16. november-14 december 2015
Forelæsninger (faglig samling)
Tid: 16.– 19. november 2015
Sted: Auditorium: B.S. Jørgensen, Fødevareøkonomisk institut, Rolighedsvej 25, Frederiksberg
Forplejning: På undervisningsdagene serveres morgenbrød, frokost samt kaffe/the/vand.
Forberedelse, herunder obligatorisk læsning: Under hver undervisningsdag er nævnt den del af
pensum, der bør læses eller ses forud for forelæsningerne/øvelserne. Teksterne findes samlet i et
kompendium og videoforelæsningerne finder i en dropbox her.
Der skal desuden arbejdes med databehandlingsprogrammet Epi Info, som kan downloades gratis
her. Installationsfil og brugermanual til Epi Info findes også i dropboxen. Det vil være en stor
fordel, hvis I kan medbringe en bærbar computer til øvelserne og til arbejdet med kursusopgaven.
Mandag d. 16. november kl. 9.30-16.00
Dagen rummer en introduktion til kursets emneområde. Overvågning af fødevarebårne infektioner
og opklaring af fødevarebårne sygdomsudbrud vil blive gennemgået og belyst i en praktisk
kontekst. Forelæsningerne omfatter ligeledes det tværfaglige samarbejde mellem myndigheder,
forskere og fødevareproducenter, samt kommunikation og organisering i forbindelse med
fødevareudbrud. De epidemiologiske metoder, som anvendes i forbindelse med eftersporing af
fødevarebårne udbrud vil blive introduceret.
Forberedelse, herunder obligatorisk læsning:
Se video forelæsninger:
 “Source Tracking – an introduction” by Tine Hald
 “Trace back – trace forward in the food production chain” by Anne Wingstrand
 “Introduction to epidemiological analytical methods” by Tine Hald
Læs:
 Anonymous, 2015. Annual Report on Zoonoses in Denmark 2014, National Food Institute,
Technical University of Denmark. Kapitel 2 and 9.
 Toolkit for investigation and response to Food and Waterborne Disease Outbreaks with an EU
dimension. Kursisterne bør gøre sig bekendt med dette tool, men det forventes ikke, at alle sider
er læst og kan refereres i detaljer.
 Vejledning i opklaring og håndtering af fødevare- og vandbårne sygdomsudbrud. Kapitel 4.
Øvrige kapitler forventes ikke nærlæst, men kursisterne bør være bekendt med indholdet i
vejledningen.
 How to Investigate an Outbreak: And the Band Played On
 A L Reingold, 1998. Outbreak Investigations—A Perspective. Emerging Infectious Diseases,
4(1), 21-27.
--1--
Master i Fødevarekvalitet og –sikkerhed
Eftersporing af fødevarebårne udbrud
11. september, 2015
09.30 – 10.00
Velkomst og præsentation
10.00 – 10.25
Overvågning af fødevarebårne sygdomme og
sygdomsudbrud i Danmark
Overvågning af fødevarebårne sygdomme og
sygdomsudbrud i EU
Kaffe/te
Trin i en udbrudseftersporing
Belyst gennem praktiske eksempler
Introduktion til epidemiologiske metoder
Frokost
Introduktion til case studie
Gruppearbejde med case studie del 1
Kaffe/te
Gruppearbejde med udbrud case studie del 2 forberedelse af kort præsentation
10.25 – 10.45
10.45 – 11.00
11.00 – 11.30
11.30 – 12.00
12.00 – 13.00
13.00 – 13.15
13.15 – 14.30
14.30 - 14.45
14.45 – 16.00
Tine Hald
Fødevareinstituttet, DTU
Lone Porsbo
Fødevareinstituttet, DTU
Tine Hald
Lone Porsbo
Tine Hald
Tine Hald
Gruppearbejde
Gruppearbejde
Tirsdag d. 17. november kl. 9.00-16.00
Dagen starter med at afslutte det case studie, som blev påbegyndt mandag. Derefter følger en
gennemgang af de epidemiologiske undersøgelsesdesigns, som typisk anvendes ved eftersporing af
fødevareudbrud. Metoderne er baseret på interviewundersøgelser, hvor cases (dvs. syge personer)
og kontrolpersoner (dvs. ikke syge personer) udspørges om, hvad de har spist i en bestemt periode.
Svarene sammenlignes statistisk mhp. at udpege mulige kilder til udbruddet. Metodernes
anvendelse samt fordele og ulemper vil blive gennemgået ligesom generelle overvejelser omkring
værdien af interviewundersøgelser vil blive diskuteret. Der vil blive arbejdet med praktiske øvelser i
Epi Info. Kursisterne vil få udleveret kursusopgave og blive introduceret til denne.
Forberedelse, herunder obligatorisk læsning:
Se video forelæsninger:
 Epi Info 7 tutorial
Læs:
 Epi Info 7 User Guide, Kapitel 1.
 A Söderström, P Österberg, A Lindqvist et al., 2008. A Large Escherichia coli O157 Outbreak
in Sweden Associated with Locally Produced Lettuce. Foodborne Pathogens and Disease, 5(3),
339-349.
 J P Nuorti, T Niskanen, S Hallanvuo et al., 2004. A Widespread Outbreak of Yersinia
pseudotuberculosis O:3 Infection from Iceberg Lettuce. Journal of Infectious Diseases, 189
(March), 766-774.
 D Coulombier1, J Takkinen (2013). From national to international – challenges in crossborder
multi-country, multi-vehicle foodborne outbreak investigations. Eurosurveillance.
 K Horváth, M Mengel, K Krisztalovics, N Nogrady, J Pászti, A Lenglet, J Takkinen (2013).
Investigation into an unusual increase of human cases of Salmonella Goldcoast infection in
Hungary in 2009. Eurosurveillance.
--2--
Master i Fødevarekvalitet og –sikkerhed
Eftersporing af fødevarebårne udbrud
11. september, 2015

G Scavia, G Ciaravino, I Luzzi, A Lenglet, A Ricci, L Barco, A Pavan, F Zaffanella, A M
Dionisi A multistate epidemic outbreak of Salmonella Goldcoast infection in humans, June
2009 to March 2010: the investigation in Italy. Eurosurveillance.
09.00 – 10.00
10.00 – 10.45
10.45 – 11.00
11.00 – 12.00
12.00 – 13.00
13.00 – 13.45
13.45 – 14.30
14.30 - 14.45
14.45 – 15.15
15.15 - 16.00
Præsentation af case studie gruppearbejdet fra i
går og diskussion i plenum
Undersøgelsesdesign – kohorte studie
Kaffe/te
Øvelser i EpiInfo mv.
Frokost
Undersøgelsesdesign – case-kontrol studie
Øvelser i EpiInfo mv.
Kaffe/te
Udlevering af kursusopgave og kort
præsentation af disse, samt forventninger til
rapport og eksamen
Påbegyndelse af gruppearbejde med
kursusopgave
Grupperne
Lone Porsbo
Tine Hald, Lone Porsbo
Tine Hald
Tine Hald, Lone Porsbo
Tine Hald/Lone Porsbo
Fødevareinstituttet, DTU
KU-LIFE
Gruppearbejde
Onsdag d. 18. november kl. 9.00-16.00
De teknologiske fremskridt indenfor DNA sekventering har muliggjort, at vi nu kan sekventere
bakteriers fulde genom hurtigt og billigt nok til, at teknikken kan bruges i udbrudseftersporing.
Fuld-genom sekventeringer (forkortes ”WGS” = whole genome sequencing) kommer formentlig til
at erstatte alle de traditionelle DNA typningsmetoder i løbet af de næste få år, og WGS af Listeria
moncytogenes isolater har bl.a. betydet, at vi med meget større sikkerhed kan identificere kilden til
udbrud. Dagens forelæsninger er sammensat med henblik på, at give kursisterne indblik i de
mikrobiologiske og molekylære metoder, som anvendes i forbindelse med eftersporing af
fødevareudbrud. Vi starter med en kort introduktion til det bakterielle genom, som efterfølges af en
oversigtsforelæsning over de DNA-basserede metoder, som traditionelt har været anvendt i
forbindelse med udbrudseftersporing. Fokus vil dog være på WGS, hvor en af Danmarks førende
eksperter indenfor brug af WGS i udbrudseftersporing, Eva Møller Nielsen (SSI) vil komme og
fortælle om de muligheder og udfordringer, der er forbundet med brug af WGS til
udbrudseftersporing.
Forberedelse, herunder obligatorisk læsning:
Se video forelæsninger:

“Molecular typing – applications and methods” by Hanne Ingmer
Læs:
Pensum ikke helt på plads – opdatering følger snarest.
 M J Struelens, S Brisse (2013). From molecular to genomic epidemiology: transforming
surveillance and control of infectious diseases. Eurosurveillance.
 A J Sabat, A Budimir, D Nashev, R Sá-Leão, J M van Dijl, F Laurent, H Grundmann1, A W
Friedrich (2013) on behalf of the ESCMID Study Group of Epidemiological Markers (ESGEM).
Overview of molecular typing methods for outbreak detection and epidemiological surveillance.
Eurosurveillance.
--3--
Master i Fødevarekvalitet og –sikkerhed
Eftersporing af fødevarebårne udbrud
11. september, 2015
09.00 - 9.30
”Det bakterielle genom helt basalt”
9.30 - 10.15
14.00 -15.00
Traditionelle DNA-basserede typningsmetoder
- en oversigt
Kaffe/te
Traditionelle DNA-basserede typningsmetoder
- en oversigt (fortsat)
WGS, aktuel status for brugen i
udbrudseftersporingen
Frokost
WGS, eksempler, der viser muligheder og
udfordringer forbundet med teknikken
Præsentation af COMPARE projektet
15.00 - 15.15
15.15 – 16.00
Kaffe/te
Gruppearbejder på kursusopgave
10.15 – 10.30
10.30 – 11.00
11.00 - 12.00
12.00 - 13.00
13.00 - 14.00
Dorte Frees
IVS
Hanne Ingmer
IVS
Hanne Ingmer
IVS
Eva Møller Nielsen
SSI
Eva Møller Nielsen
SSI
Frank Aaarestrup,
Fødevareinstituttet, DTU (skal
bekræftes)
Grupperne
Torsdag d. 19. november kl. 9.00-16.00
Dagen vil have fokus på gruppearbejde med kursusopgaven. Der vil være mulighed for, at stille
spørgsmål, mens der arbejdes i de enkelte grupper. Derefter samles grupperne i plenum, hvor der vil
være fremlæggelse af problemstillinger i gruppernes opgaver samt evt. præsentation af foreløbige
resultater. Dagen slutter af med en opsummering med mulighed for, at stille spørgsmål.
09.00 – 10.30
10.30 – 10.45
10.45 – 12.00
12.00 – 13.00
13.00 – 14.30
14.30 – 14.45
14.45 – 16.00
Gruppearbejde med kursusopgave
- Mulighed for at stille spørgsmål mv.
Kaffe/te
Gruppearbejde fortsat
Gruppearbejde
Gruppearbejde
Frokost
Fremlæggelse fra grupperne
Grupperne
- Fremlæggelse af problemstillinger i
gruppernes cases samt evt. præsentation
af foreløbige resultater
Kaffe/te
Afrunding
Tine Hald/Dorte Frees/Lone
- Opsummering
Porsbo
- Svar på spørgsmål
- Eventuelt
--4--
Master i Fødevarekvalitet og –sikkerhed
Eftersporing af fødevarebårne udbrud
11. september, 2015
Rapport
De studerende arbejder i løbet af kurset på en opgave, der beskrives i en mindre rapport (ca. 10-20
sider) indenfor en problemstilling udleveret den første dag. Projektarbejdet foregår så vidt muligt i
grupper og understøttes af vejledning. Opgaven afleveres tirsdag den 8. december 2015.
Eksamen
Mandag d. 14. december 2015
Sted: Lokale: Ester Boserup, Fødevareøkonomisk institut, Rolighedsvej 25, Frederiksberg
Der afholdes mundtlig gruppeeksamination, med individuel bedømmelse. De studerende trækker
hver deres spørgsmål og eksamineres individuelt i 10-15 minutter. Derefter vil de øvrige studerende
blive spurgt om de vil tilføje noget. Den resterende del af eksamen vil foregå som en styret
diskussion. Varigheden af eksamen vil være ca. 1 time for en gruppe på 3 studerende. Da der
lægges op til gruppearbejde tæller den skriftlige opgave ikke med ved eksamen.
7-trinsskala, ekstern censur
Mere information eller spørgsmal?
Kontakt de kursusansvarlige:
Tine Hald, Fødevareinstituttet, DTU
E-mail [email protected]
Telefon 5115 7485
Dorte Frees, Institut for Veterinær Sygdomsbiologi/Mikrobiologi, KU-LIFE
E-mail [email protected]
Telefon 3533 2719
--5--