Master i Fødevarekvalitet og –sikkerhed Eftersporing af fødevarebårne udbrud 11. september, 2015 Eftersporing af fødevarebarne udbrud Undervisningsplan: 16. november-14 december 2015 Forelæsninger (faglig samling) Tid: 16.– 19. november 2015 Sted: Auditorium: B.S. Jørgensen, Fødevareøkonomisk institut, Rolighedsvej 25, Frederiksberg Forplejning: På undervisningsdagene serveres morgenbrød, frokost samt kaffe/the/vand. Forberedelse, herunder obligatorisk læsning: Under hver undervisningsdag er nævnt den del af pensum, der bør læses eller ses forud for forelæsningerne/øvelserne. Teksterne findes samlet i et kompendium og videoforelæsningerne finder i en dropbox her. Der skal desuden arbejdes med databehandlingsprogrammet Epi Info, som kan downloades gratis her. Installationsfil og brugermanual til Epi Info findes også i dropboxen. Det vil være en stor fordel, hvis I kan medbringe en bærbar computer til øvelserne og til arbejdet med kursusopgaven. Mandag d. 16. november kl. 9.30-16.00 Dagen rummer en introduktion til kursets emneområde. Overvågning af fødevarebårne infektioner og opklaring af fødevarebårne sygdomsudbrud vil blive gennemgået og belyst i en praktisk kontekst. Forelæsningerne omfatter ligeledes det tværfaglige samarbejde mellem myndigheder, forskere og fødevareproducenter, samt kommunikation og organisering i forbindelse med fødevareudbrud. De epidemiologiske metoder, som anvendes i forbindelse med eftersporing af fødevarebårne udbrud vil blive introduceret. Forberedelse, herunder obligatorisk læsning: Se video forelæsninger: “Source Tracking – an introduction” by Tine Hald “Trace back – trace forward in the food production chain” by Anne Wingstrand “Introduction to epidemiological analytical methods” by Tine Hald Læs: Anonymous, 2015. Annual Report on Zoonoses in Denmark 2014, National Food Institute, Technical University of Denmark. Kapitel 2 and 9. Toolkit for investigation and response to Food and Waterborne Disease Outbreaks with an EU dimension. Kursisterne bør gøre sig bekendt med dette tool, men det forventes ikke, at alle sider er læst og kan refereres i detaljer. Vejledning i opklaring og håndtering af fødevare- og vandbårne sygdomsudbrud. Kapitel 4. Øvrige kapitler forventes ikke nærlæst, men kursisterne bør være bekendt med indholdet i vejledningen. How to Investigate an Outbreak: And the Band Played On A L Reingold, 1998. Outbreak Investigations—A Perspective. Emerging Infectious Diseases, 4(1), 21-27. --1-- Master i Fødevarekvalitet og –sikkerhed Eftersporing af fødevarebårne udbrud 11. september, 2015 09.30 – 10.00 Velkomst og præsentation 10.00 – 10.25 Overvågning af fødevarebårne sygdomme og sygdomsudbrud i Danmark Overvågning af fødevarebårne sygdomme og sygdomsudbrud i EU Kaffe/te Trin i en udbrudseftersporing Belyst gennem praktiske eksempler Introduktion til epidemiologiske metoder Frokost Introduktion til case studie Gruppearbejde med case studie del 1 Kaffe/te Gruppearbejde med udbrud case studie del 2 forberedelse af kort præsentation 10.25 – 10.45 10.45 – 11.00 11.00 – 11.30 11.30 – 12.00 12.00 – 13.00 13.00 – 13.15 13.15 – 14.30 14.30 - 14.45 14.45 – 16.00 Tine Hald Fødevareinstituttet, DTU Lone Porsbo Fødevareinstituttet, DTU Tine Hald Lone Porsbo Tine Hald Tine Hald Gruppearbejde Gruppearbejde Tirsdag d. 17. november kl. 9.00-16.00 Dagen starter med at afslutte det case studie, som blev påbegyndt mandag. Derefter følger en gennemgang af de epidemiologiske undersøgelsesdesigns, som typisk anvendes ved eftersporing af fødevareudbrud. Metoderne er baseret på interviewundersøgelser, hvor cases (dvs. syge personer) og kontrolpersoner (dvs. ikke syge personer) udspørges om, hvad de har spist i en bestemt periode. Svarene sammenlignes statistisk mhp. at udpege mulige kilder til udbruddet. Metodernes anvendelse samt fordele og ulemper vil blive gennemgået ligesom generelle overvejelser omkring værdien af interviewundersøgelser vil blive diskuteret. Der vil blive arbejdet med praktiske øvelser i Epi Info. Kursisterne vil få udleveret kursusopgave og blive introduceret til denne. Forberedelse, herunder obligatorisk læsning: Se video forelæsninger: Epi Info 7 tutorial Læs: Epi Info 7 User Guide, Kapitel 1. A Söderström, P Österberg, A Lindqvist et al., 2008. A Large Escherichia coli O157 Outbreak in Sweden Associated with Locally Produced Lettuce. Foodborne Pathogens and Disease, 5(3), 339-349. J P Nuorti, T Niskanen, S Hallanvuo et al., 2004. A Widespread Outbreak of Yersinia pseudotuberculosis O:3 Infection from Iceberg Lettuce. Journal of Infectious Diseases, 189 (March), 766-774. D Coulombier1, J Takkinen (2013). From national to international – challenges in crossborder multi-country, multi-vehicle foodborne outbreak investigations. Eurosurveillance. K Horváth, M Mengel, K Krisztalovics, N Nogrady, J Pászti, A Lenglet, J Takkinen (2013). Investigation into an unusual increase of human cases of Salmonella Goldcoast infection in Hungary in 2009. Eurosurveillance. --2-- Master i Fødevarekvalitet og –sikkerhed Eftersporing af fødevarebårne udbrud 11. september, 2015 G Scavia, G Ciaravino, I Luzzi, A Lenglet, A Ricci, L Barco, A Pavan, F Zaffanella, A M Dionisi A multistate epidemic outbreak of Salmonella Goldcoast infection in humans, June 2009 to March 2010: the investigation in Italy. Eurosurveillance. 09.00 – 10.00 10.00 – 10.45 10.45 – 11.00 11.00 – 12.00 12.00 – 13.00 13.00 – 13.45 13.45 – 14.30 14.30 - 14.45 14.45 – 15.15 15.15 - 16.00 Præsentation af case studie gruppearbejdet fra i går og diskussion i plenum Undersøgelsesdesign – kohorte studie Kaffe/te Øvelser i EpiInfo mv. Frokost Undersøgelsesdesign – case-kontrol studie Øvelser i EpiInfo mv. Kaffe/te Udlevering af kursusopgave og kort præsentation af disse, samt forventninger til rapport og eksamen Påbegyndelse af gruppearbejde med kursusopgave Grupperne Lone Porsbo Tine Hald, Lone Porsbo Tine Hald Tine Hald, Lone Porsbo Tine Hald/Lone Porsbo Fødevareinstituttet, DTU KU-LIFE Gruppearbejde Onsdag d. 18. november kl. 9.00-16.00 De teknologiske fremskridt indenfor DNA sekventering har muliggjort, at vi nu kan sekventere bakteriers fulde genom hurtigt og billigt nok til, at teknikken kan bruges i udbrudseftersporing. Fuld-genom sekventeringer (forkortes ”WGS” = whole genome sequencing) kommer formentlig til at erstatte alle de traditionelle DNA typningsmetoder i løbet af de næste få år, og WGS af Listeria moncytogenes isolater har bl.a. betydet, at vi med meget større sikkerhed kan identificere kilden til udbrud. Dagens forelæsninger er sammensat med henblik på, at give kursisterne indblik i de mikrobiologiske og molekylære metoder, som anvendes i forbindelse med eftersporing af fødevareudbrud. Vi starter med en kort introduktion til det bakterielle genom, som efterfølges af en oversigtsforelæsning over de DNA-basserede metoder, som traditionelt har været anvendt i forbindelse med udbrudseftersporing. Fokus vil dog være på WGS, hvor en af Danmarks førende eksperter indenfor brug af WGS i udbrudseftersporing, Eva Møller Nielsen (SSI) vil komme og fortælle om de muligheder og udfordringer, der er forbundet med brug af WGS til udbrudseftersporing. Forberedelse, herunder obligatorisk læsning: Se video forelæsninger: “Molecular typing – applications and methods” by Hanne Ingmer Læs: Pensum ikke helt på plads – opdatering følger snarest. M J Struelens, S Brisse (2013). From molecular to genomic epidemiology: transforming surveillance and control of infectious diseases. Eurosurveillance. A J Sabat, A Budimir, D Nashev, R Sá-Leão, J M van Dijl, F Laurent, H Grundmann1, A W Friedrich (2013) on behalf of the ESCMID Study Group of Epidemiological Markers (ESGEM). Overview of molecular typing methods for outbreak detection and epidemiological surveillance. Eurosurveillance. --3-- Master i Fødevarekvalitet og –sikkerhed Eftersporing af fødevarebårne udbrud 11. september, 2015 09.00 - 9.30 ”Det bakterielle genom helt basalt” 9.30 - 10.15 14.00 -15.00 Traditionelle DNA-basserede typningsmetoder - en oversigt Kaffe/te Traditionelle DNA-basserede typningsmetoder - en oversigt (fortsat) WGS, aktuel status for brugen i udbrudseftersporingen Frokost WGS, eksempler, der viser muligheder og udfordringer forbundet med teknikken Præsentation af COMPARE projektet 15.00 - 15.15 15.15 – 16.00 Kaffe/te Gruppearbejder på kursusopgave 10.15 – 10.30 10.30 – 11.00 11.00 - 12.00 12.00 - 13.00 13.00 - 14.00 Dorte Frees IVS Hanne Ingmer IVS Hanne Ingmer IVS Eva Møller Nielsen SSI Eva Møller Nielsen SSI Frank Aaarestrup, Fødevareinstituttet, DTU (skal bekræftes) Grupperne Torsdag d. 19. november kl. 9.00-16.00 Dagen vil have fokus på gruppearbejde med kursusopgaven. Der vil være mulighed for, at stille spørgsmål, mens der arbejdes i de enkelte grupper. Derefter samles grupperne i plenum, hvor der vil være fremlæggelse af problemstillinger i gruppernes opgaver samt evt. præsentation af foreløbige resultater. Dagen slutter af med en opsummering med mulighed for, at stille spørgsmål. 09.00 – 10.30 10.30 – 10.45 10.45 – 12.00 12.00 – 13.00 13.00 – 14.30 14.30 – 14.45 14.45 – 16.00 Gruppearbejde med kursusopgave - Mulighed for at stille spørgsmål mv. Kaffe/te Gruppearbejde fortsat Gruppearbejde Gruppearbejde Frokost Fremlæggelse fra grupperne Grupperne - Fremlæggelse af problemstillinger i gruppernes cases samt evt. præsentation af foreløbige resultater Kaffe/te Afrunding Tine Hald/Dorte Frees/Lone - Opsummering Porsbo - Svar på spørgsmål - Eventuelt --4-- Master i Fødevarekvalitet og –sikkerhed Eftersporing af fødevarebårne udbrud 11. september, 2015 Rapport De studerende arbejder i løbet af kurset på en opgave, der beskrives i en mindre rapport (ca. 10-20 sider) indenfor en problemstilling udleveret den første dag. Projektarbejdet foregår så vidt muligt i grupper og understøttes af vejledning. Opgaven afleveres tirsdag den 8. december 2015. Eksamen Mandag d. 14. december 2015 Sted: Lokale: Ester Boserup, Fødevareøkonomisk institut, Rolighedsvej 25, Frederiksberg Der afholdes mundtlig gruppeeksamination, med individuel bedømmelse. De studerende trækker hver deres spørgsmål og eksamineres individuelt i 10-15 minutter. Derefter vil de øvrige studerende blive spurgt om de vil tilføje noget. Den resterende del af eksamen vil foregå som en styret diskussion. Varigheden af eksamen vil være ca. 1 time for en gruppe på 3 studerende. Da der lægges op til gruppearbejde tæller den skriftlige opgave ikke med ved eksamen. 7-trinsskala, ekstern censur Mere information eller spørgsmal? Kontakt de kursusansvarlige: Tine Hald, Fødevareinstituttet, DTU E-mail [email protected] Telefon 5115 7485 Dorte Frees, Institut for Veterinær Sygdomsbiologi/Mikrobiologi, KU-LIFE E-mail [email protected] Telefon 3533 2719 --5--
© Copyright 2024