1. No category

Extraktion av DNA ur kiwi Martin Siljeklint 2015­10­08 Uppgift:​
Går det att ta fram DNA ur kiwi? Går det att titta på DNA genom ett mikroskop? Syfte:​
Syftet med denna laboration är att extrahera DNA (Deoxyribonucleic acid eller Deoxiribonukleinsyra på svenska) från en Kiwifrukt, samt använda tidigare kunskaper inom ämnet. För att göra detta behövde via använda våra tidigare kunskaper om DNA och genetik. Dessutom lära oss att söka fakta via andra källor från t.ex. böcker och internet. Vi behövde även kunna hantera ett mikroskop samt använda våra tidigare laborationskunskaper. Hypotes:​
Jag tror att det kommer gå att ta fram DNA ur kiwin därför att DNA finns i alla levande organismer. Kiwins celler är även levande organismer och därför skulle vi även kunna ta fram DNA ur kiwi. Diskmedel används för att lösa upp fett när man diskar. Därför tror jag att den kommer att lösa upp cellväggarna i cellen därför att dessa består av fett. Jag tror att saltet kommer dra till sig allt förutom DNA:et därför att DNA:et inte har något fett i sig. Alltså drar saltet till sig allt med fett i sig. Jag tror att vi kommer använda oss av iskall T­röd därför att det saktar ner en kemisk process där DNA:et bryts ner. Material: ●
Mogen kiwi ●
Natriumklorid (NaCl) ●
Diskmedel ●
T­röd (95 % C​
H​
OH, H​
0 & denatureringsmedel) 2​
5​
2​
●
Vatten (H​
0) 2​
●
3 2 bägare 200 cm​
●
3 3 bägare 50 cm​
●
1 tratt ●
Filtreringspapper ●
Sked ●
Spatel ●
Mikroskop ●
Objektglas ●
Täckglas ●
Tandpetare Riskbedömning: I denna laboration används T­röd. T­röd är väldigt giftigt vilket gör att det krävs försiktighet under laborationen. Om man intar det kan man till och med bli blind. Undvik att lukta på det då det kan medföra dåsighet och yrsel. Få inte heller det på fingrarna därför att vätskan i huden avdunstar vilket kan skapa irriterad hud samt märken. Det är även väldigt brandfarlig och har en flampunkt på 8 °C. Detta gör att det kan börja brinna om det kommer i kontakt med något varmt eller någon typ av gas till exempel. När vi ska kolla på DNA:et genom mikroskop ska vi lägga ett täckglas ovanpå DNA:et och objektglaset. Det gäller att vara försiktigt när man ska hålla i täckglasen. Dessa är mycket tunna och det finns stor risk när man håller i dem att de krossas. Då kan man få små glasbitar i fingrarna. Ett tips är att fukta fingrarna lite och tryck lätt mot glaset för att få upp det. På grund av att vi använder kiwi som är en frukt som man kan vara allergisk mot kan det vara bra att höra med eleverna innan om det är någon som är allergisk. Vid allergisk reaktion kan delar i ansiktet svullna upp och man kan även uppleva klåda. Utförande: 1.
Först tog vi fram allt material som vi behövde för laborationen. 2.
Därefter tog vi en kiwi och delade på mitten med en kniv. Därefter använde vi en sked för att gröpa ut innehållet ur kiwin. Detta gröpte vi ur i en 250 ml bägare. 3.
Därefter tog vi en ny bägare. I denna hällde vi 10 cm​
diskmedel. Sedan spädde vi ut diskmedlet med 3​
kallt vatten. Vi spädde ut diskmedlet med så mycket vatten att den totala mängden blev 100 ml. Alltså tillsatte vi 90 cm​
vatten. 3​
4.
Efter det hällde vi det utspädda diskmedlet i bägaren med den urgröpta kiwin. Vi hällde så mycket så att det täckte kiwin. Därefter mätte vi upp 3 g NaCl i en 100 ml bägare. Detta hällde vi sedan över i blandningen med det utspädda diskmedlet och kiwin. Sedan blandade vi väl. 5.
Sedan tog vi en ny bägare. I denna satte vi en tratt med ett filterpapper i. Filterpappret vek vi först på häften och sedan på hälften igen. Filterpappret skulle sett ut ungefär som en pizza om vi hade vecklat ut det. Men istället för att veckla ut den tog vi ena fliken av pappret och vek ut. På så sätt bildades en kon av filterpappret. Detta satte vi sedan i tratten. Sedan filtrerade vi blandningen genom tratten. 6.
När 20 ml hade filtrerats genom filtret hällde vi samma mängd, alltså 20 ml, T­röd i samma bägare. För att ta upp och hälla över T­röd använde i en pipett. 7.
När vi hade hällt över T­röd så rörde vi upp försiktigt och lät de stå i cirka en minut. Då separerade sig vätskorna. 8.
Sedan tog vi en tandpetare för att ta ur DNA:t ur filtratet. Det som var DNA hade lagt sig som ett eget vitt, genomskinligt och geleaktigt lager. För att ta ut en slajmig bit var vi tvungna att det det väldigt försiktigt så att vi inte förstörde DNA:te. 9.
Till sist la vi den geleaktiga biten och la den på ett objektglas. Därefter la vi ett täckglas ovanpå. Detta satte vi i ett mikroskop där vi kollade på vårt resultat. Resultat: Vi lyckades att ta ut DNA:et ur blandningen med hjälp av en tandpetare. När vi sedan hällde i T­Röd i filtratet delade sig vätskorna. Blandningen la sig på botten, DNA:t la sig i mitten och T­röd la sig längst upp. När vi kollade på resultatet genom ett mikroskop kunde vi se små trådar som var DNA:et. I den översta bilden kan du se filtratet bestående innan vi hällde i T­röd. I den nedre kan du se blandningen efter att vi hade hällt i T­röd. Som man ganska tydligt kan se har T­röd skiktat sig och lagt sig ovanför. I mitten har DNA:et fällts ut. Ovanför kan du se när vi tog DNA:et ur blandningen och satte det på ett objektglas med hjälp av tandpetare. Nedanför kan du se vårt slutliga resultat när vi tittade på DNA:et genom ett mikroskop. De små vita trådarna man kan se är själva DNA:et. Slutsats: Olikheter och likheter, resonera kring hypotes, jämföra resultat med uppgiften, felkällor, hur kan undersökningen utvecklas och förbättras, På vilket sätt arbetade du systematiskt. ser till att allt görs supernoga, i ordning, Vilket s’ätt behövde du tänka på säkerheten i undersökningen Med hjälp av fakta och böcker från nätet, med källkritik och varför de var trovärdiga Anledningen till att vi först mosade kiwin var för att vi skulle kunna filtrera den genom filtreringspappret. Men den viktigaste anledningen var att vi skulle separera cellerna från varandra. När vi mosade kiwin slets cellväggarna ifrån varandra så att cellerna låg fritt. Detta underlättade sedan när vi ville komma åt cellerna i nästa moment. När vi sedan la till blandningen med diskmedel löste vi upp cellväggarna och även kärnmembramet som omger cellkärnan. Hur då kanske du undrar? Jo. Varför använder du diskmedel när vi diskar? Därför att du vill lösa upp fettet. Precis samma sak vill vi göra här. Cellväggarna och kärnmembramen består av lipider (fett). Diskmedel består av tensider som löser upp fett. När vi sedan hällde på blandningen av diskmedel och vatten löstes cellväggarna och kärnmembramen upp vilket gjorde att DNA:et kunde flyta fritt. Vi använde NaCl för att DNA:et skulle klumpa ihop sig. DNA är en negativt laddad molekyl. Därför dras inte DNA­molekylerna till varandra. När man sedan lägger till NaCl neutraliserar det DNA­molekylerna vilket gör att det troligare att DNA­molekylerna dras till varandra. Det finns flera anledningar till att vi använde iskall T­röd. Den första anledningen är att T­röd lättare skiktar sig och lägger sig längst upp om det är kallt. För det andra så gör det DNA:et fastare på grund av temperaturen när det har klumpat ihop sig med hjälp av NaCl. DNA:et löser inte heller sig i T­röd. Den kanske viktigaste anledningen är att kylan skyddar mot DNase. DNase är en enzym som finns i cytoplasman och är till för att skydda mot angrepp av andra DNA som t.ex. Virus. DNase kan förstöra DNA men förstör inte cellens egna DNA därför att den oftast är skyddad av kärnmembramet. Så när diskmedlet löser upp cellväggarna och kärnmembramet finns det inget som skyddar DNA:et från DNaset. Därför börjar DNaset bryta ner DNA:et som vi vill ta fram och kolla på. För att sakta ner denna process används kall T­röd. Kylan saktar ner den kemiska processen. Om vi istället skulle gjort ett annat experiment där vi ville snabba på den kemiska processen skulle vi använt något som hade högre temperatur Anledningen till att T­röd lägger sig längst upp, DNA:et i mitten och resten längst ner är på grund av att vi häller ner T­röd försiktigt vilket gör att det inte blandas med det andra. Dessutom har alkohol (C​
H​
OH i detta fallet) 2​
5​
lägre densitet än vatten vilket gör att det flyter upp till ytan. Anledningen till att vi filtrerade blandningen med kiwi, diskmedel och vatten var att vi ville få bort de stora kiwibitarna som vi inte behövde. Anledningen till att vi använde just kiwi var därför att den var lätt att mosa, alltså kunde vi frigöra cellens innehåll genom att mosa cellväggarna enkelt. Det skulle också fungerat med andra frukter som är lika mjuka, som t.ex. banan eller jordgubbar. Dock skulle det troligtvis inte fungerat med en omogen frukt därför att celldelningen fortfarande är igång då vilket skulle göra att DNA:et skulle lägga sig som kromosomer. De lägger sig som kromosomer därför att DNA:et ska vara lättare att kopiera. Om de inte skulle legat i kromosomer skulle de legat huller om buller vilket skulle försvårat processen. Resultatet är rimligt därför att vi kunde plocka fram DNA ur kiwi vilket borde gå i och med att kiwins celler är levande organismer. Jag hade även rätt i min hypotes där jag sa att DNA finns i alla levande organismer. Jag hade delvis rätt när jag skrev att diskmedlet skulle lösa upp cellväggarna. Det gjorde diskmedlet men det löste även upp kärnmembramet. Dessutom visste jag inte vilket ämne i själva diskmedlet som löste upp fettet, men nu vet jag. I min hypotes skrev jag att kallt T­röd skulle sakta ner en kemisk process. Då visste jag inte vilken kemisk process i och med att jag inte var så påläst som jag är nu. Dessutom fanns det många fler anledningar till att vi använde T­röd än vad jag trodde. Jag trodde också att saltet skulle dra åt sig allt förutom DNA:et. Men det var istället tvärt om. Saltet gjorde så att allt DNA klumpade ihop sig. Hur kan man använda sig av att plocka fram DNA ur t.ex. frukt? Jo till exempel så klan forskare lära sig mer om DNA genom att kolla på det. Då skulle det självklart behövas ett bättre mikroskop än det vi använde. Till exempel så gick årets nobelpris i kemi till någon som hade forskat på hur celler reparerar skadat DNA. Jag tror att saltet kommer dra till sig allt förutom DNA:et därför att DNA:et inte har något fett i sig. Alltså drar saltet till sig allt med fett i sig. Jag tror att vi kommer använda oss av iskall T­röd därför att det saktar ner en kemisk process där DNA:et bryts ner. Tips:​
Tips på en modifiering på laborationen är att t.ex. låta vissa elever använda iskall T­röd och vissa T­röd i rumstemperatur. På så sätt skulle man kunna se vilken inverkan det har på hur mycket av DNA:et bryts ner. Man skulle även kunna Göra en laboration där man plockar bort vissa ingredienser från vissa labbgrupper. T.e.x kan man ta bort salt från en grupp, diskmedel från en grupp och T­röd från en grupp. På så sätt skulle man kunna se hur viktiga all ingredienser är för att det ska fungera och även kanske se vilken inverkan ingredienserna har. Vi skulle även kunna testa att ha omogna och mogna frukter samt olika frukter för att se hur detta påverkade. Man skulle även kunnat testa att ta fram DNA från sitt egna saliv. Detta skulle gjort att laborationen kanske hade blivit mer spännande på grund av att man hade chans att se sitt egna DNA. Utvärdering av laborationen: Jag tyckte att vi arbetade systematiskt under laborationen trots att vi misslyckades på framför allt en punkt: Att vi råkade ta handdiskmedel. Annars tyckte jag vi jobbade på bra genom att vi följde säkerhetsinstruktionerna som fanns. T.ex. så använde vi förkläde samt vi tog av oss långärmade tröjor. Vi tog det försiktigt när vi hanterade täckglas samt T­röd. Vi tog även fram alla grejer innan laborationen samt läste igenom hela instruktionspappret. Jag tyckte även att alla i gruppen ar delaktiga. Dock tar jag på mig att vi tog handdiskmedel istället för diskmedlet. Jag såg inte diskmedlet och handdiskmedlet stod rakt framför oss. Felkällor: När vi laborerade råkade vi ta handdiskmedel istället för diskmedel. Detta kunde lätt till att laborationen inte gick att genomföra. Men på grund av att handdiskmedlet även innehåller tensider som löser upp fett. Därför tror jag inte att det spelade så stor roll. Dessutom skulle vi nog märkt det på resultatet om inte handdiskmedlet skulle fungerat likadant. Däremot om handdiskmedlet inte hade innehållit tensider skulle inte cellväggarna och cellmembramet ha lösts upp. Då skulle inte vi kunnat se DNA:et. En annan felkälla var att vårt filterpapper gick sönder när vi filtrerade blandningen. Detta spelade inte heller någon roll därför att vi tog en ny bägare och filtrerade om bägaren helt från början. Det kan även ha funnits rester från andra laborationer i bägarna som vi använde. Detta kan ha påverkat den kemiska processen. Vi tog lunch under tiden vi filtrerade blandningen. Detta kan ha lett till att mycket DNA bröts ner på grund av att vi inte hällde i T­röd förrän vi kom tillbaka. Dock fick vi fram tillräckligt med DNA, så det var inget problem i detta fallet. Källor: Ne.se Anledningen till att jag använde Ne.se som källa var att det är en väldigt trovärdig källa. Man kan se vilka personer som har bidragit med innehållet till varje enskild artikel. Man kan även se vilka meriter de har samt vilka källor de har utgått ifrån. Till skillnad från t.ex. Wikipedia kostar tjänsten pengar. De har experter anställda som skriver om ämnen de är bra på. Alla texter granskas innan de läggs ut och de uppdateras med jämna mellanrum. Därför är Ne.se trovärdigt. Nationalencyklopedin, kromosom.​
​
http://www.ne.se/uppslagsverk/encyklopedi/lång/kromosom​
​
(Hämtad 2015­10­11) Nationalencyklopedin, Membran.​
​
http://www.ne.se/uppslagsverk/encyklopedi/lång/membran​
(Hämtad 2015­10­11) Nationalencyklopedin, Natriumklorid.​
​
http://www.ne.se/uppslagsverk/encyklopedi/lång/natriumklorid​
​
(Hämtad 2015­10­11) Nationalencyklopedin, Diskmedel.​
​
http://www.ne.se/uppslagsverk/encyklopedi/lång/diskmedel​
​
(Hämtad 2015­10­11) Nationalencyklopedin, Växtcellen​
.​
​
http://www.ne.se/uppslagsverk/encyklopedi/lång/cell/växtcellen​
(​
Hämtad 2015­10­11) WIkipedia: Många anser Wikipedia som en osäker källa. Det beror på att vem som helst kan redigera texterna som står där. Dock betyder detta inte att det inte går att använda Wikipedia alls! Wikipedia rättas oftast väldigt fort av folk som ser att det står fel på sidan och ändrar texten. Dessutom tror jag inte att det finns någon speciell anledning att ljuga om t.ex. Rödsprits flammpunkt. Man kan istället ha i åtanke att allting inte alltid är sant. Därför kan det vara bra att dubbelkolla med en annan källa. Men för det mesta är Wikipedia trovärdig. I och med att folk kan lägga till saker själva hålls även artiklarna uppdaterade om n y fakta/information skulle tillkomma. Ofta finns det källor som skribenten har använt för att skriva faktan i artikeln. Wikipedia, Rödsprit​
.​
​
https://sv.wikipedia.org/wiki/Rödsprit​
(Hämtad 2015­10­09) Eriksson, A. (2015). ​
TitaNO Biologi Denna källan är trovärdig därför att den används som vår lärobok. Den är skriven av experter och publicerad av ett känt svenskt förlag (Gleerups). När en lärobok ges ut av ett förlag kollas alltid bokens relevans samt trovärdighet. I och med att den används som vår lärobok måste den anses som trovärdig. Författaren har varit gymnasie och grundskolelärare i biologi och kemi i 20 år. Susanne Friberg, lärare i NO. S. Friberg är lärare men trots detta behöver det inte betyda att hon alltid har rätt. Dock är denna källan trovärdig därför att Susanne är en utbildad lärare i NO med kunskaper och erfarenheter om ämnet. Övriga källor: 1177, Matallergi hos Barn.​
​
http://www.1177.se/Skane/Fakta­och­rad/Sjukdomar/Matallergi­hos­barn/​
​
(Hämtad 2015­10­09) Skol­kemi, Ta fram DNA ur kiwi. ​
http://school.chem.umu.se/Experiment/141​
, (Hämtad 2015­10­09) I Vanliga fall skulle jag inte använt en laborationsrapport som källa. Men i detta fallet är labrationsrapporten skapad av Umeås Universitet. Skol­kemi som har gjort denna sida är en satsning av kemi­instutionen vid Umeås Universitet där man har gjort olika experiment möjliga för lärare att använda. Jag anser att detta är en trovärdig källa på grund av