1. No category

24.03.2015
Line Andreassen
Avdeling for mikrobiologi og smittevern
Universitetssykehuset Nord-Norge
Core facility for
Automated
Real-time PCR &
Extraction
1
24.03.2015
CARE
Systemet er utviklet av FoU ved AMS på UNN, i
samarbeid med Hamilton Robotics.
Innebærer automatisering og interfacing av hele
prøveprosessen fra prøven kommer inn til den er ferdig
svart ut.
Består av:
Hamilton STARplus pipetteringsenhet og ekstraktor
Chemagic STAR ekstraktor
STAR PCR-setup robot
2 stk. ABI 7900 (384 blokk)
SWAP-arm
RoboSeal
Inheco kjølehotell
2
24.03.2015
Hamilton STARplus
Hamilton STARplus
Består av pipetteringsenhet og ekstraktor.
Brukes i dag bare til ”prepare samples” (pipettering av
prøver).
Prøver pipetteres i 2 ml. deepwell-plater m/barkode,
som så overføres (manuelt) til Chemagic star for
ekstraksjon.
3
24.03.2015
Uringlass går direkte på systemet
UTM må pipetteres over i sekundærrør
4
24.03.2015
Chemagic STAR
5
24.03.2015
Prinsipp for ekstraksjon: Magnetiske kuler
Chemagic star viral DNA/RNA 300 kit fra Perkin Elmer
6
24.03.2015
Magnethode med 96
staver
Stavene stikkes ned i deepwell-plata og tar med seg magnetkulene.
7
24.03.2015
Hver magnetstav har en sleeve på seg for å unngå kontaminering
Væske-håndtering
Ny deepwellplate for hvert steg i ekstraksjonen
Minimerer risk for restreagenser
Mindre risiko for hemming i brønnene.
8
24.03.2015
Hamilton STAR
Kjøleblokk for mastermix, kontroller og PCR-/eluatplater
9
24.03.2015
Mastermix blandes i uringlass
Pipetterer både mastermix, PCR-kontroller og prøve til PCR-plata
10
24.03.2015
PCR-maskiner
2 stk ABI 7900, 384-blokk
SWAP robotarm
For transport av eluat- og PCR-plater mellom ulike komponenter i systemet
11
24.03.2015
Inheco kjølehotell
Oppbevaring av eluatplater mellom ekstraksjon og PCR-oppsett
4ºC
Stablehylle for eluatplater
Brukes til loading av eluatplater til/fra hotellet
12
24.03.2015
RoboSeal
Forsegler PCR-plater med optisk film
13
24.03.2015
Graphical User Interface (GUI)
Mottar arbeidslister fra labsystemet etter hvert som
prøver registreres.
Resultat fra ABI-system overføres automatisk til GUI
og kan analyseres og bearbeides manuelt her.
Til slutt overføres resultat fra GUI til vårt datasystem
og prøver er klare for utsvaring.
14
24.03.2015
Avlesning gjøres alltid både fra SDS-fila og fra GUI.
Viktig fordi at alle resultat med Ct-verdi vil være registrert som positiv i GUI
uavhengig av utseende til amplifikasjonsplot.
15
24.03.2015
Rammer i GUI
Indikerer ikke aksepterte resultater og setter prøver til
reanalysering.
Systemet foreslår selv rammer ut fra ulike kriterier og
vi kan også sette rammer manuelt
Når platen er ferdig avlest/korrigert og kontrollert
sendes alle svarene til labsystemet ved å trykke “save to
LIMS”. Prøver som har fått ramme vil ikke overføres til
labsystemet
Andre agens som kjøres på
CARE i dag
Neisseria gonorrhoeae
Mycoplasma genitalium
Chlamydophilia pneumoniae
Mycoplasma pneumoniae
Bordetella pertussis
16
24.03.2015
Planlagt overført våren 2015
Adenovirus
Influensa A og B
Para influensa 1,2 og 3
Corona virus (NL63, OC43, 229E)
Metapneumo virus
Rhino virus
RS virus.
Kjøres i dag på Easymag og ABI 7500
17