Bruk av eDNA i kartlegging Muligheter og
Bruk av eDNA i kartlegging av storsalamander (Triturus cristatus) Muligheter og begrensninger Jens Thaulow, NIVA Jens Thaulow 1 Vanskelig å identifisere arter med lav densitet • Destruktivt • Tidskrevende/dyrt • Har man undersøkt tilstrekkelig, og når er det? • Fagkompetanse for hver art Jens Thaulow 2 Miljø DNA eller environmental DNA (eDNA) Alle organismer avgir DNA til omgivelsene såsom: celler, slim, urin, avføring, osv… DNA kan «overleve» i 2 uker eller mer Tidsbesparende metode! • Deteksjon av invasiv Asiatisk sølvkarpe i USA med elektrofiske krevde 93 persondager • eDNA 0,174 person-dager (Jerde et al. 2011) Jens Thaulow 3 “Conservation in a cup of water” 5/6 historiske lokaliteter positive for Storsalamander med eDNA, men kunne ikke påvises på vanlig vis 91 % suksess med eDNA Jens Thaulow 4 Filtrering og sekvensering: Jens Thaulow 5 • Fant 17/19 positive qPCR fra kjente lokaliteter • Transport av prøven kritisk for deteksjons mulighet • Viste at vannprøver utenfor «vanlig salamander prøvetakingsperiode» også kunne brukes • Denne publikasjonen var første steg (validering) mot en større kartlegging av storsalamander i UK Jens Thaulow 6 Innsendelse av vannprøver fra frivillige • Bedre enn vanlig feltundersøkelse for 140 dammer • eDNA 99,3% Versus: • Flaske feller 76% • Lykte telling 75% • Egg søkning 44% • 239 dammer analysert fra innsendte prøver og identifiserte storsalamander i 91,3% av disse! Jens Thaulow 7 Biomasse / antall individer tilstede • Gjort flere forsøk på å bestemme biomasse av en art, men primært på labben • Feltforsøk upresise (Thomsen et al 2012; Pilliod et al. 2013) • Pålitelig bestemmelse av biomasse er ennå ikke mulig Jens Thaulow Idaho Giant Salamander (Dicamptodon aterrimus) R2 = 0,24 Pilliod et al. 2013 R2 = 0,40; P < 0,05 Thomsen et al. 2012 8 Begrensninger • Falske positiver - deteksjon av arten uten at den er tilstede: • Uspesifikke primere • Kontaminering (i felt eller lab) • Lang levetid for eDNA • Falske negativer – manglende deteksjon av arten selv om at den er tilstede: • Dårlig sampling • Dårlig ekstraksjon av eDNA • PCR inhibering • For lite eDNA i prøven Jens Thaulow 9 En svart og en rød hos NIVA Elvemusling (Margaritafera margaritafera) Solabbor (Lepomis gibbosus) Jens Thaulow 10 Takk for oppmerksomheten Jens Thaulow 11
© Copyright 2024