Luftveisprosjektet - St. Olavs Hospital
Mikrobiologisk diagnostikk av luftveisinfeksjoner Andreas Christensen, Avd. for medisinsk mikrobiologi, St. Olavs Hospital Er det nødvendig å ta mikrobiologiske prøver ved luftveisinfeksjoner? • De fleste luftveisinfeksjoner kan ikke behandles og går over av seg selv • Bare et fåtall infeksjoner er bakterielle og trenger behandling • For å skille ut disse, klarer man seg med klinikk og biokjemi? Litt bakgrunn: February 26, 2015 Jain et al 2015 (EPIC barn) • Omfattende prospektiv studie på barn med pneumoni der man har gjort grundige undersøkelser for å finne både virus og bakterier i prøvene • Kontrollgruppe • 2222 barn inkludert over en toårs periode • Barn med symptomer på pneumoni og med funn på rtg thorax • Ett agens eller flere påvist hos 81% • 73% virus • 15% bakterier Jain et al Jain 2015 (EPIC voksne) • Samfunnserhvervet pneumoni hos voksne • 2259 voksne pasienter, hospitalisert med pneumoni i en toårsperiode. Pos. rtg thorax • Nesepensel (98%), blodkultur (91%), urinprøve (85%), ekspektorat (41%) • 858/2259 (38%) positive for agens • Virus funnet hos 610/2259 (27%) • Bakterielt agens funnet hos 316/2259 (14%) Praktisk diagnostikk Aktuelle materialer • Nesepensel • Halspensel • Ekspektorat • Bronkioalveolær skyllevæske (BAL) • Urin • Blodkultur • Serum Antigenundersøkelse • Antigenundersøkelse for pneumokokker og Legionella pneumophila benyttes i dag på urin • OK spesifisitet • Lav sensitivitet (50-80%) • Lett å ta, rask og gir nyttig informasjon ved positivt resultat. Benyttes som øyeblikkelig-hjelp-test i akuttmottak. Lite påvirkelig av allerede gitt antibiotika. • Jain et al 2015 (voksne): pneumokokkfunn i urin gjort hos 84/1941 (positiv rate 4,3%) Bakteriologisk dyrkning, diagnostisk verdi • Hals- og neseprøve: ingen verdi • Ekspektorat: • Lav verdi. • Avhengig av kvalitet på materialet • Jain 2015: klinisk relevant funn hos 19/267 (7,1%) Bakteriologisk dyrkning, diagnostisk verdi • BAL: • Lav verdi • Jain 2015: klinisk relevant funn gjort hos 7/83 (8,4%) • Bidrar til avklaring i spesielle tilfeller • Blodkultur: • Høy spesifisitet • Lav sensitivitet (7-16%) • Jain 2015: Blodkulturfunn blant alle med CAP 62/2070 (3,0%) PCR (både virus og enkelte bakterier) • Påviser genmateriale (ikke nødvendigvis intakte organismer) • Svært spesifikk • Egner seg glimrende for agens som ikke forekommer i normalfloraen som f.eks. Legionella, Bordetella pertussis • Avtagende sensitivitet utover i sykdomsforløpet • Egner seg best i løpet av sykdommens første fire uker • Brede repertoar inngår i flere laboratoriers tilbud • adenovirus • humant bocavirus • coronavirus (OC43, 229E and NL63) • enterovirus • humant metapneumovirus • influensa A og B • parainfluensavirus type 1-4 • RS-virus • • • • • rhinovirus parechovirus Bordetella pertussis Bordetella parapertussis Chlamydophila pneumoniae • Mycoplasma pneumoniae • Legionella pneumophila • Pneumocystis jiroveci Serologi • ELISA er en robust og god metode • Grunnpilaren i diagnostikken av mange agens (HIV, hepatitter, syfilis, borrelia, EBV, CMV m.m.) • Mer problematisk ved luftveisinfeksjoner • Dårlig sensitivitet pga stor stammevariasjon • Forsinket diagnostikk • Redusert spesifisitet bl.a. pga normalforekommende agens som er nært beslektet (Mycoplasma, Chlamydophila, Bordetella) • Langvarig forhøyede titre Prediktiv verdi Eksempel: Serologisk test for Mycoplasma • Sensitivitet 90% • Spesifisitet 85% To eksempler: Eksempel 1: - Luftveisinfeksjon nov 2011 under et Mycoplasmautbrudd: Prevalens i testpopulasjonen 20% - Positiv prediktiv verdi: 60% Prediktiv verdi Eksempel 2: Klinisk situasjon der indikasjonen er diskutabel: Tretthetssyndrom • Meget raust anslag for prevalens av tretthetssyndrom forårsaket av Mycoplasma: 1% • Positiv prediktiv verdi: 6% Prediktiv verdi • Et samarbeid mellom kliniker og laboratorium, å få høyest mulig positiv prediktiv verdi • Laboratorielegens bidrag: • En samlet vurdering av signalstyrke for IgG, IgM og klinikk øker spesifisiteten. • Klinikers bidrag: • Indikasjonsstilling og kliniske opplysninger • Utsiling av pasienter basert på klinikk øker prevalensen i populasjonen man undersøker PCR vs. serologi Anbefalinger • PCR benyttes primært i løpet av de første 0-4 uker • Serologi vil være mest egnet i tiden etter dette (men de behandlingsmessige konsekvenser vil da være små) • Obs langvarige/stasjonære IgM-titre (for kikhoste IgA-titre) • Obs vaksineeffekt for kikhoste Vårt serologi-repertoar for luftveisagens • Bordetella pertussis • Mycoplasma-, Chlamydophila-, adenovirus-, influensavirus-, enterovirus- og legionella-serologi er nedlagt i løpet av de siste årene pga testenes dårlige sensitivitet og spesifisitet • Legionella-serologi kan i blant være indisert. Blir da videresendt til referanselaboratoriet i Stavanger Luftveisprosjektet ved St. Olav (CAIR) • Siden nov 2006 • Barn innlagt med luftveisinfeksjon • Kontrollbarn innlagt til elektiv kirurgi, uten luftveisinfeksjon • Omfatter nå ca. 6000 prøver (nasofarynxaspirater og EDTA-plasma) • 5-600 kontroller • Undersøkes med 18 ulike PCR’er samt bakteriologisk og virologisk dyrking • Dyr pakke, prosjektfinansiert PCR-funn, pasientgruppen Agens N % Agens N % RSV 262 24.8% Coronavirus NL63 29 2.7% Rhinovirus 223 21.1% Parainfluensav. I 20 1.9% Adenovirus 100 9.5% Parainfluensav. II 11 1.0% Enterovirus 95 9.0% Influensavirus B 5 0.5% hBocavirus 94 8.9% Coronavirus E229 1 0.1% hMetapneumovirus 60 5.7% M pneumoniae Coronavirus OC43 48 4.5% B pertussis 7 0.7% Influensavirus A 42 4.0% C pneumonia 0 Parainfluensav. III 47 4.4% 13 1.2% Kontrollgruppen Agens N % Enterovirus 25 28.7% Rhinovirus 24 27.6% Adenovirus 16 18.4% hBocavirus 15 17.2% Agens N % Coronavirus NL63 0 Parainfluensav. II 0 Parainfluensav. III 0 hMetapneumovirus 0 Coronavirus OC43 3 3.4% Influensavirus A 0 Parainfluensav. I 2 2.3% Influensavirus B 0 RSV 1 1.1% B pertussis 0 Coronavirus E229 1 1.1% C pneumonia 0 M pneumoniae 0 Tre viruskategorier • Klar assosiasjon med LVI • RS-virus • Influensa • Metapenumovirus Sesongvariasjoner Forekommer hyppigst alene • Høy virusmengde assosiert med LVI • Rhinovirus • Bocavirus • Adenovirus • Ingen assosiasjon med LVI: • Enterovirus I liten grad sesongvariasjoner Forekommer hyppigst sammen med andre virus PCR-funn hos friske • Mest uttalt hos barn • Rester etter tidligere infeksjon? • Asymptomatisk infeksjon? • I inkubasjonsfasen? • Bærerskap? • Reaktivert latent infeksjon? Kliniske holdepunkter, virusinfeksjoner (I hovedtrekk vanskelig å skille klinisk) • Klassisk forkjølelse (i prinsippet alle nevnte virus): • Rhinovirus (hele året, mest om høsten) • Coronavirus (i sjeldne bølger/sporadisk) • Adenovirus (sporadisk) • Laryngitt/heshet • Parainfluensavirus (varierende fluktuasjoner) • Bronkitt/bronkiolitt • Parainfluensavirus (varierende fluktuasjoner) • RS-virus (årlige epidemier) • Metapneumovirus (epidemier hvert 2.-3. år) Kliniske holdepunkter • Pneumoni • • • • • Parainfluensavirus Metapneumovirus RS-virus Adenovirus Influensa • Feber (i prinsippet de fleste av nevnte virus) • Influensa • Metapneumovirus Bakteriologisk dyrkning av NPA • Ingen signifikant forskjell mellom pasient- og kontrollgruppe vedr. rikelig vekst av pneumokokker, Haemophilus influenzae eller Moraxella catharralis Pas n=1154 Kontr n=162 Totalt n=1316 S. pneumoniae 20,5% 26,5% 21,3% H. influenzae 17,4% 13,0% 16,9% M. catarrhalis 24,5% 23,5% 24,4% Hva er det som går? www.stolav.no/mikrobiologi Når er det indikasjon for å ta prøve? • Behandlingsmessig konsekvens? • Siktemål: Skille ut bakterielle infeksjoner • Epidemiologisk oversikt? • Prognostisk betydning? • Obs. langvarig utskillelse av enkelte virus. Funnet behøver ikke ha klinisk betydning. • Holder det å vite hva pasienten sannsynligvis er smittet med? Behandlingsmessig konsekvens • Antibiotika 1. Legionella 2. B. Pertussis 3. Mycoplasma og Chlamydophila • Prognostisk informasjon kan påvirke behandling • Isolering/kohortisolering • Influensa i intensiv-situasjoner: Tamiflu • Fører økt diagnostikk til redusert antibiotikaforbruk? I allmennpraksis • Holder i de fleste tilfeller å skille sannsynlig bakteriell infeksjon fra viral basert på klinikk og CRP • For epidemiologisk oversikt kan man benytte vår hjemmeside, eller høre med det lokale laboratorium • Hals-/nesepensel til virus- og bakteriediagnostikk forbeholdes tvilstilfeller eller spesielle tilfeller • Agens som gir behandlingsmessig konsekvens prioriteres for analysering (Legionella, B. pertussis, Mycoplasma og Chlamydophila) • Obs. Legionella! Penselprøve lite sensitiv. Ekspektorat anbefales. Spesielle pasientgrupper • Ledd i utredning ved luftveisplager hos pasienter med: • Alvorlig grunnsykdom • Immunsuppresjon Kontrollprøver? • Som hovedregel: Nei • Klinikk og biokjemi avgjør oppfølgingstiltak • Oppfølgingsprøver anbefales kun ved inkonklusiv diagnostikk i første prøve • Genmateriale kan vedvare i prøver i uker og måneder etter endt sykdom • Antistoffer vedvarer enda lenger
© Copyright 2024