Hurtigtester innen
mikrobiologi
Fredrik Müller
Avdeling for mikrobiologi,
Oslo universitetssykehus HF
Hva mener vi med mikrobiologiske «Hurtigtester»?
Ingen entydig definisjon
Kanskje kan en hensiktsmessig definisjon være en
metode som anvendes direkte på prøvemateriale og som
gir et resultat innen ca 2 timer.
Strengere tidskrav for Pasientnære tester (PNA) = «Point
of care testing» (POCT) «results will be available instantly
or in a very short time frame»
Testresultatet må være til nytte for behandlende lege, f
eks når det gjelder vurdering av antibiotikabehandling,
isolering eller vurdering av innleggelse på sykehus.
Melin P. University of Liege, 2011.
Diagnostiske metoder
Mikroskopi
Molekylære
hurtigtester
Immunologiske
hurtigtester
De første hurtigmetodene - mikroskopi
Gram
Akridin oransje
Ziehl-Neelsen
Auramin (Rhodamin)
Calcofluor White
……………
«Immunfarging»:
• Immunfluorescens,
• immunenzymteknikker
Hurtigtester basert på immunologiske teknikker
«Immunkromatografi»
Influensavirus
RSV
Gruppe A streptokokker
Mononukleose (heterofile antistoffer)
Legionella antigen
Pneumokokkantigen
Malaria
………..
Mikrobiologi & genomikk
Fournier PE et al. Nature Rev Microbiol 2013; 11; 574-585
Molekylære hurtigtester
Stiller noe varierende krav til bruker, men stort sett meget enkle og
raske instrumenter.
Molekylære hurtigtester
Enkelte instrumenter påviser ett agens/test
F eks
MRSA
C. difficile toksin gen
Enterovirus RNA
Enterokokk vanA/vanB gen
Molekylære hurtigtester
Andre påviser ett sett agens, gjerne relatert til klinisk problemstilling
For eksempel:
«Meningitt/Encefalitt-panel»
Escherichia coli
Haemophilus influenzae
Listeria monocytogenes
Neisseria meningitidis
Streptococcus agalactiae
Streptococcus pneumoniae
Cytomegalovirus (CMV)
Enterovirus
Herpes simplex virus 1 (HSV-1)
Herpes simplex virus 2 (HSV-2)
Human herpesvirus 6 (HHV-6)
Human parechovirus
Varicella zoster virus (VZV)
Cryptococcus neoformans/gattii
«Luftveispanel»
Adenovirus
Coronavirus HKU1
Coronavirus NL63
Coronavirus 229E
Coronavirus OC43
Human
Metapneumovirus
Rhinovirus/Enterovirus
Influenza A
Influenza A/H1
Influenza A/H3
Influenza A/H1-2009
Influenza B
Parainfluenza Virus 1
Parainfluenza Virus 2
Parainfluenza Virus 3
Parainfluenza Virus 4
Respiratory Syncytial
Virus
Bordetella pertussis
Chlamydophila
pneumoniae
Mycoplasma
pneumoniae
Hvordan kan hurtigtester utnyttes i sykehus?
1. Som del av det mikrobiologiske laboratoriet
Krever utvidet åpningstid, evt 24/7
Kan dekke hele sykehuset
Kompetent personell
2. Som del av generell laboratorievirksomhet («Sentrallab.»)
Vil ofte kreve overføring av ressurser
Kan dekke hele sykehuset
Kompetent personell
3. Satelittlab.
4. Pasientnær analysering (PNA) (POCT, Point of care testing)
Vil ofte dekke kun egen avdeling
Kompetanse?
Satelittlab: ”Point-of-care” laboratorium
Stort sykehus i Frankrike uten egen mikrobiologisk avd.:
Point-of-care laboratorium: Betjent 24/7, en person.
23 ulike analyser (PCR og antigentester).
Svartid 30 min – 3 ½ time.
Laboratorium lå nær Intensivavd.
Mikrobiolog i bakvakt.
Cohen-Bacrie S et al. PLOS One 2011: 6; e22403.
”Point-of-care” laboratorium
Fournier PE et al. Nature Rev Microbiol 2013; 11; 574-585
PNA innen mikrobiologi
PNA må forventes å øke – hvordan bør vi forholde oss?
Mye å lære av medisinsk biokjemi.
Mikrobiologi må ha hovedansvar for:
• Valg av instrument sammen med avdeling og Med.tekn. Avd.
• Verifisering, installasjon og implementering
• Brukeropplæring
• Prosedyrer
• Kvalitetskontroller
• Online-kobling
• Håndtering av resultater
• ……………
Isoterm amplifisering
Flere ulike metoder, f eks:
LAMP: Loop-mediated isothermal amplification
HDA: Helicase-dependent amplification
RPA: Recombinase Polymerase Amplification
NASBA: Nucleic acid sequence based amplification
Enklere krav til instrumentering «Varmeblokk»
Mer robust i forhold til inhibitorer i prøvemateriale enn PCR
Mer komplisert å multiplexe i forhold til PCR
PCR: forbedringer
Forbedringer for bruk «i felt», f eks «Freedom4» fra Ubiquitome, New Zealand:
Raskere PCR – rapid PCR, extreme PCR
F eks: Farrar JS, Wittwer CT. Extreme PCR: efficient and specific DNA
amplification in 15-60 seconds. Clin Chem 2015; 61: 145-53.
Dypsekvensering:
Ingen hurtigtest ennå!
Nanopore sekvensering er lovende:
MD Cao, University of Queensland, Mai 2015:
“We have been able to accurately identify the
bacterial species and strains in a sample within
half an hour of loading the sample into the
sequencer and to characterize the antibiotic
resistance profile within few hours of sequencing
time.”
Takk for oppmerksomheten!
☺