1. No category

Vegard Eldholm – Årskonferansen - 2016
Tuberkulose blant innvandrarar: import eller nysmitte?
Harastølen sanatorium (1902)
Skisse
TB epidemiologi - Kor skjer transmisjon?
Test-case: Somalia cluster
Preliminære analysar
Tuberkulose-epidemiologi
• Mycobacterial Interspersed Repetitive Unites (MIRU) –
typing blir brukt i rutineovervåkning (24 loci)
• Identiske eller nær-identiske profilar indikasjon på
nysmitte/utbrot
• MEN: MIRU skiller ikkje godt nok til at ein kan seie
sikkert at to identiske stammar indikerer nysmitte utbrotsoppklaring
TB epidemiologi
Tuberkulose-epidemiologi
• Blant innvandarar frå høginsidens-land er problemet
meir komplekst:
– Ein stamme som er uvanleg i Noreg kan vere vanleg
der dei kjem frå
– Smitte skjer oftast internt i innvandarmiljø
– Viss nysmitte skjer i Noreg må vi avdekke og stoppe
transmisjon!
TB epidemiologi
• Men korleis skille:
– nysmitte (aktiv smittekjede i mottakkarland)
frå
– Import av latent TB
?
TB epidemiologi
Tuberkulose-epidemiologi hos
innvandarar:
• Ein M. tuberculosis genotype spesielt assosiert med
innvandrarar frå Somalia observert i 20 år i Noreg.
• Til samman, over heile perioden, har vi ca 140
bakterieisolat frå denne stammen.
• Spørsmåølet er: Kor mange av pasientane vart smitta
etter at dei kom til Norge?
Test-case
Slik ser MIRU resultata ut:
Test-case
Sekvenserte 133 genom - slik ser MIRU resultata ut:
Stor diversitet, parvis SNP-dist 53.4!
Nokre clustre av svært like stammar
Smitte i Noreg?
Test-case
På dette detaljnivået er det
dårleg konkordans mellom
MIRU og WGS
(datert BEAST fylogeni)
Test-case
Plan
• 133 genom (Illumina)
• Bayesiske evolusjonære metodar (BEAST)
Datert fylogenetisk tre
Modellering (transPhylo [Xavier Didelot])
Estimere smittetidspunkt
Hente data frå MSIS: når kom
pasienten til Noreg?
Sannsynsdistibusjon for per
pasient: smitta i Noreg Ja/Nei
Preliminære resultat
TransPhylo parametre
Generation time
Sampling time
Sampling denisty
Preliminære resultat
TransPhylo: visualisering av smittetidspunkt
Preliminære resultat
Målet: For kvar enkelt pasient: estimere
smittetidspunkt, sjekk mot ankomsttidspunkt
Preliminære resultat