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Journée des Doctorants
de l’Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-mer
Jeudi 30 Avril 2015
Amphithéatre bâtiment B
9h00 – 17h00
9h00-9h40
Présentation unités (4*10')
9h40-10h00
Mathieu Rembauville (LOMIC)
10h00-10h20
Anthony Léon (BIOM)
10h20-10h40
Amandine Bijoux (LOMIC)
10h40-11h20
Pause café
Poster M2
11h20-11h40
Marc Krasovec (BIOM)
11h40-12h00
Claire Dussud (LOMIC)
12h00-12h20
Elsa Stetten (LECOB)
12h20-14h00
Pause déjeuner
14h00-14h20
Hugo Lebredonchel (BIOM)
14h20-14h40
Mariana Padron (LECOB)
14h40h-15h00
Denisse Sanchez (LOMIC)
15h00-15h40
Pause café
Poster M2
15h40-16h00
Sandrine Fanfard (LECOB)
16h00-16h20
Dimitri Kalenitchenko (LECOB)
16h20-16h40
Elise Da-Silva (LBBM)
17h00-
Remise prix poster M2
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Importance de la diversité planctonique dans la régulation des flux de carbone et
de biominéraux dans l’océan Austral.
Mathieu Rembauville (LOMIC) - 9h40.
La pompe biologique constitue le transfert vertical matière organique produite dans les
couches superficielles de l’océan vers l’océan profond. Elle représente une part de l’absorption du
CO2 atmosphérique dans l’océan. Une grande disponibilité en macronutriments confère à l’océan
Austral un fort potentiel d’export actuellement non réalisé du fait d’une limitation par le fer. Cette
thèse a pour but de mieux comprendre comment la diversité planctonique (micro- et mésoplancton) et les stratégies écologiques (formation de spores, sensibilité au broutage, taux de
calcification) régulent l’intensité et la stœchiométrie des flux verticaux de matière organique
(carbone, azote) et de biominéraux (silice biogénique, carbonate de calcium) à proximité de trois
plateaux insulaires naturellement fertilisés end fer: les îles Kerguelen, les îles Crozet, et la Géorgie
du Sud.
Neural Induction in the cephalochordate Branchiostoma lanceolatum.
Anthony Leon (BIOM) - 10h00.
Neural induction is the process through which pluripotent cells are committed to a neural
fate. Although much has been learnt about the molecular mechanisms of neural induction, the
contribution of major signaling pathways, such as Nodal, remains to be addressed. My thesis project
will try to identify nodes within the neural induction Gene Regulatory Network (GRN) that receive
inputs from Nodal signals in amphioxus. For the moment, we are aimed at describing the expression
patterns of several neural markers candidates involved in this process.
Optimization of the production of omega-3 long chain polyunsaturated fatty acids
(LC-PUFAs) and their derivatives in Ostreococcus tauri.
Amandine Bijoux (LOMIC) - 10h20.
Omega-3 long chain polyunsaturated fatty acids (LC-PUFAs) play important roles in the
regulation of biological functions and prevention and treatment of a number of human diseases. As
fish oil fails to meet the increasing need and quality for these essential fatty acids, alternative
sources are being sought. Microalgae are considered as promising alternative for producing LCPUFAs. In recent years, several strategies have been investigated to improve omega-3 LC-PUFAs
production by microalgae. We investigate, using genetic engineering and optimization of culture
conditions, the capacities of the picoalgae Ostreococcus tauri, to produce valuable fatty acids.
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Diversité et évolution du phytoplancton eucaryote.
Marc Krasovec (BIOM) - 11h20.
Les mutations sont la source ultime de diversité sur laquelle agit la sélection naturelle pour
permettre aux espèces de s’adapter. L'étude du taux de mutation et de l'effet des mutations est
donc un paramètre essentiel dans la compréhension de l'évolution. L’objectif de mon doctorat est
d'estimer le taux de mutation chez le phytoplancton eucaryote, par la mise en place d’expérience
d'accumulation de mutations et de méthodes bio-informatiques.
Characterization of microbial communities associated with colonization and
degradation of marine plastic litters.
Claire Dussud (LOMIC) - 11h40.
Plastic litters has become the most common form of marine debris and it presents a major
and growing global pollution problem. In marine waters, plastic debris represents a new ecological
habitat for microorganisms. The research on biodegradability of plastics began in the early 1980s
and numerous papers provide information on the microbial biodegradation of a variety of plastics.
This requires understanding of the interactions between materials and microorganisms and the
biochemical changes involved. The research focus on the characterization of the biofilm formed at
the surface of marine plastic litters and the prokaryote functional community able to degrade
plastics (DNA-SIP (stable isotope probing) coupled with pyrosequencing using 13C stable isotopes of
3 plastic classes). Another objective is to evaluate the biodegradability of oxo-biodegradable plastic
and their potential toxicity in seawater.
Origine et réactivité de la matière organique contenue dans les sédiments des
lobes terminaux du système turbiditique du Congo.
Elsa Stetten (LECOB) – 12h00.
La région des lobes sous-marins du système turbiditique du Congo constitue un système
sédimentaire unique pour étudier les transferts terre-mer en Océan Atlantique. L’estuaire du fleuve
est incisé par un canyon sous marin qui assure une connexion directe entre le continent et la plaine
abyssale. La comparaison de la composition élémentaire et isotopique (% Corg, C/N, δ13C et δ15N)
du matériel organique (MO) particulaire délivré par le fleuve à celui des sédiments des lobes a
révélé que cette région constitue un important puits de MO terrigène, provenant du fleuve Congo.
Afin de préciser la contribution des sources continentales et celle des apports pélagiques dans les
sédiments des lobes, l’approche des biomarqueurs lipidiques a été utilisée (tétraéthers et acides
gras). Les résultats révèlent de faibles apports en MO labile pélagique tandis que la MO apportée
par le Congo, faiblement réactive, domine les apports. Cette analyse a confirmé que la région des
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lobes constitue un réel puits de carbone organique terrigène notamment parce que la MO terrestre
reste exceptionnellement bien préservée dans les couches anoxiques du sediment.
Prasinovirus : lien entre diversité et facteurs environnementaux.
Hugo Lebredonchel (BIOM) – 14h00.
Depuis la récente découverte de leur prédominance numérique (90's), de nombreuses
propriétés à fort impact ont été attribuées aux virus (contrôle des populations, transferts de gène,
modification des cycles trophiques, influence indirect sur le climat, ...). Le but de ce projet est de
mieux comprendre l'impact de l'environnement sur le virioplancton, grâce à un suivi d'un an, en
ciblant un groupe ubiquiste. La combinaison des données génomiques et environnementales
permettra la mise en évidence des liens existants mais aussi la mise au point d'un modèle
permettant d'affilier les virus à leurs hôtes.
Connectivity of white gorgonian populations in the Gulf of Lions: observed versus
modeled genetic structure.
Mariana Padron (LECOB) – 14h20.
In marine populations, recovery after disturbance can be compromised by bottlenecks in
connectivity. Identifying these bottlenecks is a current scientific challenge, with direct
consequences for marine protection design and marine spatial planning. Metapopulation models
combining local demography and regional inputs resulting from the larval exchange among
populations, provide a means for testing spatial planning scenarios. However, validation of such
models requires extensive mapping of populations, which is often unaffordable at a regional scale.
In contrast, population genetics provides a means of assessing connectivity integrated over many
generations and could be used to evaluate the validity of connectivity estimates used in
metapopulation models, with a lower sampling effort. In this study, we evaluate the population
connectivity of a widespread gorgonian species, Eunicella singularis, within the rocky habitat of the
Gulf of Lions (France). Using a spatially explicit model of allele frequencies in a marine
metapopulation of benthic sessile organisms, we simulated genetic structure patterns at the
metapopulation scale, and compared them to observations of genetic structure resulting from the
analysis of microsatellite loci of E. singularis in the Gulf of Lions.
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Variabilité temporelle de la fluorescence de CDOM dans une station côtière (NW
Méditerranéen).
Denisse Sanchez (LOMIC) -14h40.
Nous avons étudié la variabilité temporelle de la matière organique dissoute (MOD) par
rapport à l'évolution des variables abiotiques et biotiques dans une station côtière (NW,
Méditerranéen). Au cours du cycle saisonner la production de matière organique dissoute
fluorescente (FDOM) a atteint un maximum en hiver, et les plus fortes concentrations de substances
humiques ont coïncidé avec une baisse de la salinité, indiquant une contribution notable d'eau
douce au pool de la matière organique. Les concentrations de DOC ont montré au maximum pendant
la fin du printemps l'été probablement en raison d'une fable activité bactérienne associée à une
limitation des éléments nutritifs.
Benthic macrofauna community assembly: an early community structuration during
the colonisation phase.
Sandrine fanfard (LECOB) – 15h40.
In marine coastal environment, the community assembly process is defined as the succession
of three phases, colonization, segregation and regulation. The colonization remains the less wellstudied experimentally, and the less well-quantified by mathematical models. In order to fill this
gap of knowledge, an approach combining an in-situ experiment and a stochastic model was
proposed to study the assembly process during the colonization phase. The colonization was first
characterized by the rapid emergence of a trophic network, and moreover, by a strong regulation
effect of predation on the population dynamics and the species diversity of the preys. These
preliminary results highlight an early structuration of the community since the transitory phase of
colonization.
Bactéries ou xylophages ? Qui est à l’origine du développement de l’écosystème
chimiosynthetique bois coulés ?
Dimitri Kalenitchenko (LECOB) – 16h00.
Le système bois coulé présente la particularité d’être l’habitat de taxa utilisant des
symbiontes chimioautotrophes comme source de carbone. Toutefois, pour que la chimiosynthèse ait
lieu, il est indispensable que le bois émette des sulfures. Nous avons testé l’hypothèse selon
laquelle ce sont les bivalves foreurs qui, par leur action, créent des niches environnementales
propices au développement de communauté bactériennes sulfato-réductrice. Nous avons alors
immergé des bois en milieu profond en excluant mécaniquement les foreurs de la moitié des
échantillons.
Puis
nous
avons
étudié
ce
microsystème
en
combinant
une
approche
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de métagénomique environnementale avec des mesures in situ en temps réel de la concentration de
sulfure d’hydrogène. Grâce à cela, nous avons pu montrer que contrairement au paradigme actuel,
la seule présence des microorganismes permet la production de sulfure d’hydrogène et que les
bivalves foreurs ne sont pas nécessaires à la mise en place des conditions propices au
développement d’un système chimioautotrophe.
Monitoring des populations de Vibrio impliquées dans les mortalités des huîtres
creuses en lagune méditerranéenne.
Elise Da Silva (LBBM) – 16h20.
La recherche d’agents pathogènes, dans les zones d’élevages aquatiques, est réalisée en
routine dans les fruits de mer et poissons mais rarement, voire pas du tout, opérée dans les eaux. Il
est donc impossible d’anticiper la contamination des produits de la mer. Le domaine du diagnostic
environnemental profite depuis peu des progrès réalisés dans le développement de capteurs
autonomes. Les biocapteurs à ADN constituent des outils innovants pour la détection rapide de
microorganismes dans l’eau et leur capacité d’utilisation a été démontrée en laboratoire pour la
quantification d’algues toxiques ou encore de bactéries indicatrices de contamination fécale.
L’objectif de ma thèse est ainsi de développer des biocapteurs pour la quantification automatisée de
marqueurs génétiques de Vibrio, bactéries impliquées dans les mortalités d’huitres creuses en
Europe.
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