esitteestä
FIMM Technology Services FIMM:n teknologiapalvelut 1 3 6 8 9 10 11 12 14 15 16 17 18 19 Overview Genomic Profiling Gene Expression Analyses DNA Methylation Analyses smallRNA Sequencing and Screening Metabolomics Cell-based High Throughput Screening Drug Sensitivity and Resistance Testing Imaging and Microarray Printing Bioinformatics Cell Line Authentication Molecular Pathology Services Meilahti Integrated Biobank Infrastructure, MIBI Jouko Siro, Gary Wornell, Michel Mees and EATRIS, Tea Pemovska and Vilja Pietiäinen are acknowledged for the figures. FIMM Technology Centre and Biobank Infrastructure FIMM:n Teknologiakeskus ja biobankki-infrastruktuuri FIMM Technology Centre is a national and international research core unit providing an extensive spectrum of biomedical research services. FIMM Technology Centre operates several core units with a total of 46 technology experts from diverse educational backgrounds being involved in the operations. Technology Centre develops methods and offers services in the areas of genomics (sequencing, genotyping, expression, methylation and CNV profiling), high throughput biomedicine (screening of chemical compounds, approved drugs, and siRNA, as well as serum, cell and protein lysate microarrays), metabolomics, bioinformatics and IT services using state-of-the-art technologies. Furthermore, FIMM and THL joined forces in 2011 and created Meilahti Integrated Biobank Infrastructure, MIBI, which offers a wide range of biobanking services for all interested research projects collecting samples and data. This brochure summarizes our services and lists contact persons for further enquiries. We hope that you will find this useful! FIMM:n Teknologiakeskus on kansallinen ja kansainvälinen tutkimuksen tukiyksikkö, joka tarjoaa mittavan valikoiman biolääketieteellisen alan tutkimuspalveluja. Teknologiakeskus muodostuu useasta erikoisyksiköstä, joissa työskentelee 46 monipuolisen koulutustaustan omaavaa teknologiaasiantuntijaa. Teknologiakeskuksella on tärkeä rooli menetelmien kehittäjänä. Palveluja tarjotaan genomiikan (sekvensointi, genotyyppaus, geeniekspressio-, metylaatioja kopiolukumäärä- määritykset), tehoseulontapalvelujen (lääkeherkkyystestit, kemikaaliseulonnat, RNAi seulonnat, erilaiset mikrosirutulostukset), metabolomiikan, bioinformatiikan ja IT-palvelujen alalla. Lisäksi vuonna 2011 FIMM ja THL perustivat yhdessä Meilahden biopankki-infrastruktuurin (MIBI), joka tarjoaa monipuolisia ja nykyaikaisia näytteiden käsittely- ja säilytyspalveluja tutkimushankkeille. Tässä esitteessä kerromme lyhyesti palveluistamme ja listaamme yhteyshenkilöt, joilta on saatavissa lisätietoja. Toivomme että tästä esitteestä on sinulle hyötyä! Janna Saarela, Research Director Contact/Yhteystiedot: [email protected], +358 40 5123 801 3 A wide range of services – suitable for various research purposes – is available at FIMM Technology Centre FIMM Teknologiakeskuksessa on tarjolla mittava valikoima erilaisiin tutkimustarkoituksiin soveltuvia palveluja The figure on the next page illustrates how a researcher could utilize the various services available at FIMM Technology Centre. In this example the researcher is dealing with cancer patients but most of the services are not restricted by the disease of interest. More information is available at: www.fimm.fi/en/technologycentre/ Viereisen sivun kuvassa on esitetty, miten tutkija voisi hyödyntää FIMM Teknologiakeskuksen tarjoamia lukuisia palveluja. Tässä esimerkissä tutkija on kiinnostunut syövän molekyylitason tapahtumista, mutta useimmat palvelumme soveltuvan eri tyyppisten sairauksien tutkimiseen. Lisätietoja palveluistamme löytyy myös osoitteesta: www.fimm.fi/en/technologycentre/ 4 Blood cells Tissue biopsy Automated DNA and RNA extraction, sample handling Serum Biobanking High-throughput screens Molecular profiling Tissue imaging Drug sensitivity Mutation detection (hereditary) Histochemical stainings Chemical screens Mutation detection (somatic) Webmicroscopy Gene silencing Metabolomics CNV profiling Whole-genome SNP genotyping Gene expression levels Fusion gene detection Epigenetics 5 Genomic Profiling – Identification of Known and Novel Variants FIMM Technology Centre offers a wide variety of genomic profiling services that can be used for detection of novel and analysis of known genetic variations: mutations, SNPs, indels, CNVs and microsatellites. We offer high-throughput as well as targeted genotyping and sequencing services. For high-throughput next generation sequencing (NGS) services we utilize Illumina’s massively parallel sequencing platforms (Illumina HiSeq and Illumina MiSeq). Our NGS service portfolio for variant and mutation detection includes.: We also offer SNP and CNV genotyping with Illumina Infinium and GoldenGate methodologies for wholegenome, targeted and custom SNP and CNV sets, as well as for cytogenetic analysis needs. For custom SNP genotyping the RT-PCR based LightCycler genotyping and MALDI-TOF (MatrixAssisted Laser Desorption / Ionization Time-OfFlight) based Sequenom genotyping services are also available. Microsatellite genotyping using ABI3730xl is available for a variety of applications such as linkage mapping studies. – whole genome sequencing (WGS) – exome sequencing – custom targeted re-sequencing – ultra-deep amplicon sequencing – targeted mutation panels NGS data analysis services for variant detection are provided. Classical capillary sequencing services are used for various validation purposes. 6 Contact/Yhteystiedot: Sequencing services: Pekka Ellonen ([email protected]) +358 50 4154 481 Genotyping services: Kati Donner ([email protected]) +358 50 318 5677 Genomin profilointi – uusien varianttien tunnistaminen ja tunnettujen varianttien määrittäminen FIMM:n Teknologiakeskus tarjoaa monenlaisia geneettiseen profilointiin sopivia menetelmiä uusien varianttien tunnistamiseksi ja tunnettujen varianttien määrittämiseksi. Sopivia menetelmiä sekä genominlaajuisiin että tietyille alueille kohdistettuihin analyyseihin löytyy niin genomiikkakuin sekvensointiyksikön palveluista. Uuden sukupolven sekvensointiin perustuvat palvelut (Next Generation Sequencing ,NGS) hyödyntävät Illuminan suuren kapasiteetin HiSeq ja MiSeq laitteita. NGS sovellutuksiimme kuuluvat: – koko genomin sekvensointi –eksomisekvensointi – kohdennettu uudelleensekvensointi – korkean lukupeiton amplikonisekvensointi – valmiit mutaatiopaneelit Genomin variaatiota - yhden nukleotidin polymorfismeja (SNP), kopiolukumäärävaihtelua (CNV) ja sytogeneettisiä muutoksia - voi tutkia sekä genominlaajuisesti että kohdennetusti myös Illuminan Infinium ja GoldenGate teknologioiden avulla. Lisäksi tarjoamme yksittäisten SNP-varianttien määrittämistä RT-PCR -menetelmään pohjautuvalla LightCycler instrumentilla sekä kymmenien tai satojen varianttien kyseessä ollessa massaspektrofotometriaan perustuvalla Sequenomin MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption / Ionization Time-Of-Flight) genotyypitysmenetelmällä. Tarjoamme myös mikrosatelliittigenotyyppien määrittämistä ABI3730xl laitteistolla esimerkiksi kytkentäanalyysien tekemiseksi. Tarjoamme myös NGS tulosten analyysipalvelua. Uusien löydösten varmistamiseen tarjoamme klassista kapillaarisekvensointimenetelmää. 7 Gene Expression Analyses Geeniekpressiomääritykset FIMM Technology Centre offers gene expression services using Next Generation Sequencing (NGS) – based technologies and microarrays. RNAseq is a NGS-application used for sequencing of transcriptomes. It enables detection of novel transcripts and splice variants, putative fusion genes and exon level expression analysis of known genes. For RNAseq we currently utilize Illumina’s massively parallel sequencing platform (Illumina HiSeq). RNAseq data analysis pipeline is available for organisms supported by Ensembl. We also offer Illumina gene expression technologies, i.e. direct hybridization and DASL gene expression assays, available for whole-genome expression analysis of human, mouse and rat RNA samples. FIMM:n Teknologiakeskuksella on käytössä geeniekspressiotasojen määrittämiseksi kaksi eri menetelmää: uuden sukupolven sekvensointi (Next Generation Sequencing , NGS) sekä mikrosiruanalyysit. RNA-sekvensointi on transkriptomien sekvensointiin tarkoitettu NGS:n sovellus. Se mahdollistaa suhteellisten ekspressiotasojen määrittämisen lisäksi uusien transkriptien, silmikointivarianttien ja fuusiogeenien tunnistamisen. Käytämme RNA:n sekvensointiin Illuminan HiSeq-laitteistoa. Tarjoamme myös RNAseq datan analysointipalveluja niille eliöille, joiden verrokkisekvenssi löytyy Ensembltietokannasta. Geeniekspressiota voi tutkia genominlaajuisesti myös Illuminan mikrosiruilla, joita on saatavilla ihmisen, hiiren ja rotan genomeille. Contact/Yhteystiedot: Sequencing services: Pirkko Mattila ([email protected]) +358 50 317 5434 Array based services: Mervi Kinnunen ([email protected]) +358 50 415 1182 8 DNA Methylation Analyses DNA:n metylaatiotason analysointi FIMM Tecnology Centre Sequencing Unit offers high throughput DNA methylation services by next generation sequencing –based technologies. For methyl sequencing bisulfite conversion -based methods among others followed by Illumina’s massively parallel sequencing platforms are being used to reveal methylation patterns. DNA methylation profiling with Illumina’s 450k Infinium Methylation BeadChip microarray, covering over 450 000 methylation sites and target sequence methylation profiling using the Sequenom EpiTYPER application are available at our Genomics Unit. FIMM:n Teknologiakeskuksen Sekvensointiyksikkö tarjoaa DNA:n metylaatiotasojen genominlaajuista määrittämistä uuden sukupolven sekvensointitekniikkaan perustuvilla menetelmillä. Käytössämme on mm. bisulfiitti –konversioon perustuva näytteenvalmistusmenetelmä. Metyloidun DNA:n sekvensointiin käytämme Illuminan HiSeqlaitteistoja. Genomiikkayksikössä metylaatiotasoja voidaan määrittää Illuminan 450k Infinium Methylation BeadChip mikrosirulla, jonka avulla genomista analysoidaan yli 450 000 metylaatiokohtaa ja Sequenomin EpiTYPER sovelluksella, kun halutaan tutkia kohdistetusti kiinnostavia genomialueita. Contact/Yhteystiedot: Sequencing services: Pekka Ellonen ([email protected]) +358 50 4154 481 Array based services: Kati Donner ([email protected]) +358 50 318 5677 9 smallRNA Sequencing and Screening Pienten RNA-molekyylien sekvensointi ja seulonta smallRNAseq is a Next Generation Sequencing (NGS) application used for sequencing of small (<200nt) RNA molecules. It enables analysis of both known and novel smallRNAs. Established service is available for miRNA profiling including size-based selection of miRNA –fraction from smallRNAseq libraries. Illumina plattforms, high capacity Hiseq and lighter capacity fully integrated personal sequencer, MiSeq can be used for miRNA sequencing. Primary analysis services for computing expression levels of known miRNAs are available. The FIMM High Throughput Biomedicine (HTB) unit has expertise in gain-of-function as well as loss-of function microRNA functional screening. Protein level measurements by protein lysate microarrays, cell viability read-outs and high content image-based assays can be used to monitor for the phenotype. Pienten RNA-molekyylien sekvensointi on uuden sukupolven sekvensointitekniikan sovellus, jolla tarkoitetaan alle 200 nukleotidin pituisten RNAmolekyylien sekvensointia. Menetelmä mahdollistaa sekä tunnettujen että uusien pienten RNAmolekyylien analysoinnin. Tarjoamamme mikroRNAprofilointipalvelu sisältää miRNA-molekyylien kokoon perustuvan eristämisen pienten RNA-molekyylien muodostamasta kirjastosta. miRNA profiloinnissa hyödynnämme Illuminan suuren kapasiteetin HiSeq tai MiSeq alustoja. Tarjoamme myös analyysipalveluja miRNA-sekvensointidatalle. FIMM:in High Throughput Biomedicine (HTB) yksikkö tarjoaa RNAi seulontojen lisäksi myös mikroRNA-seulontoja. miRNA seulontojen vaikutusta fenotyyppiin voidaan analysoida proteiinilysaattimikrosirujen, solujen elinkykyä mittaavien kokeiden sekä kuvantamisen avulla. Contact/Yhteystiedot: smallRNA sequencing : Pirkko Mattila ([email protected]) +358 50 317 5434 miRNA screening: Carina von Schantz-Fant ([email protected]) +358 50 317 5433 10 Metabolomics Metabolomiikka Metabolomics systematically studies the metabolome, i.e., small molecules in cells, tissues and biofluids. FIMM Metabolomics unit conducts quantitative and high-throughput targeted metabolite profiling of biological samples. Our services and technologies can be applied to research projects in many ways and we are able to develop also custom assays. Our developed method can currently detect 96 polar metabolites in wide range of concentrations in a single analysis. It requires a sample amount of 50100 μL and includes chromatographic conditions combined with a mass spectrometry run. The method offers high sensitivity for trace level applications (pmol), and a wide coverage of individual metabolite concentrations in three orders of magnitude. Currently we are offering high-throughput targeted quantitative metabolomics analysis of serum/plasma, cell culture supernatants, cell lysates, tissues and C.elegans Metabolomiikka on menetelmä, jonka avulla solujen, kudosten ja kudosnesteiden pienimolekyylisiä metaboliitteja voidaan tutkia ja määrittää kokonaisvaltaisesti. FIMM:n Metabolomiikkayksikkö tarjoaa metaboliittien määrityspalveluja biologisille näytteille. Palvelujamme ja teknologiaamme voi hyödyntää monenlaisissa tutkimusprojekteissa. Kehittämällämme menetelmällä voidaan tällä hetkellä tunnistaa 96 polaarista metaboliittia laajalla konsentraatioskaalalla. Tarjoamme kohdennettuja, kvantitatiivisia määrityspalveluja seerumi- ja plasmanäytteille, solulinjasupernatanteille, solulysaateille, kudosnäytteille ja C.elegans näytteille. Contact/Yhteystiedot: Vidya Velagapudi ([email protected]) +358 40 582 5754 11 Cell-based High Throughput Screening The FIMM High Throughput Biomedicine unit (HTB) provides high-throughput approaches for cell based assays and (bio)chemical screening. We aid our users in transforming their assay to platebased high throughput formats (96-, 384 and 1536well). To this end our unit harbors robotics and automation for liquid handling, contact printing, plate reading assays, and high content automated imaging. We collaborate closely with researchers and we are available for consultation at the earliest stages of assay conception through all stages of assay development, optimization, automation, and screening. RNAi screening The HTB unit offers siRNA screening for smaller targeted gene sets, such as druggable genes, kinases or phosphatases as well as whole human genome screening. We maintain a genome-wide collection of Ambion human siRNAs. Our current endpoints include cell viability readout, automated high content microscopy, kinetic live cell imaging and protein level measurements by protein lysate microarrays. Chemical screening We provide high-throughput approaches of many types for (bio)chemical screening: – Cell-based and biochemical screens (using targeted or large chemically diverse libraries) – Molecular probe discovery – Biological profiling (using libraries of known bioactives) – Drug repositioning We provide researchers with access to high throughput screening of chemical libraries (in total 140 000 compounds, including chemical diversity, natural compound, known bioactive and approved drug collections). Distribution of chemicals We also provide research groups with assay-ready chemicals on plates for their experiments and provide larger amounts of chemicals (5 ul of 1 000- 10 000 x concentration) for proof-of-principle experiments with information of the recommended concentration of usage. Contact/Yhteystiedot: RNAi screening: Carina von Schantz-Fant ([email protected]) +358 50 317 5433 Chemical screening: Jani Saarela ([email protected]) +358 50 317 5485 Sharing of chemicals: Ida Lindenschmidt ([email protected]) +358 50 318 5414 12 Solubiologinen tehoseulonta FIMM:n High Throughput Biomedicine (HTB) yksikkö tarjoaa eri tyyppisiä solubiologisia tehoseulontapalveluja. Yksikkö on erikoistunut solukokeisiin ja biokemiallisiin analyyseihin ja auttaa käyttäjiä muuntamaan kokeensa 96-, 384-, tai 1536-kuoppalevyille sopiviksi. Tehoseulontalaitteistoon kuuluu robotiikkaa ja automatisoituja nesteenkäsittelylaitteita, mikrosirutulostin, levylukijoita sekä automatisoitu fluoresenssimikroskooppisysteemi. Teemme tiivistä yhteistyötä tutkijoiden kanssa ja autamme mielellämme kokeiden suunnittelussa alusta loppuun. RNAi tehoseulonta HTB yksikkö tarjoaa RNAi tehoseulontaa genominlaajuisesti sekä kohdennetuille geeniryhmille, kuten kinaaseille ja fosfataaseille. Yksiköllä on käytössään Ambionin genominlaajuinen siRNAkokoelma ihmisen geeneille. RNAi seulontojen vaikutusta voidaan analysoida solujen elinkykyä mittaavien kokeiden, automatisoidun solumikroskoopin, elävien solujen kineettisen kuvantamisen sekä proteiinilysaattimikrosirujen avulla. Kemiallinen tehoseulonta Yksikkömme tarjoaa erilaisia kemiallisia tehoseulontapalveluita: – solukokeet ja biokemialliset kokeet (kohdennettuja tai laajempia kemikaalikirjastoja käyttäen) – biologisten vuorovaikutusten tutkimisen mahdollistavien yhdisteiden etsintä (molecular probe discovery) – biologinen profilointi (tunnettujen bioaktiivisten aineiden kirjastoja käyttäen) – tunnettujen lääkeaineiden testaaminen uusiin tarkoituksiin HTB yksikön kokoelmiin kuuluu 140 000 yhdistettä, mm. kemiallisesti monimuotoisten yhdisteiden, luonnollisten yhdisteiden ja tunnettujen bioaktiivisten ja hyväksyttyjen yhdisteiden kokoelmat. Kemikaalien jakaminen Yksikön palveluihin kuuluu myös käyttövalmiiden kemikaalilevyjen sekä suurempien kemikaalimäärien (5µl kutakin kemikaalia 1000-10000x konsentraatiossa) jakaminen tutkimusryhmille. 13 Drug Sensitivity and Resistance Testing Lääkeaineherkkyysmääritys The FIMM High Throughput Biomedicine unit (HTB) provides a drug sensitivity and resistance testing (DSRT) assay platform to users. DSRT provides the means for functional profiling of cancer cells and other cell systems in terms of drug sensitivity profiles. The FIMM oncology drug collection currently consists of 306 approved and emerging investigational oncology compounds covering a wide range of molecular targets where the effect of each compound is described with a unique drug sensitivity score. The DSRT platform is actively being used in personalized cancer medicine setting in collaboration with clinicians in order to identify personalized treatment strategies. In addition, numerous different cancer cell lines have been analysed using the platform to detect cancer effective and selective compounds. To date, more than 400 DSRT screens have been run. The active substances in the DSRT platform are also available to users in microgram quantities for followup proof-of-principle studies. Yksi FIMM:in High Throughput Biomedicine (HTB) yksikön tarjoamista palveluista on lääkeaineherkkyysmääritys (DSRT). DSRT:n avulla syöpäsoluja sekä muita solulinjoja voidaan profiloida lääkeaineherkkyyden suhteen. FIMM:n syöpälääkeainekokoelma käsittää tällä hetkellä 306 hyväksyttyä ja kliinisissä kokeissa olevaa lääkeainetta, ja kattaa hyvin laajan kohdemolekyylien kirjon soluissa. DSRT-palvelua käytetään aktiivisesti yksilöllisen lääketieteen tutkimusasetelmassa, jossa yhteistyössä potilasta hoitavan lääkärin kanssa pyritään löytämään juuri kyseiselle potilaalle toimiva hoitostrategia. Lisäksi DSRT-palvelun avulla on tutkittu lukuisia syöpäsolulinjoja ja löydetty tehokkaita ja selektiivisiä syöpäsolujen kasvua estäviä yhdisteitä. Tähän mennessä olemme tehneet yli 400 DSRT-seulontaa. FIMM:in syöpälääkeaine kokoelmaan kuuluvia yhdisteitä on saatavissa mikrogramma-skaalassa tutkimushypoteesien todistamiseksi seurantatutkimuksissa. Contact/Yhteystiedot: Krister Wennerberg ([email protected]) +358 50 415 4900 14 Imaging and Microarray Printing Kuvantaminen ja mikrosirutulostus The FIMM High Throughput Biomedicine Unit (HTB) provides access to both an Olympus ScanR high content screening system and an INCUCYTE™ (Essen Bioscience) live cell microscope to visualize cells in high throughput assays. The fully automated Olympus IX81 inverted microscope enables simultaneous visualization of up to 5 different fluorescent labels in fixed cells. The system is designed to produce images from multi-well plates as well as from single slides. Acquired images can be automatically analyzed by, e.g. ScanR image analysis software. The INCUCYTE™ system, a microscope placed inside a cell incubator, can be used for longterm kinetic live cell imaging of wide variety of cell culture vessels and plates, both in high quality phase contrast or fluorescent mode. FIMM:n High Throughput Biomedicine (HTB) yksikkö tarjoaa solujen kuvantamiseen tehoseulontaanalyyseissä INCUCYTE™- (Essen Bioscience) ja Olympus ScanR- kuvantamissysteemejä. Täysin automatisoidulla Olympus IX81 mikroskoopilla on mahdollista visualisoida samanaikaisesti jopa viittä erilaista fluoresoivaa leimaa fiksatuissa soluissa. Systeemi soveltuu sekä yksittäisille objektilaseille että kuoppalevyille. Kuvien analysointi voidaan tehdä automaattisesti systeemin omalla kuvaanalyysiohjelmalla. INCUCYTE™, ”mikroskooppi soluinkubaattorissa”, sopii elävien solujen pitkäaikaiseen kineettiseen kuvantamiseen. INCUCYTE™ mahdollistaa solujen kuvaamisen sekä faasikontrasti- että fluoresenssimikroskopiaa käyttäen useissa erilaisissa kasvatusastioissa. We offer also a variety of printing services, such as serum, oligo, plasmid, and protein lysate microarray printing utilizing our Aushon Biosystems 2470 contact printer. Palveluihimme kuuluu myös mikrosirujen valmistus. Yksikössä on Aushon Biosystems 2470 mikrosirutulostin, jolla on mahdollista valmistaa mm. seerumi-, oligo-, plasmidi-, ja proteiinilysaattimikrosiruja. Contact/Yhteystiedot: Imaging: Carina von Schantz-Fant ([email protected]) +358 50 317 5433 Microarray printing: Ruusu-Maaria Merivirta ([email protected]) +358 50 317 5033 15 Bioinformatics Bioinformatiikkapalvelut Many of the technologies and services offered by FIMM produce considerable amounts of data, which typically requires extensive data analysis to make it usable for researchers. FIMM provides expertise and help in the following areas of bioinformatics: Monet FIMM:n Teknologiakeskuksen tarjoamista palveluista ja teknologioista tuottavat suuria tietomääriä, jonka hyödyntämiseksi dataa täytyy käsitellä ja analysoida. Tarjoamme apuamme erityisesti seuraavilla bioinformatiikan osa-alueilla: – Pipelines for identification of germline and somatic mutations from exome-, whole genome- and amplicon sequencing data – periytyvien ja somaattisten mutaatioiden tunnistaminen uuden sukupolven sekvensointitekniikoiden tuottamasta datasta – Identification of copy number variants from sequencing data – kopiolukumäärämuutosten tunnistaminen sekvensointidatasta – RNA-seq data analysis: estimation of gene-, transcript- and exon expression levels, mutation calling and fusion gene detection – RNA-seq datan analysointi: geenien, transkriptien ja eksonien ekspressiotasojen määritys, mutaatioiden tunnistaminen, fuusiogeenit – Normalization, quality control and analysis of data produced by high-throughput robotic screening methods – High Throughput Biomedicine yksikön seulontapalvelujen tuottaman datan normalisaatio, laadun varmistus ja analysointi – Quality control and management of genotyping, gene expression and epigenetic data – genotyyppi- , geeniekspressio- ja epigeneettisen datan käsittely ja laadun varmistus The FIMM provides the computing platform and necessary storage infrastructure for solving questions in bioinformatics, molecular medicine, genetics and related fields. FIMM tarjoaa tarvittavan infrastruktuurin bioinformatiikan, systeemibiologian, molekyylilääketieteen, genetiikan ja muiden vastaavien tieteenalojen kysymysten ratkaisemiseksi. Contact/Yhteystiedot: Imre Västrik ([email protected]) +358 50 415 4451 16 Cell Line Authentication Solulinjojen autentikointi FIMM Genomics Unit offers cell line authentication services. The method used allows co-amplification and detection of ten human loci (9 STR loci, Amelogenin for gender identification) and one mouse locus. These loci collectively provide a genetic profile with a random match probability of 1 in 2.92 x 109, and detection of 1% fraction of mouse contaminant in a human cell line. Results are compared to allelic information in different publicly available databases to confirm the authenticity of the cell line. The service can also be used for fingerprinting DNA-samples or cell lines. FIMM:n Genomiikkayksikkö tarjoaa tutkimusryhmille solulinjojen autentikointipalvelua. Menetelmässä monistetaan samanaikaisesti 10 ihmisen genomilokusta (9 mikrosatelliittia ja amelogenin-geeni sukupuolen määrittämiseksi) ja yksi hiiren lokus. Saatua profiilia verrataan julkisiin tietokantoihin solulinjan alkuperän toteamiseksi. Vastaavan identtisen geneettisen profiilin löytäminen sattumalta on hyvin epätodennäköistä. Menetelmällä voidaan myös todeta solulinjan kontaminoituminen hiirisoluilla, jos niiden osuus on vähintään 1%. Menetelmää voidaan käyttää myös DNA-näytteiden tai solulinjojen sormenjäljen luomiseksi. Contact/Yhteystiedot: Mervi Kinnunen ([email protected]) +358 50 415 1182 17 Molecular Pathology Services Molekyylipatologian palvelut Molecular pathology laboratory provides services for tissue-based research such as tissue processing, embedding, sectioning, and staining histochemically or by using immunohistochemical techniques. The laboratory offers also tissue microarray design and preparation which allows simultaneous analysis of large number of cases under standardized laboratory and evaluation conditions without significant damage to the original tissue block. Digital microscopy and imaging services are also provided. Stained microscopy slides can be digitized with an automated microscope scanner and stored as virtual slides on the WebMicroscope platform. The virtual slides comprise high-resolution images covering the entire specimen on the slide. With the WebMicroscopy applications virtual slides can be assessed visually or with assistance of automated image analysis. Molekyylipatologian laboratorio tarjoaa asiakkailleen kudosnäytteiden tutkimiseen liittyviä palveluja kuten automaattista kudoskäsittelyä, näytteiden parafiinivalua ja leikkausta sekä niiden värjäystä histokemiallisin tai immunohistokemiallisin menetelmin. Laboratoriossa on myös laitteisto kudossirujen (Tissue Microarray, TMA) suunnittelua ja valmistusta varten. TMA:n käyttö kokoleikkeiden sijaan mahdollistaa useiden kudosnäytteiden samanaikaisen ja standardoidun leikkauksen, värjäyksen sekä analysoinnin. Tarjoamme myös digitaalista mikroskopiaa ja automaattista kudosleikkeiden analysointia. Värjätyt näytelasit voidaan digitalisoida mikroskooppiskannerilla ja säilyttää virtuaalisina korkeresoluutiokuvina WebMicroscope-palvelimilla. WebMicroscopen sovellusten avulla virtuaalisia laseja voidaan arvioida ja analysoida visuaalisesti tai automaattisen kuva-analyysin avulla. Contact/Yhteystiedot: Tiina Vesterinen ([email protected]) +358 50 415 5553 18 Meilahti Integrated Biobank Infrastructure, MIBI Meilahden biopankkipalvelut, MIBI The MIBI infrastructure provides state-of-the-art sample processing and storing and several technology platforms such as iPS cell preparation, tissue cultures, exosome isolation and different databases. Sample storage services MIBI has liquid nitrogen (LN2) based sample storage facility which provides low-cost, secure and controlled storage of samples in the liquid nitrogen vapour phase (-180°C). This sample storage is available to all research groups for storing small and medium sized sample collections. In addition to LN2, samples can be stored in -20°C, -80°C or at room temperature when appropriate. Automated sample processing MIBI offers automated DNA extraction service from whole blood, buffy coats, cell and tissue samples, saliva and buccal swabs, as well as automated DNA aliquoting, including normalization and quality control. Similarly, liquid handling robotics allows automated serum and plasma aliquoting if needed. MIBI tarjoaa asiakkailleen nykyaikaista näytteiden käsittelyä ja säilytystä sekä useita erilaisia teknologiapalveluja kuten iPS-solujen valmistusta, kudosviljelyä, eksosomien eristystä ja erilaisia tietokantoja. Näytteiden säilytyspalvelut MIBI:llä on nestemäiseen typpeen perustuva näytesäilytysjärjestelmä, jossa näytekokoelmia voidaan säilyttää nestetypen kaasufaasissa -180°C lämpötilassa edullisesti, luotettavasti ja tarkasti valvottuina. Tämä järjestelmä on kaikkien tutkimusryhmien käytettävissä, jotka haluavat tallettaa pieniä tai keskisuuria näytekokoelmia. Nestetyppilämpötilan lisäksi MIBI tarjoaa näytesäilytystä -20°C:ssa, -80°C:ssa ja huoneenlämpötilassa. Automaattinen näytteiden käsittely MIBI tarjoaa automatisoitua DNA:n eristystä erilaisista lähtömateriaaleista kuten kokoverestä, verisoluista, kudoksesta, syljestä ja poskisolunäytteistä. Eristetylle DNA:lle tehdään samalla tarvittavat laadunvarmistustoimenpiteet ja se normalisoidaan ja jaetaan eriin asiakkaan haluamalla tavalla. Nesteenkäsittelyrobotteja voidaan hyödyntää myös seerumi- ja plasmanäytteiden jakamisessa pienempiin eriin. Contact/Yhteystiedot: Päivi Laiho, [email protected] +358 29 524 6995 19 Further information: http://www.fimm.fi/en/technologycentre/ Joint research institute with: HUS 20
© Copyright 2024