1. No category

BAGGRUND FOR TEKNIKGRUPPENS ANBEFALINGER FOR
HÅNDTERING OG OPBEVARING AF BLOD OG VÆV
TIL DANSK CANCERBIOBANK
Anbefalinger for henholdsvis blod- og vævsprøver til Dansk CancerBiobank er udarbejdet af
teknikgruppen under faglig følgegruppe. De oprindelige anbefalinger fra d. 14.3.2008 er i nærværende
udgave blevet revideret og opdateret således at baggrund for anbefalinger afspejler både den praktiske
prøveindsamling og hvordan registrering af prøver i Dansk CancerBiobank registreringsmodul
foretages.
Valget af anbefalinger er generelt baseret på en vurdering og afvejning af forskellige metoder til
indsamling i forhold til bl.a. fremtidig anvendelse, prøvekvalitet, praktiske muligheder og økonomi.
Målet er at materialet i Dansk CancerBiobank kan anvendes til translationelle undersøgelser og
dermed bidrage til kommende personaliseret behandling af kræftpatienter. Desuden har teknikgruppen
vurderet, at der vil være enkelte bekostelige elementer, som indtil videre må indgå i Dansk
CancerBiobank som projektønske pga. begrænset bevilling til biobanken. Herunder følger
teknikgruppens kommentarer til de tekniske anbefalinger.
Sikkerhed
Arbejde med flydende kvælstof og isopentan skal godkendes af den lokale sikkerhedsorganisation.
Isopentan kan bl.a. være eksplosivt og de lokale afdelinger skal følge retningslinjer for håndtering,
opbevaring, bortskaffelse mm.
Alt blod og væv betragtes som potentielt smittefarligt og skal håndteres ifølge lokale
sikkerhedsforskrifter for smittefarligt materiale. Det anbefales at bruge handsker ved håndtering af
prøver i laboratoriet.
Det forudsættes, at alle afdelinger ved håndtering af biologisk materiale arbejder på rene
overflader og med rene rør, beholdere og instrumenter. Instrumenter rengøres efter lokale forskrifter.
Ved skæring skiftes knive hyppigt og der adskilles der skiftes mellem normal- og tumorvæv. I
forbindelse med håndtering af blod benyttes engangspipetter/pipetter med engangsspidser. De
anbefalede mikrorør og skruelåg til nedfrysning af blod og væv er certificeret fri for DNaser, RNaser
og humant DNA.
Anbefalinger for blodprøver til Dansk CancerBiobank
Procedure
Dansk CancerBiobank indsamler korresponderende blod- og vævsprøver, hvorfor det skal
tilstræbes, at blodprøverne tages maksimalt 14 dage inden behandling/operation. Blodprøver til
biobanken skal så vidt muligt tages sammen med de diagnostiske blodprøver, og vil typisk blive taget
i forbindelse med første ambulatoriebesøg på indikation af en kræftdiagnose. Hvis der går mere end
14 dage, før den tilhørende vævsprøve kan tages, anbefales blodprøvetagningen gentaget. Da
blodprøven tages på indikation, kan man overordnet forvente flere blodprøver end vævsprøver i DCB.
DCB Baggrund for tekniske anbefalinger/08-06-2015
1
Blodprøver fra de patienter, der viser sig at have benigne lidelser, kan udgøre værdifuldt
kontrolmateriale i kommende projekter.
Der opbevares - i prioriteret rækkefølge - fuldblod, serum, plasma/buffy coat samt optimalt
PAXgene/TEMPUS rør til RNA. Af hensyn til materialets kvalitet for forskning bør håndteringstiden
fra prøvetagning til nedfrysning være så kort som mulig. For blod anbefales ikke over 3 timer.
Serum er den foretrukne prøve til en række biokemiske/hæmatologiske analyser. Det anbefales
generelt at anvende serum rør uden gel. Gel er en olieholdig substans, der især ved længere tids
kontakt kan afgive materiale til blodet og dermed interferere med biokemiske analyser. Serum rør
antages derfor at give et renere serum prøvemateriale end serum-gel rør. Serum-gel rør kan anvendes,
hvis blodprøverne skal transporteres over længere tid før håndtering. Det anbefales i så fald at
anvende rør med nyere typer af gelmateriale (f.eks. BD SST II™ rør), der minimerer adsorption af
analytter til gelen 1. Rørene centrifugeres inden transport, hvorved gelen sørger for adskillelse mellem
koagel og serum, så både blodtilblanding og hæmolyse minimeres.
Til plasma anvendes laboratoriets gængse EDTA rør, enten i form af K2- eller K3-EDTA.
Teknikgruppen anbefaler ikke den ene form frem for den anden, men gør opmærksom på, at K3EDTA kan påvirke visse antistoffer/analyser.
Buffy coat indeholder - udover blodplader - leukocytter til DNA analyser.
PAXgene/TEMPUS rør indgår ikke i standardsættet, da midlerne tildelt Dansk CancerBiobank er
begrænsede (et rør koster ~50 kr.). Det anbefales i stedet, at PAXgene/TEMPUS blodprøver kan
tilknyttes konkrete forskningsprojekter, der selv betaler for rørene. Dette er i overensstemmelse med,
hvad man anbefaler fra Karolinska Institutets Biobank. Hvis PAXgene/TEMPUS rør inkluderes, kan
blodprøven med fordel tages lige før operation/behandlingsstart for at minimere PAXgene/TEMPUS
blodprøver fra patienter med benigne lidelser. Teknikgruppen henstiller til, at der på længere sigt
ansøges om midler til at inkludere PAXgene/TEMPUS rør i Dansk CancerBiobanks standard
blodprøvesæt. Blodprøvetagning i ambulatorier/på afdelinger betyder, at blodprøver til biobank altid
vil være et stykke tid undervejs inden modtagelse i laboratoriet, hvor de kan komme på køl.
PAXgene/TEMPUS rør er derfor særdeles relevant for blodprøveindsamling og vil betyde forbedret
prøvekvalitet til RNA målinger i blod.
UK Biobanks ”Sample handling and storage subgroup protocol and recommandations” har liste
med alle tænkelige analyser og foretrukken prøvetype.
Opbevaring
Serum og plasma opbevares ved -80 °C. Fuldblod og buffy coat ved -20 °C, alternativt -80 °C.
Minus 20 °C frysere er betydeligt billigere end -80 °C frysere både i anskaffelse og i daglig drift, og
generelt er -20 °C fuldt tilstrækkelig til de nævnte fraktioner. Praksis i de biobanker, som
Teknikgruppen kender til, er dog at opbevare alle blodfraktioner ved -80 °C. Opbevaringstemperaturen indberettes til Dansk CancerBiobank, idet temperaturen defineres som standardværdi for
hver fraktion i et fraktionssæt.
Der opbevares i alt 8 fraktioner pr. patient. Det enkelte biobankcenter vælger selv, hvordan
prøveopbevaring organiseres, f.eks. i) De 8 fraktioner fordeles i 8 forskellige frysere. ii) Serum og
1
Bowen and Remaley. Interferences from blood collection tube components on clinical chemistry assays.
Biochem Med (Zagreb). 2014 Feb; 24(1):31–44.
DCB Baggrund for tekniske anbefalinger/08-06-2015
2
plasma i én fryser, fuldblod og buffy coat sammen i en anden fryser. iii) Serum og plasma fordeles ud
på to frysere for ikke at opbevare alt materiale fra den enkelte patient samlet. iiii) Alle fraktioner
placeres fortløbende i samme fryser.
På Karolinska har der har aldrig været registreret et uopdaget frysernedbrud. Risiko for tab af
materiale bør således kunne elimineres ved overvågning af frysere (manuelt/elektronisk) og ved altid
at have en tom forafkølet fryser stående som reservefryser.
DCB registreringsmodul
Det enkelte biobankcenter registrerer baggrundsdata om laboratoriet i registreringsmodulet for
Dansk CancerBiobank.
Oplysninger om prøvetagningsrør registreres, idet præ-analytiske faktorer (f.eks. mængde EDTA i
rørene) kan påvirke et analyseresultat. Oplysninger om blodprøverør (type, katalog nr. og producent)
registreres som en klassifikation i registreringsmodulet (beholder). Det er muligt, at indsætte
tidsperiode for anvendelsen af de forskellige rørtyper, men informationen er ikke koblet til den
specifikke blodfraktion. Det er vigtigt at oplysningerne er tilgængelige for sekretariatet for Dansk
CancerBiobank på Herlev, da oplysningerne kan være relevante, hvis der forespørges på materiale til
projekter.
Frysere defineres i registreringsmodulet (klassifikation: frysere) med angivelse af frysernavn,
temperatur og beskrivelse f.eks. af indhold. Fryseren får automatisk en forkortelse (ID).
Registreringsmodulet tildeler automatisk fryserposition til de enkelte fraktioner, når man ved
registrering har valgt en fryser. Systemet kan sortere automatisk til henholdsvis -20 °C og -80 °C
fryser, hvis disse temperaturer er defineret som standardværdier for opbevaring af specifikke
fraktioner. For at registreringsmodulet kan forudsige næste position, oprettes fryseren med et antal
søjler/racks med angivelse af antal bokse i hver søjle og antal positioner i hver boks. Den enkelte
fryser er således unik for det enkelte indsamlingssted. Det er ikke nødvendigt at oprette fryseren med
det totale antal søjler og bokse fra start, da der kan oprettes nye enheder efterhånden som fryseren
fyldes. Der udskrives etiketter til både fryser, racks og bokse fra registreringsmodulet; til bokse
genereres automatisk 2 ens etiketter til henholdsvis bund og låg.
Centrifugeringsbetingelser, indfrysnings- og opbevaringstemperatur samt beholder (mikrorør)
defineres en gang for alle som standardværdier for hver fraktion i et blod fraktionssæt. Disse
oplysninger vil derefter fremkomme som default og være koblet til den specifikke prøve. De skal altså
ikke indtastes igen, medmindre der er ændringer i forhold til standardværdierne.
Registrering og mærkning af blodprøver
Specifikke tidspunkter for prøvetagning, modtagelse i laboratoriet og for nedfrysning af materialet
registreres. Tidspunkt for centrifugering kan evt. registreres.
Stregkoder og skanning anbefales frem for manuel mærkning af hensyn til sikkerhed mod fejl.
Etiketter med 2D stregkode udskrives fra registreringsmodulet til mikrorør. Ved statusskift i
materialeoversigten kan prøver enten fremkaldes ved at udfylde felterne via drop-down lister eller ved
at skanne 2D koden på hvert mikrorør. Det anbefales, at afdelingerne installerer skanner til
registrering af statusskift.
Det eksterne prøvenummer, der fremgår af etiketten, kan f.eks. være Labka nummeret. Hvis der
håndteres flere prøver på én gang, kan de enkelte fraktioner sammenholdes med oplysningerne på den
medfølgende Labka seddel for at undgå ombytning af prøver.
DCB Baggrund for tekniske anbefalinger/08-06-2015
3
De angivne etiketter er eksempler på forskellige etikettyper, der anvendes i biobankcentrene.
Etiketten fra Klimax er af producenten alene testet til -40 °C, men anvendes her ved lavere
temperaturer; der påsættes da en ekstra tom etiket rundt om røret i forlængelse af den første til at
”låse” med.
Anbefalinger for vævsprøver til Dansk CancerBiobank
Procedure
Dansk CancerBiobank indsamler så vidt muligt vævsprøver fra alle patienter som undergår
operation/biopsitagning som følge af en mulig malign diagnose. Alt materiale i DCB verificeres af
patolog for at sikre dets egnethed til translationelle undersøgelser. Transport af væv fra operationsstue
til patologi anbefales at ske på vådis. Biobanken i Uppsala har sammenlignet effekten af forskellige
transportbetingelser og tid på RNA stabilitet samt ekspression af udvalgte gener i ufikseret tonsil væv.
De fandt ingen tegn på RNA nedbrydning (målt på Bioanalyzer) under de forskellige betingelser (6 t
ved stuetemperatur, på is, i kold NaCl eller i RNAlater), men målt ved RT-PCR sås et stabilt
ekspressions niveau af de undersøgte gener kun for de prøver, der var transporteret på is (0,5-16 t).
RNA kvalitet så ud til at være stabil ved væv transporteret på is indenfor en transporttid på 15 min - 2
t før nedfrysning 2. DCB’s registreringsmodul giver mulighed for at indberette evt. transport ved
stuetemperatur, hvis lokale forhold kan vanskeliggøre fremskaffelse af is eller transporttiden er meget
kort (få minutter). Det må understreges, at der altid vil finde en række nedbrydningsprocesser sted,
hvilket reducerer anvendelsesmulighederne for vævet, hvorfor hurtig transport og håndtering er
ultimativ. Derfor bør der på de enkelte indsamlingssteder arbejdes ihærdigt på at optimere transport af
væv fra operationsstue til vævsmodtagelsen.
Vævsudtagning til biobank sker optimalt ved patolog. Forskelle i logistik (placering af
operationsstue i forhold til patologiafdeling) mellem de enkelte sygehuse i regionen kan
nødvendiggøre oplæring af ikke-patolog til udtagning, evt. i form af telepatologi under vejledning af
patolog. Der skal ved alle væv indlagt i Dansk CancerBiobank være en patolog, som foretager
verificering af vævet.
Der opbevares - i prioriteret rækkefølge - tørt nedfrosset væv (nabovæv til diagnostisk
materiale), paraffinindstøbt væv, O.C.T. Tissue-Tek monteret væv og RNAlater behandlet
væv. Det vil være ønskeligt, om der fra det kliniske vævsmateriale - nabo til væv som indgår i Dansk
CancerBiobank - kan skæres et snit til H&E farvning. Snittet fra den diagnostiske klods vil sammen
med et H&E farvet snit af biobankklodsen kunne verificere tumor indhold i top og bund af det tørt
nedfrosne væv i Dansk CancerBiobank.
Tørt nedfrosset væv: Kan anvendes til alle molekylære analyser hvis nedfrysning foretages efter
anbefalinger. Nedfrysningsdato og klokkeslæt noteres. Antal vævsstykker samt placering i biobank
fryseren registreres. Væv indfryses i rør ved anvendelse af tøris-afkølet isopentan (2-methyl butan)
eller flydende kvælstof. Transport af indfrosset væv til fryser skal ske på tøris.
Paraffinindstøbt væv: Tid for formalin fiksering varierer alt efter hvornår på ugen, vævet tages
ud. Ensartet tid er ikke umiddelbart mulig, men tiden skal registreres i registreringsmodulet.
Nedfrysning: Metoder til nedfrysning er diskuteret ud fra kendskab til lokalt anvendte procedurer
og den eksisterende litteratur. TubaFrost anbefaler efter gennemgang af litteraturen flere teknikker til
2
Micke et al, Laboratory Investigation (2006) 86, 202–211
DCB Baggrund for tekniske anbefalinger/08-06-2015
4
nedfrysning baseret på N 2 - eller tørisafkølet isopentan. Der er på nuværende tidspunkt ingen
undersøgelser, der indikerer om den ene indfrysningsmetode er bedre end den anden. Afdelingerne,
som indsamler væv, indberetter i registreringsmodulet, hvilken metode de anvender.
Direkte indfrysning af væv uden anvendelse af rør kan ikke anbefales: Risikoen for sammenblanding
af væv fra forskellige patienter samt for kontaminering er uhensigtsmæssig for væv, der efterfølgende
skal anvendes til molekylærbiologiske analyser.
O.C.T. Tissue-Tek: Kan anvendes til vævssnit og DNA/RNA oprensning. Væv monteres enten
direkte i O.C.T. Tissue-Tek i specialrør eller monteres i O.C.T. Tissue-Tek i folieforme, der
efterfølgende placeres i microrør. Der benyttes folieforme fra NH Technology, som er specielt
designede efter diameteren på det rør, hvori form inkl. Tissue-Tek monteret væv opbevares i fryser.
Folieformene er fremstillet af stanniol, hvilket giver en meget glat bund, så vævsprøverne bliver helt
plane. Foliens gode køleledende evne bevirker, at prøverne hurtigt og effektivt bliver nedfrosset.
Folieformen markeres med nummer for at sikre identitet af vævsprøven.
Ifølge leverandøren (Ambion) eliminerer RNAlater behovet for øjeblikkelig processering eller
nedfrysning af væv i flydende N 2 til senere RNA analyser. Væv behandlet i RNAlater kan ikke
umiddelbart anvendes til andre histomorfopatologiske/molekylærbiologiske analyser. I
overensstemmelse med Ambions oplysninger er det i litteraturen vist, at RNAlater behandling og
snap-freezing i flydende N 2 er sammenlignelige metoder m.h.t. at sikre RNA kvaliteten3. Vævsprøver
til behandling i RNAlater skal skæres i tynde (≤0,5 cm) skiver og henstå minimum 1 døgn (maksimalt
1 md.) i RNAlater ved 4 ºC for at sikre indtrængen i vævet. RNAlater skal afpipetteres inden det
behandlede væv fryses ved -80 ºC.
RNAlater er således et godt alternativ til øjeblikkelig nedfrysning, f.eks. på indsamlingssteder der
ikke råder over flydende N 2 (-196 ºC). Ifølge Uppsala Biobank eliminerer RNAlater behandling dog
ikke kravet til hurtig håndtering. Det har endnu ikke været muligt at finde direkte oplysninger om
RNA kvalitet i væv indfrosset vha. tøris/isopentan (-78 ºC). Exiqon oplyser, at hvis det forventes, at
en vævprøve skal ”optøs” flere gange ved udlevering af en mindre mængde væv, er RNAlater
behandlet væv at foretrække til RNA analyser. Ved gentagne optøninger fås bedre udbytte og kvalitet
af RNA fra RNAlater behandlet væv i forhold til tilsvarende lynnedfrosset væv. Dette blev bekræftet
ved besøget i Uppsala Biobank. Da RNAlater ikke er bekosteligt, og da det er en relativ simpel
arbejdsprocedure, er denne medtaget i kravspecifikationerne for Dansk CancerBiobank og inkluderet i
standardsæt for væv.
Opbevaring
Der opbevares i alt op til 9 vævsfraktioner pr. patient fra tumor og tilsvarende for normalvæv. Tørt
nedfrosset væv, O.C.T. Tissue-Tek indstøbt væv samt RNA-later behandlet væv opbevares ved -80
°C. Formalinbehandlet og efterfølgende paraffinindstøbt væv og H&E farvede vævssnit opbevares
ved stuetemperatur.
Det enkelte biobankcenter vælger selv, hvordan prøveopbevaring i fryserne organiseres, f.eks. i)
De 8 fraktioner i fryser fordeles i 8 forskellige frysere. ii) Tørt nedfrosset, O.C.T. Tissue- Tek indstøbt
væv og RNA-later behandlet væv fordeles ud på to frysere for ikke at opbevare alt materiale fra den
3
Dekairelle et al.: Preservation of RNA for functioanl analysis of separated alleles in yeast: comparison of snapfrozen and RNAlater solid tissue storage methods; Clin Chem Lab Met 2007;45(10):1283-87; Mutter et al.:
Comparison of frozen and RNALater solid tissue storage methods for use in RNA expression microarrays;
BMC Genomics 2004, 5:88
DCB Baggrund for tekniske anbefalinger/08-06-2015
5
enkelte patient samlet. iii) Alle fraktioner placeres fortløbende i samme fryser. Der har aldrig været
registreret et uopdaget frysernedbrud på Karolinska, hvorfor risiko for tab af materiale bør kunne
elimineres ved altid at have en afkølet tom fryser stående som ”reservefryser”, samt ved overvågning
af frysere (manuelt/elektronisk).
DCB registreringsmodul
Det enkelte biobankcenter registrerer Data om laboratoriet i registreringsmodulet for Dansk
CancerBiobank. Indfrysningsmetode og opbevaringstemperatur samt beholder (mikrorør) defineres en
gang for alle som standardværdier for hver fraktion i et vævs fraktionssæt. Disse oplysninger vil
derefter fremkomme som default, dvs. at de ikke skal indtastes igen, medmindre der er ændringer i
forhold til standardværdierne.
Frysere defineres i registreringsmodulet (klassifikation: frysere) med angivelse af frysernavn,
temperatur og beskrivelse f.eks. af indhold. Fryseren får automatisk en forkortelse (ID).
Registreringsmodulet tildeler automatisk fryserposition til de enkelte fraktioner, når man ved
registrering har valgt en fryser. Systemet kan sortere automatisk til henholdsvis -20 °C og -80 °C
fryser, hvis disse temperaturer er defineret som standardværdier for fryseropbevaring af specifikke
fraktioner. For at registreringsmodulet kan forudsige næste position, oprettes fryseren med et antal
søjler/racks med angivelse af antal bokse i hver søjle og antal positioner i hver boks. Den enkelte
fryser er således unik for det enkelte indsamlingssted. Det er ikke nødvendigt at oprette fryseren med
det totale antal søjler og bokse fra start, da der kan oprettes nye enheder efterhånden som fryseren
fyldes. Der udskrives etiketter til både fryser, racks og bokse fra registreringsmodulet; til bokse
genereres automatisk 2 ens etiketter til henholdsvis bund og låg.
Registrering og mærkning af vævsprøver
Specifikke tidspunkter for prøvetagning, modtagelse i laboratoriet og for nedfrysning af materialet
registreres. Tidspunkt for håndtering/fiksering registreres ligesom håndtering/fiksering sluttidspunktet
registreres.
Stregkoder og skanning anbefales frem for manuel mærkning af hensyn til sikkerhed mod fejl.
Etiketter med 2D stregkode udskrives fra registreringsmodulet til mikrorør. Ved statusskift i
materialeoversigten kan prøver enten fremkaldes ved at udfylde felterne via drop-down lister eller ved
at scanne 2D koden på hvert mikrorør. Det anbefales, at afdelingerne installerer skanner til
registrering af statusskift.
Det eksterne prøvenummer, histologinummeret, indgår i biobank nummeret for vævsprøver.
Sammen med information om patientens cpr-nr. og navn sikres at forbytning ikke forekommer. I
Forslag til utensilier og reagenser er eksempler på forskellige etikettyper, der anvendes i
biobankcentrene. Etiketten fra Klimax er af producenten alene testet til -40 °C, men anvendes her ved
lavere temperaturer; der påsættes da en ekstra tom etiket rundt om røret i forlængelse af den første til
at ”låse” med.
På vegne af teknikgruppen:
Charlotte Modin og Estrid Høgdall
DCB Baggrund for tekniske anbefalinger/08-06-2015
6