Annika Ljung, Fecesdiagnostik

Gastrointestinala infektioner
och PCR-diagnostik
Kristina Nyström och Annika Ljung
Klinisk Mikrobiologi
Sahlgrenska universitetssjukhuset
150312
Bakteriella gastroenteriter
 Dominerande världshälsoproblem
 Bristande sanitära
förhållanden
 3 miljoner dödsfall/år
övervägande barn < 5 år
Entamoeba histolytica
Campylobacter
Cryptosporidium
Yersinia
ETEC
EHEC
Giardia intestinalis
Salmonella typhi
Shigella
Salmonella spp
Sjukdomsbild vid
infektiös tarmsjukdom
Tunntarmspatogener

rikliga, vattentunna diarréer utan blod och
slem

sällan feber, buksmärtor

produktion av ”enterotoxin”, t ex Kolera
ETEC bakterier

hämmad resorption av vätska,
t ex rotavirus
Sjukdomsbild vid
infektiös tarmsjukdom
Tjocktarms-, nedre tunntarms-patogener

mindre rikliga, ev blod och slem tillblandade diarréer

ofta feber och buksmärtor/kramper

mikroorganismerna invaderar och inflammerar
slemhinnan
Toxiner
• Enterotoxiner (sekretorisk diarré)
• Cytotoxiner (inflammatorisk kolit)
Exotoxiner
• Endotoxiner (inflammatoriskt tillstånd, diarré och
feber)
Endotoxiner
Endotoxiner utgörs av LipoPolySaccharid, LPS,
som finns i gram-negativa bakteriers cellvägg
LPS står för antigenvariationen, O-grupp hos E. coli,
Salmonella spp, t.ex.
Kraftig aktivering av immunsvar med feber
och allmänsymtom
Patientfall
Tidigare frisk man söker på infektionsmottagningen p.g.a.
feber och sjukdomskänsla sedan ca tre dagar tillbaka.
Han är född utomlands, men har bott i Sverige många år, och
har nu varit på en resa till Indien, men kom hem för ungefär 2
veckor sedan.
Han har rest rund huvudsakligen
på landsbygden i Indien och
Nepal, ätit den lokala maten
Patientfall forts
Vid undersökning har han feber, 40ᵒ C , blodtryck 110/70, puls
70.
Diffusa symtom utöver den höga febern , och på bröst och mage
ses runda, 3-4 mm stora blekröda utslag.
Vår patient läggs in på avdelningen och man tar en blododling på
misstanke om sepsis, samt virusserologi med viss oro för
mässling
Blododling visar växt av gramnegativa stavar som typas till
Salmonella typhi
S. typhi – tyfoid feber
• Huvudsakligen vattenburen, men kan spridas från
person till person
• Människan är främsta reservoaren
• Inkubationstid: 10 – 15 dagar
• Sepsis med eller utan tarmsymtom.
Relativ bradykardi samt hudutslag (roseoler) tillhör
sjukdomsbilden, men kan ge influensaliknande
symtom, ffa hos barn
S. Typhi forts.
• Invaderar tarmslemhinnan och
vidare in i blodet
• Vi kapselantigen specifikt för S. typhi och S.
paratyphi C
• Endotoxin (LPS) ger feber och
övriga allmänsymtom
• Kroniskt bärarskap förekommer (ca 3%)
SALMONELLA
• Gramnegativ rörlig stav som
finns i >2500 serotyper
• O-antigen och H-antigen
• Tyfoidfeber
S. typhi
S. paratyphi
• Salmonellaenterit
S. typhimurium
S. enteritidis
<25 fall/år
25-75 fall/år
3 000 fall/år
Diagnostik sker genom odling
(E-swab, pinnprov eller
faeces) men PCR införs på
flera lab
Salmonella forts
XLD (Xylose-Lysin-Deoxycholat-Agar
Med positiv H2S-reaktion
Rappaport-buljong
för anrikning av salmonella
Shigella
• S. dysenteriae, S. flexneri, S.boydii och S.sonnei
• Infektionsdos: Mycket låg, 10-100
bakterier
• Blodig diarré och buksmärtor
• Behandling: Antibiotikabehandlas
alltid, mycket p.g.a. smittsamheten
Shigella
• Diagnostik av Shigella sker genom odling
• Agglutination till Serogrupp A-D
• Maldi-TOF skiljer inte mellan E. coli och Shigella
• Biokemiska tester krävs än så länge för att skilja Shigella
från Enteroinvasiv E.coli (EIEC)
• Svår att hitta med odling, PCR höjer (sannolikt)
känsligheten
Campylobacter
• C. jejuni står för >90% av
fallen, C. coli och (mkt sällan)
C. lari står för resterande del
• Verkningsmekanismen dåligt känd,
men värdfaktorer troligen av stor vikt
• Buksmärta och blodig diarré
• Diagnostik sker genom framodling av bakterier med
mikroskopi samt oxidas. MALDI-tof kan användas för att
skilja mellan C. coli och C. jejuni
EHEC
• Verotoxin / Shiga-toxin VT1 och VT2
• Klinik: varierar från asymptomatisk eller
mild diarré  blodig diarré med buksmärtor
• HUS – Hemolytiskt Uremiskt Syndrom
komplikation som drabbar blod, njurar och CNS.
Ff.a barn < 10 år
totalt 5 % av EHEC-fallen
barn 5-10% dödlighet
ETEC - turistdiarré
• Enterotoxinbildande E.coli
• Symtomen varierar från lindrig
diarré till våldsam kolera-liknande
sjukdom
• Kan bilda ett och/eller två
enterotoxiner, St och Lt
• PCR-diagnostik genom påvisning av en
eller båda toxingenerna
Yersinia enterocolitica och pseudotuberculosis
• Symtom kan vara diarré och buksmärtor s.k. falsk appendicit för
Y. enterocolitica
• Y. pseudotuberculosis ger
enterit och svullna lymfkörtlar
i mesenteriet
• Ovanligt fynd, ca 10/år i Göteborg
Gastro-PCR
• Fördelar
• Nackdelar
• Snabba negativa svar
• Begränsat till ”förutbestämda”
fynd
• Högre känsliget
• Detekterar även EHEC och
• Död eller levande bakterie?
• Högre känslighet
ETEC
• Skiljer inte mellan Shigella
och EIEC
Varför viktigt med snabba svar?
Man antibiotikabehandlar ju ändå inte.
• Patienter i slutenvård
- egen toalett
- enkelrum
- Inga undersökningar utanför avdelningen
- Vård på Infektionsklinik (Vårdhygiens rekommendation i
Göteborg)
Vart ska man börja?
• Vad vill jag detektera?
• Vad vill jag INTE detektera?
• Finns det något publicerat som jag kan använda?
• Primer och probe sekvenser
• Gener som är korrelerade med sjukdom
• Dubbelkolla alltid publicerade sekvenser!
Isolering av DNA från faeces
• Isolering från vätska
• Faeces innehåller inhibitoriska ämnen
• Hur fungerar bakterierna ihop?
• Trial and error
• Isolering av både DNA och RNA?
• Hur många bakterier vill jag ska ingå?
Översikt av metoden
Prov
Isolering DNA/RNA
Real-tids PCR besvaras direkt
Anrikning Salmonella?
Spara i -80°C
Odling av positiva prover
för typning och resistensbestämning
Vad behöver vi ta reda på?
• Hur bra fungerar PCR i förhållande till odling?
• Behöver vi anrika Salmonella?
• Vad är bästa lösningen rent praktiskt för att systemet ska fungera?
• Hur anmäler vi PCR-fynd där det inte gått att typa bakterien?
• Hur gör vi med uppföljning för personer i riskyrken och
förskolebarn?