Annika Ljung, Fecesdiagnostik
Gastrointestinala infektioner och PCR-diagnostik Kristina Nyström och Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska universitetssjukhuset 150312 Bakteriella gastroenteriter Dominerande världshälsoproblem Bristande sanitära förhållanden 3 miljoner dödsfall/år övervägande barn < 5 år Entamoeba histolytica Campylobacter Cryptosporidium Yersinia ETEC EHEC Giardia intestinalis Salmonella typhi Shigella Salmonella spp Sjukdomsbild vid infektiös tarmsjukdom Tunntarmspatogener rikliga, vattentunna diarréer utan blod och slem sällan feber, buksmärtor produktion av ”enterotoxin”, t ex Kolera ETEC bakterier hämmad resorption av vätska, t ex rotavirus Sjukdomsbild vid infektiös tarmsjukdom Tjocktarms-, nedre tunntarms-patogener mindre rikliga, ev blod och slem tillblandade diarréer ofta feber och buksmärtor/kramper mikroorganismerna invaderar och inflammerar slemhinnan Toxiner • Enterotoxiner (sekretorisk diarré) • Cytotoxiner (inflammatorisk kolit) Exotoxiner • Endotoxiner (inflammatoriskt tillstånd, diarré och feber) Endotoxiner Endotoxiner utgörs av LipoPolySaccharid, LPS, som finns i gram-negativa bakteriers cellvägg LPS står för antigenvariationen, O-grupp hos E. coli, Salmonella spp, t.ex. Kraftig aktivering av immunsvar med feber och allmänsymtom Patientfall Tidigare frisk man söker på infektionsmottagningen p.g.a. feber och sjukdomskänsla sedan ca tre dagar tillbaka. Han är född utomlands, men har bott i Sverige många år, och har nu varit på en resa till Indien, men kom hem för ungefär 2 veckor sedan. Han har rest rund huvudsakligen på landsbygden i Indien och Nepal, ätit den lokala maten Patientfall forts Vid undersökning har han feber, 40ᵒ C , blodtryck 110/70, puls 70. Diffusa symtom utöver den höga febern , och på bröst och mage ses runda, 3-4 mm stora blekröda utslag. Vår patient läggs in på avdelningen och man tar en blododling på misstanke om sepsis, samt virusserologi med viss oro för mässling Blododling visar växt av gramnegativa stavar som typas till Salmonella typhi S. typhi – tyfoid feber • Huvudsakligen vattenburen, men kan spridas från person till person • Människan är främsta reservoaren • Inkubationstid: 10 – 15 dagar • Sepsis med eller utan tarmsymtom. Relativ bradykardi samt hudutslag (roseoler) tillhör sjukdomsbilden, men kan ge influensaliknande symtom, ffa hos barn S. Typhi forts. • Invaderar tarmslemhinnan och vidare in i blodet • Vi kapselantigen specifikt för S. typhi och S. paratyphi C • Endotoxin (LPS) ger feber och övriga allmänsymtom • Kroniskt bärarskap förekommer (ca 3%) SALMONELLA • Gramnegativ rörlig stav som finns i >2500 serotyper • O-antigen och H-antigen • Tyfoidfeber S. typhi S. paratyphi • Salmonellaenterit S. typhimurium S. enteritidis <25 fall/år 25-75 fall/år 3 000 fall/år Diagnostik sker genom odling (E-swab, pinnprov eller faeces) men PCR införs på flera lab Salmonella forts XLD (Xylose-Lysin-Deoxycholat-Agar Med positiv H2S-reaktion Rappaport-buljong för anrikning av salmonella Shigella • S. dysenteriae, S. flexneri, S.boydii och S.sonnei • Infektionsdos: Mycket låg, 10-100 bakterier • Blodig diarré och buksmärtor • Behandling: Antibiotikabehandlas alltid, mycket p.g.a. smittsamheten Shigella • Diagnostik av Shigella sker genom odling • Agglutination till Serogrupp A-D • Maldi-TOF skiljer inte mellan E. coli och Shigella • Biokemiska tester krävs än så länge för att skilja Shigella från Enteroinvasiv E.coli (EIEC) • Svår att hitta med odling, PCR höjer (sannolikt) känsligheten Campylobacter • C. jejuni står för >90% av fallen, C. coli och (mkt sällan) C. lari står för resterande del • Verkningsmekanismen dåligt känd, men värdfaktorer troligen av stor vikt • Buksmärta och blodig diarré • Diagnostik sker genom framodling av bakterier med mikroskopi samt oxidas. MALDI-tof kan användas för att skilja mellan C. coli och C. jejuni EHEC • Verotoxin / Shiga-toxin VT1 och VT2 • Klinik: varierar från asymptomatisk eller mild diarré blodig diarré med buksmärtor • HUS – Hemolytiskt Uremiskt Syndrom komplikation som drabbar blod, njurar och CNS. Ff.a barn < 10 år totalt 5 % av EHEC-fallen barn 5-10% dödlighet ETEC - turistdiarré • Enterotoxinbildande E.coli • Symtomen varierar från lindrig diarré till våldsam kolera-liknande sjukdom • Kan bilda ett och/eller två enterotoxiner, St och Lt • PCR-diagnostik genom påvisning av en eller båda toxingenerna Yersinia enterocolitica och pseudotuberculosis • Symtom kan vara diarré och buksmärtor s.k. falsk appendicit för Y. enterocolitica • Y. pseudotuberculosis ger enterit och svullna lymfkörtlar i mesenteriet • Ovanligt fynd, ca 10/år i Göteborg Gastro-PCR • Fördelar • Nackdelar • Snabba negativa svar • Begränsat till ”förutbestämda” fynd • Högre känsliget • Detekterar även EHEC och • Död eller levande bakterie? • Högre känslighet ETEC • Skiljer inte mellan Shigella och EIEC Varför viktigt med snabba svar? Man antibiotikabehandlar ju ändå inte. • Patienter i slutenvård - egen toalett - enkelrum - Inga undersökningar utanför avdelningen - Vård på Infektionsklinik (Vårdhygiens rekommendation i Göteborg) Vart ska man börja? • Vad vill jag detektera? • Vad vill jag INTE detektera? • Finns det något publicerat som jag kan använda? • Primer och probe sekvenser • Gener som är korrelerade med sjukdom • Dubbelkolla alltid publicerade sekvenser! Isolering av DNA från faeces • Isolering från vätska • Faeces innehåller inhibitoriska ämnen • Hur fungerar bakterierna ihop? • Trial and error • Isolering av både DNA och RNA? • Hur många bakterier vill jag ska ingå? Översikt av metoden Prov Isolering DNA/RNA Real-tids PCR besvaras direkt Anrikning Salmonella? Spara i -80°C Odling av positiva prover för typning och resistensbestämning Vad behöver vi ta reda på? • Hur bra fungerar PCR i förhållande till odling? • Behöver vi anrika Salmonella? • Vad är bästa lösningen rent praktiskt för att systemet ska fungera? • Hur anmäler vi PCR-fynd där det inte gått att typa bakterien? • Hur gör vi med uppföljning för personer i riskyrken och förskolebarn?
© Copyright 2024