Alternativ miljøundersøkelse; Foraminifera
DNA/RNA-analyser fra Foraminifera
Miljøseminar for akvakulturnæringen
Sted:
Quality Hotel Florø
Tid:
Tirsdag 10 februar 2015
Arne Kvalvik. Miljø- og myndighetskoordinator, reg west
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Dagens regime for marinbiologisk kartlegging
• Artsidentifisering er tidkrevende/kostbart og må utføres av eksperter.
• Identifisering basert på subjektive forhold
Alternativ marinbiologisk kartlegging: Foraminifera
• Raskere identifisering ift makrofauna
• Nøyaktigere
• Kan gjøre flere analyser/replikater
• (Kan detektere patogener)
12.02.2015
2
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Litt fakta/biologi:
Hullbærer
(foraminifera)
Varierende form
Aller fleste arter i sw
Ned til 4500 dyp
Størrelsesvariasjon
Artsrikhet
4 000 nålevende
40 000 fossile
De fleste bunnlevende. Noen få
12.02.2015
planktoniske
3
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Index of oceanity, diversity of Foraminifera and
(paleo-) environments
4
12.02.2015
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Selskapets målsetting da det ble stiftet:
Målet er å evaluere marine bunnsamfunn basert på DNA –
strekkoder basert på høyteknologisk laboratorieverktøy.
http://www.id-gene.com/
12.02.2015
5
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Feltbilder + foram.-kartotek
12.02.2015
6
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Anvendelse i
akvakultur
12.02.2015
7
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Flytskjema
12.02.2015
DNA strekkoder for
eukaryot
biodiversitet
8
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Genetic Seabed Index = GSI
(~ Genetisk Bunnfauna-indeks)
GSI vil beskrive påvirkning på bløtbunnsfaunaen`s diversitet
basert på artsrikhet hos Foraminifera.
GSI vil bli korrelert med
• Flere miljøparametre
• Artsindekser (Hurlbert, Shan-Wien, NSI; ISI, etc)
12.02.2015
9
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
12.02.2015
10
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Resultater så langt;
• Norge: ca 140 DNA/RNA-prøver fra 4 lokaliteter (2014) analysert
• Foraminifera-teknikken gir en god beskrivelse av Foraminiferadiversitet
• Foraminifera-diversitet øker med økende avstand fra anlegg
• Det er godt samsvar mellom de ulike makrofauna-indekser og
foraminifera-diversitet
• Verdier for økologisk status avledet fra foraminifera-diversitetenheter, er sammenlignbare med de man ser for makrofaunastudier.
12.02.2015
11
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
A strong relationship between Chao index of foraminiferal diversity and macrofaunal
indices. The deviation Between values is quite narrow and the majority of stations 12
12.02.2015
(coloured points) lie in the margin of error.
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
The NGS‐based metazoan indices (including meiofauna) give a similar
ecological Quality status to the indices inferred from macrofaunal data.
For 22 out of 28 (78.6%) grab samples collected in Kornstad and Smola the
NGS Metazoan data (purple bars) indicate the same ecological quality status
(green stars) as macrofaunal survey (green bars).
12.02.2015
13
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Metazoan-study
Correlation of
ISI2012 index
inferred from NGS
and macrofaunal
data.
Any point that falls
inside a coloured
area is a sampling
station that was
affected the same
ecological status by
both the molecular
and morphological
computations of the
ISI2012 index.
12.02.2015
14
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Fra venstre
Thomas Cedhagen
(Universitet, Århus)
Jan Pawlowski
(Universite de Geneve)
Catarina Martins
(Marine Harvest Norway)
Vegard Langvatn
(Fiske-Liv)
Sondre Larsen
(Fiske-Liv)
Daniel Kupen
(Marine Harvest Norway)
Arne Kvalvik (foran)
(Marine Harvest Norway)
12.02.2015
15
Alternativ miljøundersøkelse: Foraminifera
Mere informasjon:
http://www.foraminifera.eu/
http://www.marinespecies.org/foraminifera/
http://www.ucmp.berkeley.edu/fosrec/Snyder&Huber.html
http://www.ucmp.berkeley.edu/foram/foramintro.html
12.02.2015
16