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UNIVERSIDAD NACIONAL MAYOR DE SAN MARCOS
(Universidad del Perú, Decana de América)
FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS
ESCUELA ACADÉMICO PROFESIONAL DE GENÉTICA Y BIOTECNOLOGÍA
DEPARTAMENTO ACADÉMICO DE BIOLOGÍA CELULAR Y GENÉTICA
SYLLABUS DE
MODELIZACIÓN DE BIOMOLÉCULAS
CÓDIGO: B02057
SEMESTRE ACADÉMICO: 2015-I
CONTENIDO:
I.
II.
III.
IV.
V.
VI.
VII.
Datos Generales
Sumilla
Objetivos Generales y Específicos
Evaluación
Metodología
Programación
Bibliografía
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UNIVERSIDAD NACIONAL MAYOR DE SAN MARCOS
(Universidad del Perú, Decana de América)
FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS
ESCUELA ACADÉMICO PROFESIONAL DE GENÉTICA Y BIOTECNOLOGÍA
DEPARTAMENTO ACADÉMICO DE BIOLOGÍA CELULAR Y GENÉTICA
SYLLABUS
SEMESTRE ACADÉMICO: 2015-I
I. DATOS GENERALES
1.1. NOMBRE DEL CURSO
1.2. CÓDIGO DEL CURSO
1.3. NÚMERO DE CRÉDITOS
1.4. DURACIÓN DEL CURSO
1.5. AÑO DE ESTUDIOS
1.6. NÚMERO DE HORAS
1.6.1 TEORÍA
1.6.2. PRÁCTICA
1.7. PRE-REQUISITO
1.8. PROFESOR RESPONSABLE
1.8.1
1.8.2
1.8.3
1.8.4
: Modelización de Biomoléculas
: B02057
: 03
: 17 Semanas
: 5to. año
: 02 horas
: 02 horas
: Ingeniería Genética
: Mg. Gustavo A. Sandoval Peña
Profesor Auxiliar TC 40 h.
Profesores de Teoría
: Mg. Gustavo A. Sandoval Peña
: Mg. Dan E. Vivas Ruiz
Profesores de Práctica : Mg. Gustavo Adolfo Sandoval Peña
Profesores Invitados
: --Asistentes de Práctica : Bach. Wolfram H. Seifert Dávila
1.9. HORARIOS Y AMBIENTES
1.9.1 Teoría
1.9.2 Seminarios
1.9.3 Laboratorio
:
: Lunes 14-16 h (C. Cómputo 2)
: --: Lunes 16-18 h (C. Cómputo 2)
II. SUMILLA:
El presente curso es una asignatura electiva del área de formación específica, de
carácter teórico-práctico, cuyo propósito es proporcionar conocimientos teóricos y
prácticos para la modelización de biomoléculas. Este curso tendrá como temas la
utilización de métodos y técnicas para iniciar el modelamiento molecular, con
aplicación de software y gráficos. Además, trata temas de química cuántica,
predicción de propiedades moleculares y mecánica molecular.
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III. OBJETIVOS GENERALES Y ESPECÍFICOS
3.1. OBJETIVOS GENERALES
Adiestrar al alumno en el manejo de herramientas bioinformáticas aplicadas
al análisis de estructuras tridimensionales de proteínas y ácidos nucleicos y
su predicción mediante técnicas de modelamiento.
3.2. OBJETIVOS ESPECÍFICOS
Al término del curso, el alumno estará capacitado para:
Realizar el análisis de los distintos niveles de estructura de las proteínas
con énfasis en el manejo de parámetros termodinámicos.
Manejar las principales bases de datos de estructuras tridimensionales
de moléculas de proteína y ácidos nucleicos.
Realizar el modelamiento estructural de secuencias desconocidas
utilizando la predicción mediante programas bioinformáticos de
distribución libre.
Comprender la importancia de la bioinformática estructural en la
compleja y pujante área de la Biología de Sistemas.
Conocer las bases del diseño de drogas y su evaluación mediante
docking molecular.
IV. EVALUACIÓN:
Teoría:
Comprende dos exámenes teóricos
evaluados de la siguiente manera:
cancelatorios
Primera Evaluación:
Segunda Evaluación:
Examen Sustitutorio:
Octava Semana
Décimo Sexta Semana
Décimo Sétima Semana
Promedio de Teoría:
(Examen 1 + Examen 2)/2
que
serán
Práctica: Comprende la realización de sesiones experimentales utilizando
programas bioinformáticos aplicados al análisis estructural de
proteínas y ácidos nucleicos. Dichas sesiones serán evaluadas
mediante la presentación de un reporte de aplicación de dichos
programas, así como la evaluación crítica de los resultados obtenidos
y su correcta interpretación biológica. La nota práctica corresponderá
al promedio de la calificación del total de reportes presentados en las
fechas indicadas. Los reportes presentados extemporáneamente
serán calificados con nota CERO.
Promedio Final del Curso:
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En la Teoría, el alumno sólo tendrá derecho a sustituir una de las dos
evaluaciones teóricas por el único examen sustitutorio que se tomará,
correspondiente al contenido de todo el curso.
La asistencia a las sesiones experimentales (clases prácticas) es obligatoria por
parte de alumno.
Las inasistencias que superen el 30% de las clases prácticas programas, hacen
que el alumno desapruebe el curso, correspondiéndole la nota de CERO de
acuerdo al reglamento vigente.
V. METODOLOGÍA.
El desarrollo del curso comprenderá clases teóricas y sesiones prácticas.
Clases teóricas: Serán expositivas, utilizando material didáctico auxiliar como
pizarras interactivas y equipos multimedia. Se abordarán los distintos temas
propuestos en el curso, impulsando la participación activa de los alumnos.
Sesiones prácticas: Se profundizará temas tratados en algunas clases teóricas,
así como otros temas no comprendidos en ellas. Todos los alumnos estarán a
cargo de la aplicación de programas bioinformáticos empleados en el análisis
estructural de proteínas y ácidos nucleicos, y se encargarán de la elaboración de
un reporte escrito en el que se realice el análisis crítico de los resultados y la
correcta interpretación biológica de los mismos.
VI. PROGRAMACIÓN
PRIMER SEMANA
Introducción al Curso. T1. Visión general de las herramientas bioinformáticas
utilizadas en el análisis de biomoléculas.
SEGUNDA SEMANA
T2. Niveles de estructura proteica. De la secuencia a la estructura tridimensional.
TERCERA SEMANA
T3. Bases de datos de estructuras proteicas.
CUARTA SEMANA
T4. Métodos de predicción de estructuras proteícas
Modelamiento Estructural (I): Modelización por homología
tridimensionales.
QUINTASEMANA
T5. Métodos de predicción de estructuras proteícas
Modelamiento Estructural (II): Modelización por threading
tridimensionales.
SEXTA SEMANA
T6. Métodos de predicción de estructuras proteícas
Modelamiento Estructural (III): Modelización ab initio
tridimensionales.
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SÉTIMA SEMANA
T7. Construcción de modelos completos de estructura de proteínas
OCTAVA SEMANA
PRIMER EXAMEN PARCIAL
NOVENA SEMANA
T8. Análisis de movimiento. Fuerzas de campo y dinámica molecular
DÉCIMA SEMANA
T9. Bioinformática estructural en Biología de Sistemas
DECIMO PRIMERA SEMANA
T10. Diseño de drogas. Análisis de docking molecular
DECIMO SEGUNDA SEMANA
T11. Proteínas intrínsecamente desordenadas
DECIMO TERCERA SEMANA
T12. Predicción de estructura tridimensional de ácidos nucleicos
DECIMO CUARTA SEMANA
T13. Tópicos Selectos en Modelización de Biomoléculas (Parte I)
DECIMO QUINTA SEMANA
T14. Tópicos Selectos en Modelización de Biomoléculas (Parte II)
DECIMO SEXTA SEMANA
SEGUNDO EXAMEN PARCIAL
Semana 17
EXAMEN SUSTITUTORIO
VII. BIBLIOGRAFÍA
Libros de consulta
Branden C, Tooze J. Introduction to Protein Structure. 2nd Edition. 1999. Garland
Publishing.
Gu J, Bourne PE. Structural Bioinformatics. 2nd Edition. 2009. Wiley-Blackwell.
Kihara D. Protein Structure Prediction. Methods in Molecular Biology, Vol. 1137.
3rd Edition. 2014. Humana Press.
Lesk AM. Introduction to Bioinformatics. 3rd Edition. 2008. Oxford University
Press.
Pevsner J. Bioinformatics and Functional Genomics. 2nd Edition. 2009. WileyBlackwell.
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Tramontano A. Protein Structure Prediction. Concepts and Applications. 2006.
Wiley-VCH.
Revistas Especializadas
Current Opinion in Structural Biology
Journal of Crystallization Physics and Chemistry
Journal of Structural Biology
Nature Structural and Molecular Biology
Structure
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