Arbetsuppgifter VFU – BMA‐09, Ht‐11 Individuell laboratoriemetodik 2 (ILM‐2) Vecka 1 Under kursen kommer studenterna att schemaläggas tre veckor för självständigt arbete där de individuellt men även i mindre grupper kommer att få lösa ett antal uppgifter. Lärare kommer att introducera och examinera uppgifterna men mycket av arbetet ska studenterna utföra på egen hand. Syftet med arbetsuppgifterna är att ni ska tränas i att planera, utföra och värdera olika laborativa moment samt kunna redogöra för dem. Varje vecka kommer ni få nya arbetsuppgifter. En del uppgifter kommer att examineras under veckan medan några kommer att redovisas i slutet av tredje veckan. Till varje uppgift finns det beskrivet hur det ska examineras. Ni är indelade i tre grupper se listan, indelning i mindre grupper får ni själva göra, meddela det till lärare. Gruppindelning Vecka 40 ‐ 42 Rickard K Malin R Ida Å Hanna J M Humaira M Vecka 43 ‐ 45 Daniel A S Isabelle Ö Johanna B Rebecca J Veronica G Vecka 46 ‐ 48 Uppgifter för Vecka 1      Planera och utföra western blot Sökning av faktauppgifter och vetenskapliga referenser Skriva enskild labrapport Opponera samt försvara sin egen rapport Rätta labrapporten utifrån feedback vid opponering. Tänk på att vissa uppgifter kan innehålla moment som endast en grupp i taget kan göra, prata ihop er och planera så det inte krockar. Anvisningar för varje labmoment finns på kommande sidor. OBS! Håll ordning på lab, diska, plocka bort, rengör bänkar och vågar efter användning Detektion av proteiner Frågeställning Går det att med western blot detektera caspase‐2 alternativt Pan‐cytokeratin i protein‐ extrakt från HeLa och FaDu celler? Kortfattad beskrivning av laborationen Du ska planera laborationen, därefter bereda lösningar och sedan separera proteinerna med SDS‐PAGE, utföra transfer och slutligen en immundetektion. Du kommer självständigt få disponera ett PVDF‐filter för att besvara frågeställningen. Laborationen redovisas med en fullständig labrapport inkluderande minst en vetenskaplig artikel som referens. Innan ni lämnar in er rapport till XXX ska studentopponering ske, se nedan. Arbetssätt Du utför laborationen självständigt, men ni arbetar två och två vid elektroforesen och transfern. Den ena av er ska detektera caspase‐2 och den andra Pan‐cytokeratin. Planera arbetet med studentgruppen så att ni har tillgång till utrustningen när ni behöver den. Det går att starta flera elektroforeser samtidigt, men bara två transfers. Om ni planerar att starta flera transfers efter varandra (samma dag) måste ni se till att det finns is (görs på kran‐ vatten) till transfern. Kemikalier till laborationen finns på dragbänken samt i kylskåpet i BiA 303. Molekylviktsstandarden finns i nedersta lådan i frysen. Utrustning för western finns i överskåpen närmast fönstret i mitten av BiA 303. Proteinextrakten finns inlåsta i ‐80C, kontakta XXXX för att få tillgång till extrakten. VIKTIGT: då ni fryser om ett prov markerar ni detta med en prick på locket. De extrakt som finns är HeLA (12,4µg/µL), FaDu 07 (10,2 µg/µL) samt FaDu 09 (5,3µg/µL). De primärantikroppar som ska användas är Caspase‐2 (F‐7) sc‐5292 Lot L051, mus monoklonal samt Pan‐cytokeratin (C11) sc‐8018 Lot F142 mus monoklonal, båda är från Santa Cruz. För att spara på extrakten får varje student endast applicera 5 prover + 1 molekylviktsstandard. Förslagsvis testar ni olika spädningar av antikroppen och sparar en lane för detektion av aktin (som kontroll). För övriga labanvisningar hänvisas ni till tidigare utgivet material samt era labböcker. Labrapport och sökning av referenser Skriv labrapporten självständigt, som en fullständig labrapport. I introduktionen ska ni fokusera på det protein ni försöker att detektera, inte på metoden. I material och metod ska ni tänka på att ni ska beskriva metoden, inte hur ni gjorde just exakt denna lab. Detta gör att ni ska beskriva metoden principiellt, uteslut namnen på proverna ni analyserar etc. Presentera era resultat med underrubriker och hänvisa till figurer. I diskussionen ska ni diskutera utfallet av era resultat, men även ev. felkällor och hur metoden kan förbättras. Ange referenser, minst en ska vara en vetenskaplig artikel. Vetenskapliga referenser söker du i t.ex. databasen Pubmed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi). På universitetsbibliotekets hemsida finns informationsmaterial om hur man söker i olika medicinska databaser. Ta gärna del av detta material, du hittar det på http://www.ub.umu.se/sok/sokhjalp‐guider/databaser. 2 Opponering och inlämning av labrapporten Innan du lämnar din labrapport till XXXXX för rättning ska du och en annan student opponera på varandras rapporter. Ni kommer att får reda på vem ni ska opponera på senare under veckan. Opponeringen sker för att du dels ska få träning i att granska en rapport, men också att din egen rapport ska bli granskad. Syftet med opponeringen är att hjälpa författaren att förbättra sin labrapport. Gå igenom anvisningarna för hur en labrapport ska skrivas (finns på Cambro – BMA‐programmet ‐ Kursinformation) innan du börjar din granskning och ha anvisningarna som stöd när du läser rapporten. Exempel på några frågor som du kan ha som stöd då du granskar rapporten är;  Är titeln adekvat för innehållet?  Är abstraktet förståeligt? Är dispositionen av abstraktet korrekt?  Ger introduktionen tillräcklig information för att förstå syftet/frågeställningarna?  Är inledningen för lagom detaljerad – beskriver den proteinet och dess funktion?  Är syftet tydligt beskrivet och tillräckligt avgränsat?  Är referenserna relevanta?  Har cellmaterialet beskrivits på ett adekvat sätt?  Har metoden beskrivits klart, på lämplig detaljeringsnivå?  Framgår det hur resultaten har erhållits?  Är resultatredovisningen/figurerna tydliga, överskådliga och läsbara?  Har författaren diskuterat och tolkat resultaten av laborationen?  Finns det någon konklussion och svarar den på syftet?  Hur är referenslistan och hänvisningen i texten skriven?  Är dispositionen bra?  Hur är den språkliga framställningen? Är det skrift‐ eller talspråk? Du kommer att ge både ris och ros. Inled opponeringen med att lyfta fram rapportens för‐ tjänster, det skapar en trevlig atmosfär inför kommande diskussion. För att få en givande diskussion om arbetets fel och brister bör denna vara saklig och vänlig. Kom helst med konstruktiva förslag på förändringar i det arbete du granskar. Den som har skrivit rapporten får försvara sig och ni är välkomna att kontakta XXXX om ni blir osäkra på hur man ska skriva. Efter opponeringen ska du skapa en ny version av din egen rapport i vilken du rättar utifrån det som framkommit vid opponeringen. Vid inlämningen ska du bifoga den version som opponenten läste, din rättade version (gärna med markerade ändringar i form av spåra ändringar – se film om det på Cambro – BMA‐programmet – moduler) samt en kort reflektion om hur du upplevde opponeringen. Reflektera över båda dina roller dvs att vara opponent respektive respondent (=den som försvarar rapporten). Datum Under v 40 får ni själva planera ert arbete och disponera tiden fritt. Bestäm med er opponent när ni ska göra opponeringen, dock senast måndag 10/10. Du ska lämna in dina 2 versioner av labrapporten samt din reflektion via mail till XXX senast tisdag den 11/10. 3