Ulostepatogeenien diagnostiikka

Ulostepatogeenien diagnostiikka
Alueellinen koulutus 28.10.2015
Kaisu Rantakokko-Jalava
Tyks Mikrobiologia ja genetiikka
Bakteeriripulit, vanhaa ja uutta diagnostiikkaa
Tärkeimmät aiheuttajat
Perinteinen
tutkimus
Uutta
diagnostiikkaa
”Perinteinen”
bakteeriripuli
(turistiripuli)
Salmonellat
Shigellat
Yersiniat
Kampylobakteerit
F-BaktVi 1
Viljely + PCR
(F-BaktViP)
”Uudemmat” tai
harvinaisemmat
aiheuttajat
Patogeeniset E. colit : EHEC*
(EPEC, EAEC, EIEC)
Vibrio*
Plesiomonas/Aeromonas(*)
Erikoisviljelyt*
• Kaupalliset
menetelmät
kattavat
vaihdellen
Ruokamyrkytys
Ym. Lisäksi toksiineja
tuottavat
Bacillus cereus
Cl. perfringens
S. aureus
F-BaktVi3
-
F-BaktVi 2 /
F-Clditoksiininosoitus
F-CldiVi
Seulonta:
(GDH+) PCR
Antibioottiripuli, Clostridium difficilen
Sairaalasyntyinen toksiinit
ripuli
F-BaktViP
• Ulosteen bakteeriviljely ja PCR –yhdistelmä
• HUSLABissa 2012-
– Salmonellat, shigellat, patog. yersiniat, kampylobakteerit, Vibrio
cholerae ja ripuli-E. colit
• Turussa 2014-
– Kaupallinen testi (Mobidiag Oy), samat patogeenit
– Testi mahdollisesti vaihtuu
• Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., shiga-toksiinit
• ++ Vibrio spp., ETEC, yersinia, Aeromonas
• PCR on herkempi kuin viljely, poikkeuksena mahd.
salmonellat
Antibioottiripuli
• Clostridium difficilen toksiinien aiheuttama
ripuli (< pseudomembranoottinen koliitti)
• Usein 2 viikon aikana mikrobilääkehoito
• Tarttuu itiöiden avulla kosketustartuntana
• C. difficileä esiintyy vastasyntyneillä, mutta ei
heillä aiheuta tautia (koska toksiinin reseptorit
puuttuvat)
• ”hypervirulentit” ribotyypit 027 ja 078
Antibioottiripulin diagnostiikka
F-CldiVi
• Korvannut FBaktVi2:n
• Kasvavan kannan
toksiinintuotto
varmistetaan PCR:llä
F-CldiTx
• Suora toksiinin osoitus
ulosteesta epäherkkä
(<70% verrattuna
viljelyyn)
• Korvattu
– GDH + varmistus
toksiinintuotosta
– PCR l. toksiini-geenin
osoitus suoraan
ulosteesta
GDH Cdiff seulontatestinä
• GDH on entsyymi, jota esiintyy C. difficilen soluseinässä
– sekä toksiinia tuottavissa että ei-tuottavissa kannoissa
• Koska ripulin aiheuttaa nimenomaan toksiini, täytyy lisäksi
varmistaa jotenkin se, että bakteeri pystyy tuottamaan
toksiinia
– Paras tapa olisi lisätä ulosteen supernatantti soluviljelmään ja katsoa
onko sillä sytotoksista vaikutusta, mutta se on rutiinikäyttöön liian
hidas
– Nopein tapa on katsoa löytyykö ulosteesta C. difficile -bakteerin
toksiinigeeniä
– 90% GDH-positiivisissa näytteissä löytyy myös toksiinigeeni
C. difficile -seulonta
GDH Vidaksella
-
+
Seulonta
negat
PCR
Seulonta
negat
+
Seulonta
posit
Vastaus
Tulkinta
Positiivinen
Näytteessä on C. difficile, jonka kyky tuottaa toksiinia on
varmistettu PCR:llä
Negatiivinen
Näytteessä ei todeta C. difficilen antigeenia tai
Näytteessä on C. difficilen antigeeni, mutta kanta ei tuota
toksiinia
70
2012
I
II
III
IV
V
VI
VII
VIII
IX
X
XI
XII
2013
I
II
III
IV
V
VI
VII
VIII
IX
X
XI
XII
2014
I
II
III
IV
V
VI
VII
VIII
IX
X
XI
XII
2015
I
II
III
IV
V
VI
VII
VIII
80
VSSHP: C. difficile –löydökset/kk
Toksiinitesti
vaihdettu
seulontaan
60
50
40
30
20
10
0
C. difficile diagnostiikasta
• Monissa paikoissa C. difficile tutkitaan
nykyään pelkästään PCR-menetelmällä
• Edut: nopea ja herkkä diagnostiikka
• Mutta: ylidiagnostiikan riski
– C. difficile on melko yleinen myös oireettomilla ja
varsinkin laitospotilailla, joten herkällä
menetelmällä voidaan saada liikaa positiivisia,
varsinkin jos testiä tilataan/tehdään, vaikka uloste
ei olisi näyteastian muotoon asettuvaa
Virusripulit
• Rotavirus
– rokotusten myötä lähes hävinnyt
• Norovirus
– vuosittaiset epidemiat tammi-toukokuussa
– Ruoka- ja vesivälitteiset epidemiat
• Sapovirukset
– Erit. lasten ripuliviruksia
• Astrovirukset
• Adenovirukset 40 ja 41
Ripulivirusten diagnostiikkaa
• F-NoroAg
– Herkkyys melko huono, joten esim.
osastoepidemiaepäilyissä otettava useita
näytteitä, jotta saadaan edes joku kiinni
– Negatiivinen tulos ei sulje pois!
• F-NoroNhO
– Tulossa Tyksin valikoimaan, myös päivystyksenä
• Haussa laajemmin ripuliviruksia tunnistava
PCR-paneeli
Suolistoparasiittien aiheuttamat ripulit
• Pidempi itämisaika ja pitkäaikaisempaa oireilua
kuin virus- ja bakteeriripuleissa
• Erityisesti matkan jälkeen
• Giardia: ripuli, ylävatsakipu, pahoinvointi,
ilmavaivat, vatsan turvotus
• Entamoeba histolytica: (veri)ripuli
• Cryptosporidium: vesiripuli
– Ei voida todeta F-Para-O –tutkimuksessa, vaatii
erikoisvärjäyksen (F-CrypVr)
• voidaan todeta myös Cyclospora ja Isospora belli
Suolistoparasiitteja mikroskoopissa
hiiva
Giardia lamblia
Cryptosporidium, Ziehl-Nielsen ja värjäämätön
Entamoeba
histolytica/disparin
kysta
Cyclospora
cayetanensis, ZiehlNielsen värjäys
Dientamoeba fragilis,
trikromiväärjäys
Duodecim 2012
37 tapausta
Ulosteen parasiitti-PCR
• Syksyllä otetaan käyttöön PCR, joka tunnistaa
tärkeimmät ulosteparasiitit
– Giardia lamblia
– Cryptosporidium
– Entamoeba histolytica
• Näyte voi olla tuoreulostetta (tai
formaliinifiksattu)
• Ei totea madonmunia
Ulosteen parasiittilöydökset 5/14-5/15
1A. Patogeeniset alkueläimet
Löydöksiä
Tutkimusnimike
Giardia lamblia
38
F-Para-O
Entamoeba histolytica/dispar*
23
Jatkoon tarv. F-EhistAg
Cryptosporidium#
2
F-CrypVr
Cyclospora (cayetanensis)#
-
F-CrypVr
Isospora belli#
-
F-CrypVr
Dientamoeba fragilis
-
F-AmebVr
yht.
63
1B. Apatogeenit alkueläimet
Blastocystis hominii
572
F-Para-O sivulöydös
Entamoeba dispar/ coli /haatmannii
60
- -
Iodamoeba bütsclii
2
-”-
Chilomastix mesnili
6
-”-
yht.
700
*yl. 90% on apatogeeni E. dispar #immuunipuutteisilla rajua/pitkittynyttä/toistuvaa ripulia
Ulosteen parasiittilöydökset 5/14-5/15
2. Madot tai madonmunat
Löydöksiä
Tutkimusnimike
Sukkulamadot
F-Enve-O
*Kihomadot (erillinen tutkimus)
*Koukkumadot (Ancylostoma)
4
F-Para-O
*Suolinkainen (Ascaris lumbricoides)
4
-”-
*Trichuris trichiura
14
-”-
*Strongyloides
4
-”-
**Muut sukkulamadot
1
Heisimadot (Diphyllobotrum, Taenia,
Hymenolepis)
Imumadot
3
-”-
*Echinococcus granulosus
1
-”-
**Muut imumadot (Schistosoma, Clonorchis)
2
-”-
yht.
33
Yhteenveto
• Ulostediagnostiikka on siirtymässä perinteisistä viljely-,
antigeeninosoitus ja mikroskopia-menetelmistä PCR-paneeleihin
– Rinnakkainen käy ö
PCR-seulonta, viljely valikoiden
• Parhaimmillaan epidemiatilanteissa, jolloin voidaan nopeasti kattaa
iso joukko patogeeneja
• PCR-tutkimus parantaa herkkyyttä
– Shigella, EHEC
– Cryptosporidium
• Ripulitaudit rajoittuvat usein itsekseen, näyte kannattaa ottaa jos
vaikuttaa hoitoon
• Erityisryhmät
– Tietyt elintarvike- ja terveydenhuollon työntekijät
• F-BaktViP -tutkimusta voidaan käyttää (juridiikka vaatii viljelyosoitusta)
– Immuunipuutteiset