Kaisu Rantakokko-Jalava_Uudet tekniikat
Uudet tekniikat infektiodiagnostiikassa Labquality Days 5.2.2015 Kaisu Rantakokko-Jalava Tyks mikrobiologia ja genetiikka VSSHP – Tyks-Sapa-liikelaitos Uusia tuulia kl. mikrobiologiassa • MALDI-TOF bakteerien tunnistamisessa • Bakteeriviljelyjen osittainen korvautuminen muilla tutkimuksilla – virtsan partikkelilaskenta osana virtsaviljelyä – uusi bakteeriripulidiagnostiikka • Helpot ja nopeat PCR-testit – Yksittäiset testit on-demand – Testipaneelit MALDI-TOF MS Matrix-assisted laser desorption/ionization – time of flight mass spectrometry •”Proteiinisormenjälki” Tunnistus perustuu spektriin • Tietokannassa ~5000 bakteeri- ja sienispektriä • Tutkittavan kannan spektriä verrataan tietokantaan ja saadaan pisteet eli score (log 0-3) score <1.7 Ei luotettavaa tunnistusta 1.7 - 2.0 Tunnistus sukutasolle >2 Tunnistus lajitasolle Mitä MALDI-TOF on muuttanut? • Bakteereille nimi n. 1 vrk aiemmin kuin ennen – anaerobeilla muutos jopa >3 vrk • Sama tunnistusmenetelmä sopii lähes kaikille bakteereille – Erilaisten tunnistustestien määrä vähentynyt – Ei tarvita ennakkoarvausta – Saadaan paljon nimiä, joita ei ennen olisi saatu • Kun tiedetään nimet heti, voidaan jatkotutkimukset ja herkkyysmääritykset suunnata paremmin Dia marraskuulta 2012 Esimerkkinä veriviljely + Gram-värjäys Identifikaatio Herkkyydet Uudet mahdollisuudet Veriviljely + Gram-värjäys Identifikaatio Herkkyydet ID Maldilla 3-4 h maljakasvatuksen jälkeen Uusi Bactec (päivystyslaboratoriossa, 24/7 täyttö) •Puolella potilaista ensimmäinen veriviljelypullo hälyttää ≤12 h inkuboinnin jälkeen MALDI-TOF varhaisesta kasvusta Bakteeri n Laji Suku Yht. (%) E. coli 82 80 1 81 (99%) Muut enterobakteerit P. aeruginosa 21 4 21 3 0 0 21 (100%) 3 (75%) S. aureus Koag.negat. staf. 39 35 30 15 5 5 35 (90%) 20 (57%) Β-hemol streptokokit 25 24 1 25 (100%) 9 4 1 5 (55%) 111 126 106 77 2 14 108 (97%) 91 (72%) enterokokit Gramnegatiiviset yht Grampositiiviset yht ECCMID 2014 P495, HUSLAB, ISLAB, Tykslab Partikkelilaskijan käyttö virtsatieinfektiodiagnostiikassa Uusissa malleissa (UF 500i tai 1000i) on paranneltu bakteerikanava verrattuna aikaisempiin malleihin Ihanteellisesta olisi, jos voitaisiin nopeasti varmistaa VTI • Jos VTI voidaan luotettavasti poissulkea, voidaan vähentää ”turhien” viljelyjen määrää Virtsaviljelyt Seulonta bakteerija leukosyyttimäärän mukaan ryhmittäin (N,M,L) Sarkkinen ym. SLL 2012 Oma aineisto (2011) • 1123 potilasta, joista – 640 naisia – 416 miehiä – 67 lapsia (<16v) • Viljelypositiivisia 163 (14,5%) – (N 117, M 37, L 9) • Viljelynegatiivisia 847 (75,4%) – (N 443, M 356, L 48) • Sekakasvuja yms. 113 (10,1%) – (N 81, M 23, L 10) Seulonta bakt + leuk yhdistelmällä Ptryhmä Naiset Miehet Aikuiset Rajaarvot Bakt 200 Leuk 11 Bakt 75 Leuk 37 Bakt 40 Leuk 17 Herkkyys 95.7 % 91.9 % 94.8 % Tarkkuus 62.5 % 87.4 % 76.3 % NPV 98.4 % 99.0 % 98.5 % PPV 43.7 % 43.0 % 43.6 % VN* 0.78% 0.72 % 0.76 % 77 % 62 % Seul. neg 52 % *Laboratorio vastannut merkittävänä pidettyä kasvua. Oireinen infektio oli vain 23:lla 8:sta vääräksi negatiiviseksi luokitellusta. Virtsaviljelyn tulkinnasta • Tulkinta riippuu – Kasvavasta bakteerista/bakteereista – Näytteenottotavasta (plv, katetri, punktio…) – Rakkoajasta – Laboratoriosta ja lukijasta • Bakteerilöydös ilman oireita EI ole vti • Partikkelilaskennassa raja-arvot vs. ”liikkuva maali” Virtsaviljely Tykslabissa nyt U-BaktVi •2 partikkelilaskijaa – Tyks, TKS näytteet ”Ohituskaista” U-BaktEVi (erikoisviljely) •Lapset •Hematologia •Muut leukosyyttipuutteiset? •N. 50% seulontanegatiivisia (vastaus heti) •Viljellyistä n. puolet kasvaa; +sekakasvut •Samat löydökset kuin 2012 Antibioottiripulin diagnostiikka F-CldiVi •Korvannut FBaktVi2:n •Kasvavan kannan toksiinintuotto varmistetaan PCR:llä F-CldiTx •Suora toksiinin osoitus ulosteesta epäherkkä (<70%) •Korvattava – GDH + varmistus toksiinintuotosta – PCR l. toksiinigeenin osoitus suoraan ulosteesta GDH Cdiff seulontatestinä • Soluseinäantigeeni, jota esiintyy sekä toksiinia tuottavissa että ei-tuottavissa kannoissa (ja C. sordelliissa) – Herkkyys >>90% – Ribotyyppi 002 voi olla ongelma (Suomessa 6%) • Testattu 257 näytettä GDH vs 2-3 PCR-testiä – Toksiinigeenipositiivisia oli yht. 73 – GDH löysi 71 (97%). • ”Missatut” negatiivisia myös yhdellä PCR:llä, muilla myöhäinen Ct (siis heikkoja positiivisia) • Toinen viljelynegatiivinen, toinen ei viljelty • GDH-positiivisista 90% on toksiinigeenipositiivisia Tykslabin uusi C. difficile -seulonta GDH Vidaksella - + Seulonta negat PCR Seulonta negat + Seulonta posit Vastaus Tulkinta Positiivinen Näytteessä on C. difficile, jonka kyky tuottaa toksiinia on varmistettu PCR:llä Negatiivinen Näytteessä ei todeta C. difficilen antigeenia tai Näytteessä on C. difficilen antigeeni, mutta kanta ei tuota toksiinia GenXpert C. difficile toksiini-PCR Markkinoilla helppoja PCR-testejä •Kohde toksiini B:tä koodaava geeni •Näyte vorteksoidaan puskuriin, laite hoitaa loput •Tulos 1-2 tunnissa •Herkkyys > viljelyllä (kliinisesti?) Genomera BD Max Samoilla laitteilla esim. influenssaa, norovirusta, MRSA, klamydia… Mahdollistavat nopeat PCR-tutkimukset keskussairaalassa/jopa päivystysaikana Cldi seulonta vs. viljely (tx+) Seulonta pos Seulonta neg Yht Viljely pos, tx pos 155 16 171 Viljely neg 28 999 1027 1198 • Seulonta (GDH+ toxB-PCR) os:lla 938 • F-CldiVi os:lla 906, eristetyistä kannoista toksiini-PCR (toxA, toxB, säätelygeenin deleetio) • Seulonnan herkkyys 91%, spesifisyys 97% • 7/16 missatussa GDH pos /toxB-PCR neg – GDH:n herkkyys 95% Helpot PCR-laitteet jatkuu Xpert -kasetti GeneXpert -laite GeneXpert Testivalikoima • MRSA – kannan varmistaminen – veriviljelypullot, joissa värj stafylokokkia – suoraan näytteestä tietyin varauksin • VRE – kannan varmistaminen • Carba – kannan varmistaminen • Str. agalactiae – vaginanäytteestä synnyttäjältä • Enterovirus – Likvorista • Influenssavirukset – A / A H1N1 / B • C. difficile toksiini – Tox B / binaaritx /”027” – Mtb/rif Laajat paneelit päivystyksenä? • Hematologisten potilaiden respiratoriset infektiot • Tehopotilaiden illalla hälyttävät veriviljelyt • Meningiitit/enkefaliitit Yhteenveto • Mikrobiologiseen diagnostiikkaan on jo saatu ja tulossa uutta teknologiaa, joiden avulla vastauksia voidaan nopeuttaa • Usein kallista, hyödyn arviointi • Hyödyntäminen voi vaatia työtapojen ja työnjaon uudistamista – Mikrobiologian laboratorio ja sen aukioloajat – Muutenkin päivystävä laboratorio – Vieritestaus KIITOKSET
© Copyright 2024