1. No category

Laskuharjoitusten vastaukset
Biokemian menetelmät I syksy 2015
1. Prosenttilaskuja
a. Paljonko on
i. 5 % 100:sta → 5/100 x 100 = 5
ii. 20 % 150:stä → 20/100 x 150 = 30
iii. 45 % 500:sta → 45/100 x 500 = 225
2. Ilmoita sopivan kerrannaisyksikön avulla:
a. 0,00003 g = 30 μg (0,03 mg myös ok mutta siinä jo enempi numeroita)
c. 41 x 10-10 g = 4,1 ng ( 0,0000000041 g tai 41 x 0,1 x 10-9g → 4,1 ng), 4100 pg jo turhan
mg µg ng
pitkä
d. 0,00075 l =0,75 ml tai 750 µl
”väliyksiköitä” dl, desilitra (10-1 l ) ja cl, senttilitra (10-2 l) ei yleensä käytetä biokemian
labroissa, niitä käytetään yleisesti arkikielessä.
dl= 1/10 l = 0,1 l = 100 ml
cl = 1/100 l = 0,01 l = 10 ml
3. Kuinka valmistat 100 ml seuraavia liuoksia → tarvittavat grammamäärät tai kantaliuosten
tilavuudet:
a. 200 mM NH4Cl → m = c x V x M = 0,2 mol/l x 0,1 l x 53,45 g/mol = 1,069 g
b. 2 M NaOH → m = c x V x M = 2 mol/l x 0,1 l x 40,0 g/mol = 8,00 g
c. 4 M NaCl → m = c x V x M = 4 mol/l x 0,1 I x 58,4 g/mol= 23,36 g
d. 15 % (v/v) Etanoli →15%/100% x 100 ml = 15 ml (vettä lisätään merkkiin asti, ei 85 ml→
jää muuten hieman vajaaksi, koska liuokset ”menee osittain sisäkkäin”)
e. 50 % (w/v) trikloorietikkahappo (TCA) → (50% x 100 g) / 100% = 50 g (kiinteä TCA
liuotetaan pieneen määrään vettä ja täytetään merkkiin asti. Jos lisätään 100 ml vettä,
kokonaistilavuus liuotuksen jälkeen on reilusti yli 100 ml)
f. TAE-puskuri (laimentamalla 10x kantaliuoksesta) → (1x x 100 ml)/ 10x = 10 ml (tässäkin
on parempi täyttää tilavuus 100 ml mittapullossa merkkiin asti kuin lisätä 90 ml vettä)
Kiinteät aineet liuotetaan ensin pieneen tilavuuteen ja siirretään sitten mittapulloon ja
täytetään merkkiin saakka. Liuokset mitataan pipetillä mittapulloon ja täytetään vedellä
merkkiin saakka. Muista: kiinteä aine liuotetaan mutta neste laimennetaan)
4. Kuinka valmistat 5 ml 0,2 M NaOH, 1% SDS –luosta, kun käytössäsi ovat kantaliuokset 5
M NaOH ja 10% SDS (w/v) → V2 = (c1 x V1)/ c2
NaOH → (0,2 mol/l x 0,005 l )/ 5 mol/l = 0,0002 l = 0,2 ml
SDS → ( 1% x 0,005 l)/ 10% = 0,0005 l = 0,5 ml
Huom NaOH ja SDS tulevat samaan liuokseen, joten liuostilavuus on molemmissa
laskuissa 5 ml:
Ratkaista voi myös kysymällä:
kuinka paljon NaOH:ia tarvitaan ? n= c x V = 0,2 mol/l x 0,005 l = 0,001 mol
paljonko kantaliuosta on otettava ? v = n/c = 0,001 mol / 5 mol/l = 0,0002 l = 0,2 ml
(jos välttämättä haluaa laskea SDS:n massan liuoksessa, on huomioitava että 1 litra painaa
1000 g ja 1 ml 1000 mg)
Kantaliuokset pipetoidaan steriilisti samaan esim. falcon-putkeen, koska yleensä tätä liuosta
tarvitaan molekyylibiologiassa. Falconiin pipetoidaan steriiliä vettä niin, että kokonaistilavuus
on 5ml.
5. Kuinka teet proteiiniliuoksesta 5 ml 1:80-laimennosta?
1/80 proteiinia ja 79/80 vettä→
5ml/80 = 0,0625 ml = 62,5 µl → otetaan proteiiniliuosta 62,5 µl ja lisätään tislattua vettä tai
puskuriliuosta niin, että lopputilavuus on 5 ml. Veden voi pipetoida 5 ml:n automaattipipetillä.
jos pipetoidaan 4, 95 ml (kokonaistilavuus noin 5,0125 ml) laimennossuhteeksi tulee 5/5,0125
x 80 = 79,8 ≈ 80. Proteiiniliuosta ei kannata lisätä lasiseen mittapulloon, sillä proteiini tarttuu
helposti lasin pintaan. Laimennettaessa ei tarvitse tietää proteiiniliuoksen pitoisuutta.
6. Kuinka valmistat puskuriliuoksen (1 litra), jossa on 50 mM Tris/Cl, pH 8,5, 150 mM NaCl, 5
% Glyseroli (Mw Tris = 121 g/mol, Mw NaCl= 58,4 g/mol, glyserolin kantaliuos 87% (v/v))
Tris → m= c x V x M = 0,050 mol/l x 1 l x 121,1 g/mol = 6,06 g
NaCl → 0,150 mol/l x 1 l x 58,4 g/mol = 8,76 g
Glyseroli V2 = (c1 x V1)/ c2= (5% x 1 l)/ 87% = 0,0575 l = 57,5 ml
Kiinteät aineet liuotetaan pieneen määrään vettä (yhteistilavuus reilusti alle 1 litra). Trisliuoksen pH säädetään ensin HCl:lla noin 1 pH-yksikön päähän oikeasta arvosta,
lisätään sitten muut komponentit ja säädetään pH oikeaksi ja täytetään tilavuus 1 litraksi. Kun
Tris-luoksen pH on säädetty HCl:lla, siitä käytetään merkintää Tris/Cl. pH:n säätöön
tarvittavaa suolahapon määrää ei tarvitse huomioida liuoslaskussa.
7. DNA:n konsentraatio on 7,3 mg/ml. Miten teet siitä laimennoksen, jonka konsentraatio on
20 ng/μl ? → V2 = (c1 x V1)/ c2
C1= 20 ng/ μl = 20 μg/ml
Sovitaan tehtävän liuosta esimerkiksi 1 ml →
V1 = (0,020 mg/ml x 1 ml) / 7,3 mg/ml = 0,00274 ml = 2,7 μl
Kaavaa c1 x v1 = c2 x v2 voidaan käyttää tilanteen mukaan niin että c:n paikalla on joko
konsentraatio mol/l tai massakonsentraatio esim mg/ml tai liuoksen prosenttinen pitoisuus.
Yksiköt muutetaan ennen laskemista samoiksi (ng/µl tai mg/ml), tällöin vältetään helpoiten
virheet.
Laimennossuhteen kautta: 7,3 mg/ml / 0,020ml/ml = 365 → 1/365 osaa DNA:ta ja 364/365
osaa vettä tai puskuria. tämäkin on OK tämän jälkeen pitää kuitenkin vielä päättää tehtävän
laimennoksen tilavuus.
Pipetoidaan DNA steriiliin Ependorf-putkeen ja lisätään 997 μl steriiliä vettä ja sekoitetaan.
Tälläisissa laskuissa pitää päättää itse järkevä tilavuus. Kantaliuosta ei saa tuhlata liikaa
(usein DNA:ta on n. 50 µl), mutta kantaliuosta ei pysty pipetoimaan 0,5 µl:a vähempää.
8. Bakteerien kasvatusliuokseeen tarvitaan 3 % glukoosi (glukoosin kantaliuos 40%) ja
amplisilliini 100 μg/ml (ampisilliinin kantaliuos 50 mg/ml) paljonko pipetoit glukoosia ja
ampisilliinia 500 ml:aan LB-lientä (lopputilavuus)? → V2 = (c1 x V1)/ c2
Glukoosi → (3% x 500 ml)/ 40% = 37,5 ml
Ampisilliini 100 μg/ml = 0,1 mg/ml → (0,1 mg/ml x 500 ml)/50 mg/ml = 1 ml
Ampisilliinin laskussa yksiköt kannattaa muuttaa samoiksi (joko µg/ml tai mg/ml) ennen
laskua, kuten edellisessä tehtävässä. Muista että ollaan tekemässä kasvatusliuosta, näitä ei
siis laimenneta veteen 
Glukoosi ja ampisilliini pipetoidaan steriilisti kasvatuspulloon, johon on jo steriilillä mittalasilla
kaadettu n. 500 ml LB-lientä. Bakteerit eivät ole niin tarkkoja konsentraatioista, mutta
kasvatusliuos kannattaa tehdä aina samalla tavalla, jotta esim. rekombinanttiproteiinin saanto
pysyy samana. Mittapulloa ei siis tarvitse laimennuksessa käyttää.